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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4le3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a GH131 beta-glucanase catalytic domain from Podospora anserina | ||||||
要素 | Beta-glucanase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / glucanase / GH131 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellulose binding / carbohydrate metabolic process / hydrolase activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Podospora anserina (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Jiang, T. / Chan, H.C. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Huang, T.Y. / Liu, J.R. / Guo, R.T. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structures of a GH131 beta-Glucanase Catalytic Domain from Podospora anserina in Complex with Cellotriose 著者: Jiang, T. / Chan, H.C. / Huang, C.H. / Ko, T.P. / Huang, T.Y. / Liu, J.R. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4le3.cif.gz | 226.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4le3.ent.gz | 181.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4le3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4le3_validation.pdf.gz | 452.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4le3_full_validation.pdf.gz | 469 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4le3_validation.xml.gz | 51.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4le3_validation.cif.gz | 77.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4le3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/4le3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27718.361 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 19-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Podospora anserina (菌類) / プラスミド: pET32 Xa/LlC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21trxB(DE3) / 参照: UniProt: J7K096 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.08 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M HEPES, 0.7M LiCl, 33% PEG6K, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→25 Å / Num. obs: 86955 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.297 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 8620 / % possible all: 95.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→25 Å / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å /
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