[日本語] English
万見
- PDB-4ld1: Structural analysis of the microcephaly protein CPAP G-box domain... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ld1
タイトルStructural analysis of the microcephaly protein CPAP G-box domain suggests a role in centriole elongation.
要素Uncharacterized protein
キーワードstructural protein / protein binding / beta sheet / G-box / Centriole organisation
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / centriole elongation / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / cilium assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centriole / tubulin binding ...TP53 regulates transcription of additional cell cycle genes whose exact role in the p53 pathway remain uncertain / positive regulation of mitotic spindle organization / centriole elongation / procentriole replication complex / positive regulation of centriole replication / positive regulation of spindle assembly / cilium assembly / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / centriole / tubulin binding / protein domain specific binding / centrosome / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
lipopolysaccharide transport protein A fold - #20 / T-complex protein 10, C-terminal domain / T-complex protein 10 family / T-complex protein 10 C-terminus / lipopolysaccharide transport protein A fold / : / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / TRIETHYLENE GLYCOL / Centromere protein J
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Hatzopoulos, G.N. / Vakonakis, I.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Structural analysis of the G-box domain of the microcephaly protein CPAP suggests a role in centriole architecture.
著者: Hatzopoulos, G.N. / Erat, M.C. / Cutts, E. / Rogala, K.B. / Slater, L.M. / Stansfeld, P.J. / Vakonakis, I.
履歴
登録2013年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月16日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32014年2月5日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4476
ポリマ－20,8601
非ポリマー5875
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.632, 50.254, 60.345
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 20860.330 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 942-1121 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: cenpj / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E7FCY1

-
非ポリマー , 5種, 209分子

#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/Imidazole, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, ...詳細: 0.1 M MES/Imidazole, 0.03 M sodium nitrate, 0.03 M disodium hydrogen phosphate, 0.03 M ammonium sulfate, 12.5% w/v PEG 1000, 12.5% w/v PEG 3350, 12.5% v/v MPD , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年3月16日
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→39.47 Å / Num. all: 42877 / Num. obs: 42577 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 156243 / Observed criterion σ(I): 156243

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIXAUTOSOLモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.44→39.467 Å / SU ML: 0.14 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1797 2156 5.06 %RANDOM
Rwork0.1536 ---
obs0.1549 42577 99.3 %-
all-42877 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.44→39.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1262 0 39 204 1505
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091413
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2041918
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.18548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07200
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007260
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.44-1.47350.29011370.22372694X-RAY DIFFRACTION100
1.4735-1.51040.24691290.18942711X-RAY DIFFRACTION100
1.5104-1.55120.21831430.16112650X-RAY DIFFRACTION98
1.5512-1.59680.16581410.13032635X-RAY DIFFRACTION97
1.5968-1.64840.19311520.12792647X-RAY DIFFRACTION99
1.6484-1.70730.18351420.12872718X-RAY DIFFRACTION100
1.7073-1.77570.16671400.12522684X-RAY DIFFRACTION100
1.7757-1.85650.15761480.12092695X-RAY DIFFRACTION100
1.8565-1.95430.16871380.12342712X-RAY DIFFRACTION100
1.9543-2.07680.16081470.12272715X-RAY DIFFRACTION100
2.0768-2.23710.16821530.13512677X-RAY DIFFRACTION100
2.2371-2.46220.16651320.142728X-RAY DIFFRACTION100
2.4622-2.81840.19311690.16122683X-RAY DIFFRACTION100
2.8184-3.55060.18921380.16062722X-RAY DIFFRACTION99
3.5506-39.48160.17651470.17212748X-RAY DIFFRACTION98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る