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- PDB-4laj: Crystal structure of HIV-1 YU2 envelope gp120 glycoprotein in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4laj
タイトルCrystal structure of HIV-1 YU2 envelope gp120 glycoprotein in complex with CD4-mimetic miniprotein, M48U1, and llama single-domain, broadly neutralizing, co-receptor binding site antibody, JM4
要素
  • CD4-mimetic miniprotein M48U1
  • HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
  • Llama single domain antibody, JM4
キーワードVIRAL PROTEIN/INHIBITOR / CD4-induced antibody / HIV-1 neutralizing antibody / HIV-1 gp120 reactive / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...immunoglobulin complex / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / adaptive immune response / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex ...HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / : / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Beta Complex / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1 / 6-AMINOHEXANOIC ACID / Hi113 protein / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Acharya, P. / Luongo, T.S. / Kwong, P.D.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Heavy Chain-Only IgG2b Llama Antibody Effects Near-Pan HIV-1 Neutralization by Recognizing a CD4-Induced Epitope That Includes Elements of Coreceptor- and CD4-Binding Sites.
著者: Acharya, P. / Luongo, T.S. / Georgiev, I.S. / Matz, J. / Schmidt, S.D. / Louder, M.K. / Kessler, P. / Yang, Y. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chen, L. / Baty, D. / Chames, P. / Martin, L. / ...著者: Acharya, P. / Luongo, T.S. / Georgiev, I.S. / Matz, J. / Schmidt, S.D. / Louder, M.K. / Kessler, P. / Yang, Y. / McKee, K. / O'Dell, S. / Chen, L. / Baty, D. / Chames, P. / Martin, L. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2013年6月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月21日Group: Structure summary
改定 1.22013年9月4日Group: Database references
改定 1.32014年4月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
J: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
F: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
A: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
B: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
K: CD4-mimetic miniprotein M48U1
D: CD4-mimetic miniprotein M48U1
G: CD4-mimetic miniprotein M48U1
C: CD4-mimetic miniprotein M48U1
H: Llama single domain antibody, JM4
M: Llama single domain antibody, JM4
L: Llama single domain antibody, JM4
I: Llama single domain antibody, JM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)243,35955
ポリマ－235,05112
非ポリマー8,30843
水10,269570
1
J: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
K: CD4-mimetic miniprotein M48U1
H: Llama single domain antibody, JM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,81613
ポリマ－58,7633
非ポリマー2,05310
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3440 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
F: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
G: CD4-mimetic miniprotein M48U1
M: Llama single domain antibody, JM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,75412
ポリマ－58,7633
非ポリマー1,9919
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21360 Å2
手法PISA
3
A: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
D: CD4-mimetic miniprotein M48U1
L: Llama single domain antibody, JM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,94015
ポリマ－58,7633
非ポリマー2,17712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
4
B: HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein
C: CD4-mimetic miniprotein M48U1
I: Llama single domain antibody, JM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,85015
ポリマ－58,7633
非ポリマー2,08712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area21490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.772, 86.221, 144.848
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain J
12chain K
13chain M

NCSドメイン領域:

Dom-ID: 1 / Component-ID: 1 / End auth comp-ID: HOH / End label comp-ID: HOH

Ens-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1VALVALchain 'J'JA - DB44 - 66625
2MPTMPTchain 'K'KE - HB1 - 1031
3GLUGLUchain 'M'MJ - MB1 - 2091

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド / 抗体 / 糖 , 4種, 47分子 JFABKDGCHMLI

#1: タンパク質
HIV-1 YU2 gp120 envelope glycoprotein


分子量: 41695.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: YU2 / 遺伝子: Env / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35961*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
CD4-mimetic miniprotein M48U1


タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 3056.804 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CD4-mimetic miniprotein / 参照: CD4-MIMETIC MINIPROTEIN M48U1
#3: 抗体
Llama single domain antibody, JM4


分子量: 14010.511 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo Sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A2KD57*PLUS
#4: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 578分子

#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-ACA / 6-AMINOHEXANOIC ACID / AMINOCAPROIC ACID / 6-アミノヘキサン酸


タイプ: peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / コメント: 阻害剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

構成要素の詳細THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) ...THE CD4-MIMETIC MINIPROTEINS INHIBIT HIV-1 ENTRY AND ARE DERIVED FROM SCYLLATOXIN (A SCORPION TOXIN) BY TRANSPLANTING THE GP120-INTERACTIVE REGION OF CD4 ONTO THE SCYLLATOXIN SCAFFOLD, FOLLOWED BY MANY ROUNDS OF ITERATIVE OPTIMIZATION

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.92 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8
詳細: PEG 3000 28% w/v, 0.2 M lithium sulfate monohydrate, 0.1M imidazole, pH 8.0, 30% w/v 6-aminohexanoic acid , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 詳細: SI (111)
放射モノクロメーター: SI 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→50 Å / Num. obs: 99049 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.106 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.14→2.17 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.46 / % possible all: 45.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ROM and 4JZZ

3rom

4jzz


解像度: 2.14→38.8 Å / SU ML: 0.26 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.227 4969 5.03 %
Rwork0.185 --
obs0.188 98838 76.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→38.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15223 0 527 570 16320
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00516225
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.00321922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9195955
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1812498
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042772
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11J6459X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL7.758
21K381X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL7.758
31M1692X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL7.758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.14-2.16070.3248700.2261329X-RAY DIFFRACTION32
2.1607-2.18620.2719910.22971839X-RAY DIFFRACTION45
2.1862-2.21280.29381030.22281912X-RAY DIFFRACTION48
2.2128-2.24080.2787860.23682063X-RAY DIFFRACTION50
2.2408-2.27030.29281180.2232009X-RAY DIFFRACTION50
2.2703-2.30140.25781070.21622168X-RAY DIFFRACTION53
2.3014-2.33430.26821280.19992133X-RAY DIFFRACTION53
2.3343-2.36910.3551030.21542280X-RAY DIFFRACTION56
2.3691-2.40610.26891370.22832335X-RAY DIFFRACTION58
2.4061-2.44560.26091160.22632442X-RAY DIFFRACTION60
2.4456-2.48770.26941270.22212561X-RAY DIFFRACTION63
2.4877-2.5330.29351480.21752739X-RAY DIFFRACTION67
2.533-2.58170.28811600.2172873X-RAY DIFFRACTION71
2.5817-2.63440.29851500.22713036X-RAY DIFFRACTION74
2.6344-2.69160.26971870.22953181X-RAY DIFFRACTION78
2.6916-2.75420.24491640.22323376X-RAY DIFFRACTION83
2.7542-2.82310.26652270.22733449X-RAY DIFFRACTION86
2.8231-2.89940.2831930.21753621X-RAY DIFFRACTION89
2.8994-2.98470.27781710.22053771X-RAY DIFFRACTION92
2.9847-3.0810.2962130.22313949X-RAY DIFFRACTION96
3.081-3.1910.2552330.21263907X-RAY DIFFRACTION97
3.191-3.31870.24232170.19484063X-RAY DIFFRACTION99
3.3187-3.46970.22722080.18774086X-RAY DIFFRACTION100
3.4697-3.65250.23881990.1784042X-RAY DIFFRACTION100
3.6525-3.88110.19292270.16924111X-RAY DIFFRACTION100
3.8811-4.18050.18332240.15084047X-RAY DIFFRACTION100
4.1805-4.60060.182130.13524103X-RAY DIFFRACTION99
4.6006-5.26490.16842340.13624068X-RAY DIFFRACTION100
5.2649-6.62780.2072040.17734153X-RAY DIFFRACTION100
6.6278-38.80960.19922110.18714223X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.22630.3516-0.15941.6922-0.03391.1021-0.10940.1443-0.1711-0.28430.01780.12450.0965-0.13640.08530.3219-0.00310.10020.254-0.02810.5286-11.31390.1873-69.4121
22.94290.43542.13264.84540.76324.43070.034-0.0302-0.0863-0.0405-0.02070.22050.4035-0.0270.01940.3688-0.01320.1450.2703-0.00330.375-32.103532.9711-25.9635
31.24090.0294-0.06361.7053-0.00781.84560.10490.18560.1525-0.29270.0166-0.0946-0.17770.0288-0.11920.38920.02490.16250.3026-0.0060.4514-32.7723-7.9658-22.778
42.21180.42711.11573.7997-1.15545.612-0.07660.37250.3678-0.3130.05780.0437-0.08110.09250.01810.2406-0.01240.07530.29970.08810.4184-13.39744.2456-81.6369
51.0136-0.10190.38911.52540.40692.27110.0043-0.1103-0.10550.48450.0809-0.22480.00050.2672-0.08250.496-0.00290.04830.3231-0.02080.4538-20.399445.8724.3249
63.3295-0.70041.84794.2788-0.37335.3387-0.043-0.3446-0.33120.3580.0504-0.43910.23150.167900.31960.06440.05620.32940.11090.58455.7406-6.7224-40.5729
71.1266-0.1280.00421.2062-0.01491.108-0.0281-0.12790.11440.18030.0319-0.0806-0.07170.03080.01020.2844-0.00780.09550.2093-0.00630.4205-1.944336.7832-50.0493
82.34240.84961.12515.3931.35986.52390.082-0.86420.66951.1619-0.016-0.6236-0.42160.375-0.07410.7048-0.0504-0.06990.6417-0.24920.7243-20.79233.69687.7747
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A or chain D
2X-RAY DIFFRACTION2chain H
3X-RAY DIFFRACTION3chain F or chain G
4X-RAY DIFFRACTION4chain I
5X-RAY DIFFRACTION5chain J or chain K
6X-RAY DIFFRACTION6chain L
7X-RAY DIFFRACTION7chain B or chain C
8X-RAY DIFFRACTION8chain M

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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