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万見
- PDB-4ld8: Crystal Structure of Dimeric Sudan Virus VP40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ld8
タイトルCrystal Structure of Dimeric Sudan Virus VP40
要素Matrix protein VP40
キーワードVIRAL PROTEIN / viral matrix protein / matrix assembly / viral budding / viral transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endomembrane system / host cell late endosome membrane / viral budding via host ESCRT complex / structural constituent of virion / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / ribonucleoprotein complex / host cell plasma membrane / virion membrane / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich ...EV matrix protein / Matrix protein VP40, N-terminal domain / EV matrix protein fold / EV matrix protein, C-terminal / EV matrix protein / EV matrix domain superfamily / EV matrix protein, N-terminal / Matrix protein VP40 / Topoisomerase I; domain 3 / Distorted Sandwich / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein VP40
類似検索 - 構成要素
生物種Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Bornholdt, Z.A. / Ableson, D.M. / Saphire, E.O.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2013
タイトル: Structural Rearrangement of Ebola Virus VP40 Begets Multiple Functions in the Virus Life Cycle.
著者: Bornholdt, Z.A. / Noda, T. / Abelson, D.M. / Halfmann, P. / Wood, M.R. / Kawaoka, Y. / Saphire, E.O.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月4日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Matrix protein VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6041
ポリマ－32,6041
非ポリマー00
水2,432135
1
A: Matrix protein VP40

A: Matrix protein VP40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,2072
ポリマ－65,2072
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area1690 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.364, 91.494, 48.021
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-518-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Matrix protein VP40 / Membrane-associated protein VP40


分子量: 32603.617 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 44-326 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sudan ebolavirus (エボラウイルス)
遺伝子: VP40 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5XX06
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG400, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 85 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double-crystal monochromator: LN2 cooled first crystal, sagittal focusing 2nd crystal
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.83→33.034 Å / Num. all: 23931 / Num. obs: 23880 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル最高解像度: 1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1389)精密化
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.83→33.034 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.75 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2114 1219 5.1 %RANDOM
Rwork0.1827 ---
obs0.1841 23880 99.4 %-
all-23931 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.83→33.034 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1820 0 0 135 1955
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081863
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1842539
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.095701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005320
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.83-1.90330.32341270.28682521X-RAY DIFFRACTION100
1.9033-1.98990.28151370.25022541X-RAY DIFFRACTION99
1.9899-2.09480.22371320.21442486X-RAY DIFFRACTION100
2.0948-2.2260.25511400.21092522X-RAY DIFFRACTION100
2.226-2.39780.25381480.19762506X-RAY DIFFRACTION100
2.3978-2.6390.23571210.1982550X-RAY DIFFRACTION100
2.639-3.02070.23741610.19422494X-RAY DIFFRACTION100
3.0207-3.80480.2011270.17682539X-RAY DIFFRACTION100
3.8048-33.03920.16181260.15352502X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.71170.74560.43952.80340.17131.5748-0.0492-0.0110.0792-0.1264-0.01750.31710.0656-0.13970.07380.23850.0039-0.01360.2187-0.00640.234816.895724.819517.4105
22.21990.05970.27431.25560.03321.2423-0.0524-0.4089-0.02450.1726-0.00540.5575-0.2475-0.48640.07760.40030.0662-0.06320.47550.08730.507311.514440.28413.9637
31.5333-0.8343-0.06633.0703-1.24141.8330.00850.34640.1404-0.5753-0.01770.16740.1615-0.1274-0.00990.4687-0.0302-0.08250.3980.05340.364115.162540.3573-2.1067
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 44 through 185 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 186 through 235 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 236 through 308 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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