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- PDB-4lcm: Simvastatin Synthase (LOVD), from Aspergillus Terreus, LovD9 muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lcm
タイトルSimvastatin Synthase (LOVD), from Aspergillus Terreus, LovD9 mutant (simh9014)
要素Transesterase
キーワードTRANSFERASE / laboratory-directed evolution / Transesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / defense response to fungus / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能
: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Monacolin J acid methylbutanoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus terreus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Gao, X. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Tang, Y.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: The role of distant mutations and allosteric regulation on LovD active site dynamics.
著者: Jimenez-Oses, G. / Osuna, S. / Gao, X. / Sawaya, M.R. / Gilson, L. / Collier, S.J. / Huisman, G.W. / Yeates, T.O. / Tang, Y. / Houk, K.N.
履歴
登録2013年6月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32014年6月4日Group: Database references
改定 1.42017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transesterase
B: Transesterase
C: Transesterase
D: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)189,0844
ポリマ－189,0844
非ポリマー00
水21612
1
A: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2711
ポリマ－47,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2711
ポリマ－47,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2711
ポリマ－47,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Transesterase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,2711
ポリマ－47,2711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.310, 83.940, 99.200
Angle α, β, γ (deg.)102.560, 89.020, 107.640
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The biological unit is a monomer. There are four biological units in the asymmetric unit (chains A,B,C,D).

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要素

#1: タンパク質
Transesterase


分子量: 47271.008 Da / 分子数: 4
変異: I4N A9V K26E R28S I35L C40A N43R C60N D96R S109C A123P M157V S164G S172N L174F A178V N191G L192I Q241M A247S R250K S256T A261H G275S Q297G L335M L361M V370I A383V N391S H404K
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y7D1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 18% PEG-3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5, 0.2 M MgCl2, 10mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.19→19.66 Å / Num. all: 25955 / Num. obs: 25955 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 37.052 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
3.19-3.270.67913243184989.2
3.27-3.360.5641.253309187892
3.36-3.460.4381.663187178691.5
3.46-3.560.4041.843217180192.9
3.56-3.680.2762.913062170091.3
3.68-3.810.2612.923031168092.7
3.81-3.950.2363.342878158792.8
3.95-4.110.1853.952869156692.9
4.11-4.30.1574.482754151794.6
4.3-4.510.145.332597142793.8
4.51-4.750.126.122510137793.6
4.75-5.040.1425.332373129694.7
5.04-5.390.1195.642195120293
5.39-5.820.1465.232050113093.6
5.82-6.370.1345.661881102892.8
6.37-7.130.1086.99169995993.6
7.13-8.230.06710.4150681493.3
8.23-10.080.0416.22126066289.8
10.08-14.250.0319.64102853489.3
14.250.02918.231116254

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å19.67 Å
Translation3.5 Å19.67 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
BUSTER2.8.0精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HLC

3hlc


解像度: 3.19→19.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8573 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.7961 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1302 5.02 %RANDOM
Rwork0.2077 ---
all0.2099 25938 --
obs0.2099 25938 --
原子変位パラメータBiso max: 148.28 Å2 / Biso mean: 50.781 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.8942 Å28.5905 Å25.1409 Å2
2--12.7378 Å210.2425 Å2
3----4.8435 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.566 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.19→19.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12344 0 0 12 12356
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4648SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes316HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1844HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12608HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1572SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15466SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d12608HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17056HARMONIC21.26
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.72
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion21.75
LS精密化 シェル解像度: 3.19→3.32 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2371 152 5.23 %
Rwork0.2315 2757 -
all0.2318 2909 -
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.822-0.141.47182.9959-0.67312.59660.03740.0283-0.0337-0.03090.00590.14640.22890.0077-0.0433-0.208-0.05370.0106-0.17940.1796-0.12654.3177-24.7084-3.2352
21.7298-0.36581.61962.7867-0.57113.0826-0.08990.0077-0.03970.2994-0.02-0.1611-0.1277-0.05160.1099-0.0766-0.0631-0.0382-0.17940.2443-0.189125.0869-33.396243.7179
31.40420.64381.05642.7198-0.57623.3386-0.1226-0.02160.138-0.42480.18010.09880.0378-0.1728-0.0575-0.065-0.043-0.0311-0.23370.2283-0.139216.101-71.6747.1232
41.1050.26430.5112.2868-0.88272.96290.1546-0.01750.04840.2062-0.1072-0.1664-0.02830.1068-0.0474-0.1278-0.0503-0.0764-0.16210.18-0.0484-10.5896-60.7286-9.4324
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A12 - 413
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B12 - 413
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C12 - 413
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D12 - 413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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