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- PDB-4ldf: Crystal Structure of CpBRD2 from cryptosporidium, cgd3_3190 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ldf
タイトルCrystal Structure of CpBRD2 from cryptosporidium, cgd3_3190
要素GCN5 like acetylase + bromodomain
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics Consortium / SGC / bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H3 acetyltransferase activity / histone acetyltransferase complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain ...Histone acetyltransferase GCN5 / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone acetyltransferase GCN5
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Fonseca, M. / Knapp, S. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Mottaghi, K. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal Structure of CpBRD2 from cryptosporidium, cgd3_3190
著者: Wernimont, A.K. / Loppnau, P. / Fonseca, M. / Knapp, S. / Tempel, W. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Mottaghi, K.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GCN5 like acetylase + bromodomain
B: GCN5 like acetylase + bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7755
ポリマ－27,5912
非ポリマー1843
水1,928107
1
A: GCN5 like acetylase + bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8882
ポリマ－13,7961
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GCN5 like acetylase + bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8883
ポリマ－13,7961
非ポリマー922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: GCN5 like acetylase + bromodomain
ヘテロ分子

B: GCN5 like acetylase + bromodomain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,7755
ポリマ－27,5912
非ポリマー1843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y+1/2,-z+31
Buried area1750 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.892, 44.642, 59.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT IS UNKNOWN

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要素

#1: タンパク質 GCN5 like acetylase + bromodomain


分子量: 13795.596 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residue 541-655 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium parvum (小形クリプトスポリジウム)
株: Iowa II / 遺伝子: cgd3_3190 / プラスミド: pet15mlh / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5CUE2
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 30 % PEG 2K MME 0.1 M Potassium thiocyanate 15% glycerol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 13570 / Num. obs: 13557 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.536 / Net I/σ(I): 7.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.033.30.7566711.183199.4
2.03-2.073.30.6976601.19199.7
2.07-2.113.40.6036961.206199.7
2.11-2.153.40.4956461.3199.7
2.15-2.23.40.4696751.338199.9
2.2-2.253.40.3856801.3321100
2.25-2.313.40.3516651.47199.8
2.31-2.373.40.2986811.4751100
2.37-2.443.40.2636621.5641100
2.44-2.523.50.2456791.4411100
2.52-2.613.40.2316641.5221100
2.61-2.713.50.1966911.4841100
2.71-2.843.50.1566731.6531100
2.84-2.993.50.1296851.5761100
2.99-3.173.50.1016761.6651100
3.17-3.423.50.0786771.7371100
3.42-3.763.50.0566901.6991100
3.76-4.313.50.0456771.6541100
4.31-5.433.50.0497031.8331100
5.43-503.40.0527062.278199

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å33.53 Å
Translation2 Å33.53 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
BUSTER2.10.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→33.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9214 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8924 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2255 670 4.96 %RANDOM
Rwork0.1844 ---
all0.1864 13536 --
obs0.1864 13518 99.86 %-
原子変位パラメータBiso max: 81.53 Å2 / Biso mean: 25.2892 Å2 / Biso min: 6.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.0241 Å20 Å20.9346 Å2
2--8.7506 Å20 Å2
3---2.2735 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.215 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→33.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 13 107 1875
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d654SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes261HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1847HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion246SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2328SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1847HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2504HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.18
LS精密化 シェル解像度: 2→2.16 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 149 5.42 %
Rwork0.2085 2601 -
all0.2103 2750 -
obs--99.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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