PDB-4lcl: Simvastatin Synthase (LOVD), from Aspergillus Terreus, LovD6 muta...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lcl

タイトル

Simvastatin Synthase (LOVD), from Aspergillus Terreus, LovD6 mutant (simh6208)

要素

Transesterase

キーワード

TRANSFERASE / laboratory-directed evolution / Transesterase

機能・相同性

機能・相同性情報

monacolin J acid methylbutanoate transferase / lovastatin biosynthetic process / polyketide synthase activity / polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process / defense response to fungus / hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Aspergillus terreus (カビ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gao, X. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O. / Tang, Y.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: The role of distant mutations and allosteric regulation on LovD active site dynamics.
著者: Jimenez-Oses, G. / Osuna, S. / Gao, X. / Sawaya, M.R. / Gilson, L. / Collier, S.J. / Huisman, G.W. / Yeates, T.O. / Tang, Y. / Houk, K.N.

履歴

登録	2013年6月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年4月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月16日	Group: Database references
改定 1.2	2014年5月28日	Group: Database references
改定 1.3	2014年6月4日	Group: Database references
改定 1.4	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lcl.cif.gz	332.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lcl.ent.gz	269.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lcl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lcl_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lcl_full_validation.pdf.gz	460.6 KB	表示
XML形式データ	4lcl_validation.xml.gz	32 KB	表示
CIF形式データ	4lcl_validation.cif.gz	46.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/4lcl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/4lcl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lcmC 3hlcS 3hl9 3hlb 3hld 3hle 3hlf 3hlg S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4n2o-11 7c2x-d 2ihm-1 4h5b-d 1iyl-1 2hrz-d 4n2o-12 2yft-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transesterase

B: Transesterase

ヘテロ分子

96.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.800, 76.390, 113.760
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.910, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological unit is a monomer. There are two biological units in the asymmetric unit (chain A and chain B).

#1: タンパク質	Transesterase 分子量: 48394.133 Da / 分子数: 2 変異: A9V K26E C40A N43R C60N A123P M157V S164G S172N A178L N191G L192I Q241M A247S R250K G275S Q297E L361M V370I A383V H404K 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus terreus (カビ) / 遺伝子: lovD / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q9Y7D1
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 18% PEG-4000, 50mM sodium citrate pH 5.6, 16% propanol, 1mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9641 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月16日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9641 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.8→18.1 Å / Num. all: 69030 / Num. obs: 69030 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 22.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 21.01

反射シェル

解像度 (Å)	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all	Num. unique all
1.8-1.85	3.17	51.5	1	99.5
3.29-3.6	50.49	2.1	1	99.1
3.6-4.65	52.55	2	1	99
4.65-5.69	54.14	1.7	1	99.3
5.69-8.05	53.96	1.8	1	99.3
8.05-18.1	57.27	1.6	1	95.6	787

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3 Å	45.55 Å
Translation	3 Å	45.55 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.3.0	位相決定
BUSTER-TNT		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
BUSTER	2.10.0	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HLC

3hlc

解像度: 1.8→18.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9555 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9471 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.191	3448	5 %	RANDOM
R_work	0.1672	-	-	-
obs	0.1684	68966	99.48 %	-
all	-	68966	-	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 123.68 Å² / B_iso mean: 28.0407 Å² / B_iso min: 8.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.8964 Å²	0 Å²	0.2552 Å²
2-	-	-1.1644 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.0608 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.208 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→18.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6350	0	8	383	6741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	2319	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	170	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	964	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	6541	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	817	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	8121	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	6541	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	8860	HARMONIC	2	1.02
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				3.74
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				15.51

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.85 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2168	255	5.01 %
R_work	0.1977	4834	-
all	0.1986	5089	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7766	-0.1055	-0.0031	0.7517	-0.1658	0.9615	0.01	0.1242	0.0214	-0.0994	0.0132	0.0188	-0.0083	-0.0388	-0.0231	-0.0588	0.0087	0.0035	-0.0621	0.0053	-0.0585	16.535	24.4864	11.3501
2	1.2158	-0.1173	-0.0922	1.1346	-0.3716	1.3379	0.0374	-0.3267	-0.0045	0.1367	0.0383	0.0349	-0.016	0.0081	-0.0757	-0.1178	-0.0086	0.0043	-0.05	-0.0043	-0.1116	12.5525	54.7572	44.9126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	-10 - 413
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	-9 - 413

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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