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- PDB-5z38: Crystal structure of CsrA bound to CesT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z38
タイトルCrystal structure of CsrA bound to CesT
要素
  • CesT protein
  • Truncated-CsrA
  • wild type CsrA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/CHAPERONE / EHEC and EPEC / RNA BINDING PROTEIN-CHAPERONE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate metabolic process / protein secretion by the type III secretion system / mRNA stabilization / mRNA catabolic process / positive regulation of translational initiation / negative regulation of translational initiation / mRNA 5'-UTR binding / negative regulation of translation / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator superfamily / Global regulator protein family / Tir chaperone protein (CesT) family / Tir chaperone protein (CesT) family / Yope Regulator; Chain: A, - #10 / Yope Regulator; Chain: A, / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Translational regulator CsrA / Carbon storage regulator / Tir chaperone / CesT protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.292 Å
データ登録者Ye, F. / Yang, F. / Yu, R. / Lin, X. / Qi, J. / Chen, Z. / Gao, G.F. / Lu, G.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
National Key R&D Program of China2016YFC1200305 中国
National Natural Science Foundation-Outstanding Youth Foundation81522026 中国
Sichuan Outstanding Youth Science & Technology Funding2016JQ0001 中国
Outstanding Youth Foundation of Sichuan University2016SCU04B01 中国
National Natural Science Foundation of China81621091 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of binding between the global post-transcriptional regulator CsrA and the T3SS chaperone CesT
著者: Ye, F. / Yang, F. / Yu, R. / Lin, X. / Qi, J. / Chen, Z. / Cao, Y. / Wei, Y. / Gao, G.F. / Lu, G.
履歴
登録2018年1月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CesT protein
B: CesT protein
C: CesT protein
D: CesT protein
E: Truncated-CsrA
F: wild type CsrA
G: Truncated-CsrA
H: wild type CsrA
I: Truncated-CsrA
J: wild type CsrA
K: Truncated-CsrA
L: wild type CsrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,30212
ポリマ－122,30212
非ポリマー00
水2,486138
1
A: CesT protein
C: CesT protein
E: Truncated-CsrA
F: wild type CsrA
G: Truncated-CsrA
H: wild type CsrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1516
ポリマ－61,1516
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14560 Å2
ΔGint-89 kcal/mol
Surface area23340 Å2
手法PISA
2
B: CesT protein
D: CesT protein
I: Truncated-CsrA
J: wild type CsrA
K: Truncated-CsrA
L: wild type CsrA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,1516
ポリマ－61,1516
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14760 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area23260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)252.750, 52.546, 93.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.73, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-105-

HOH

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要素

#1: タンパク質
CesT protein / Chaperone CesT / Type III secretion system / chaperone for Tir / LEE associated


分子量: 17875.041 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cesT, ERS085406_02303, L537_036, LIHIT_032 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5WMC8, UniProt: Q47015*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Truncated-CsrA / Carbon storage regulator


分子量: 5205.131 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Truncated-CsrA and wild type CsrA are linked via a GGGGSGGGGS linker.
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: csrA, E2348C_2959 / Variant: UNP residues 1-44 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7UHB4, UniProt: P69913*PLUS
#3: タンパク質
wild type CsrA / Carbon storage regulator


分子量: 7495.450 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC / 遺伝子: csrA, E2348C_2959 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7UHB4, UniProt: P69913*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 138 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M sodium citrate tribasic dihydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97775 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97775 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 54958 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Rsym value: 0.072 / Net I/σ(I): 23.01
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.253 / Num. unique obs: 5428 / CC1/2: 0.877 / Rpim(I) all: 0.557 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1K3E, 2BTI

1k3e

2bti


解像度: 2.292→49.351 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 36.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2513 2677 4.9 %
Rwork0.2331 --
obs0.234 54651 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.292→49.351 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7830 0 0 138 7968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037946
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57910735
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4372978
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031386
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2919-2.33350.41551080.47052486X-RAY DIFFRACTION91
2.3335-2.37840.4921300.45292731X-RAY DIFFRACTION99
2.3784-2.4270.49951410.44052711X-RAY DIFFRACTION99
2.427-2.47970.46711520.40872686X-RAY DIFFRACTION99
2.4797-2.53740.41481500.3862696X-RAY DIFFRACTION99
2.5374-2.60090.35871410.37162708X-RAY DIFFRACTION99
2.6009-2.67120.36621360.33742725X-RAY DIFFRACTION99
2.6712-2.74980.29991540.32132782X-RAY DIFFRACTION99
2.7498-2.83850.3091540.32782659X-RAY DIFFRACTION99
2.8385-2.940.3581340.30952765X-RAY DIFFRACTION99
2.94-3.05770.29321330.27412744X-RAY DIFFRACTION99
3.0577-3.19680.25631180.26012755X-RAY DIFFRACTION100
3.1968-3.36530.28891470.2482743X-RAY DIFFRACTION100
3.3653-3.57610.27761550.23922769X-RAY DIFFRACTION100
3.5761-3.85210.261450.21152730X-RAY DIFFRACTION99
3.8521-4.23960.21361380.1832784X-RAY DIFFRACTION100
4.2396-4.85260.18371490.16422777X-RAY DIFFRACTION99
4.8526-6.11190.18831240.19142824X-RAY DIFFRACTION100
6.1119-49.36260.19891680.18842899X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.0079-0.3378-0.20730.3719-0.07670.1914-0.27040.34170.27830.10640.0076-0.1939-0.25120.2443-00.868-0.07410.11540.6953-0.15441.0876-23.525525.192456.2275
20.3181-0.04630.52570.5903-0.20210.51030.4884-0.31850.17060.0852-0.44860.19790.0524-0.078700.7357-0.09010.09780.7502-0.15350.7946-22.651715.407855.1908
30.63780.05360.29380.6249-0.70850.67790.03490.18280.25170.7614-0.1661.37260.37060.253300.6544-0.05750.08060.8511-0.18910.8452-26.57214.29653.0471
41.0613-0.8281-0.10220.5877-0.78470.50410.121-0.2644-0.4121-0.22690.1738-0.0774-0.35070.384400.6457-0.10440.0450.7853-0.17170.6776-27.6189-3.324460.5895
51.2712-0.339-0.18341.4257-0.71580.63250.2222-0.09210.18280.1863-0.3411-0.0619-0.01420.036600.6485-0.09140.02340.7231-0.08810.6302-21.53717.379957.213
60.05250.0291-0.05680.32750.0255-0.02080.86290.21420.5151-1.23890.2845-0.33060.6933-0.127400.7026-0.00220.07950.69120.03940.8793-43.16056.824155.8654
70.43280.50790.40681.6059-0.37460.33680.19180.57080.0214-0.1581-0.13970.04590.06-0.006200.74980.2093-0.07340.9439-0.06880.5533-64.716.34943.7275
80.4810.4319-0.17620.5269-0.38580.15390.08970.96510.63060.24140.4890.05250.10071.4579-0.00260.66560.0567-0.05870.774-0.11170.5788-57.724410.228619.1119
91.9194-0.8105-1.2661.0696-0.55851.8450.08560.1411-0.12950.1387-0.08040.1110.15870.153500.60930.0579-0.08990.494-0.01930.5393-59.98893.127121.0638
100.89360.2371-0.02020.34280.26710.25280.72560.15550.4128-0.2758-0.40670.0989-0.81440.29330.01680.61630.0727-0.03650.9773-0.00740.5646-51.431512.988513.2763
110.01420.19860.28970.36560.59910.4228-0.4472-1.4516-0.02320.56320.21320.1433-0.11330.6667-00.9763-0.03980.0931.637-0.01170.9493-36.0241-7.572986.7897
122.3542-0.1713-0.86980.5542-0.63670.53150.0472-0.5105-0.1449-0.0157-0.0313-0.0831-0.03990.236600.658-0.10230.01440.7781-0.03950.6728-37.327-4.966867.2064
132.353-0.022-0.26610.0362-1.10632.14620.1011-0.6999-0.37250.0030.06440.3307-0.35160.29950.00020.6378-0.09660.12040.6722-0.09670.7579-36.9498-4.408468.8623
140.03410.03820.0532-0.0083-0.02380.18790.0793-0.1020.01820.53180.1822-1.720.98840.15130.00031.29920.33670.18330.83480.04671.7122-37.8253-23.309922.8218
150.05840.0815-0.0307-0.00150.08130.0415-0.45710.26660.25440.1757-0.08750.58550.0194-0.6826-0.00011.39910.36090.24231.09230.20971.5565-41.4017-18.936833.6366
160.23370.36290.36560.84520.99491.1401-0.0599-0.041-0.2480.40770.70840.7242-0.56180.7110.0630.8240.3224-0.02711.08990.25850.9334-33.5154-11.538626.9849
170.8352-0.2834-0.35930.8246-0.87761.0923-0.0969-0.8707-0.379-0.2849-0.33040.50830.0594-0.0974-0.00370.78110.2183-0.06480.80210.08290.6936-44.6284-6.032628.244
180.62250.21720.26430.7343-0.58680.68250.00930.4475-0.1055-0.12250.1444-0.08720.06880.376900.65290.1073-0.08790.75160.00320.6259-47.41875.724821.6354
192.7188-0.8377-1.63941.7858-0.16130.6031-0.2710.0099-0.5887-0.1527-0.06420.18950.08010.4936-0.00060.6260.1468-0.06290.7352-0.04560.6636-40.9498-5.573720.6186
200.03960.0298-0.01120.0620.04770.01850.6791-0.9458-0.4002-0.1809-0.4949-0.571-0.7634-0.097-0.00010.82770.041-0.121.01950.01050.8-33.68269.098329.1428
210.003-0.0083-0.02230.01-0.02560.02840.2107-0.0660.1550.46590.5445-0.24460.58040.0665-0.00011.46360.05550.05482.3236-0.31761.5291-35.1522-2.094834.7004
221.00420.4795-0.35920.4428-0.29060.13910.442-0.6795-1.89640.12680.0690.2945-0.03460.6437-0.00140.70780.1605-0.03920.57560.03580.9609-56.2471-5.227132.5012
230.1809-0.29190.21730.0802-0.2990.5594-0.2174-0.2827-0.130.01110.273-0.47640.11190.23740.00320.6686-0.0760.02420.3142-0.00460.8173-55.5386-0.498268.4173
240.07820.0804-0.06070.15120.01540.0495-0.22891.44040.5408-0.8481-0.06260.0985-0.4939-0.514700.80540.00650.02590.65390.08180.7017-61.12835.045157.2935
254.23550.58056.43170.71071.0449.86960.1726-2.71981.24110.25370.39620.8098-0.0386-0.8770.58570.74760.04350.0552-0.62040.25390.9369-64.44327.02769.8343
260.5951-0.20550.02760.49960.07080.14970.1715-0.70420.32140.62630.2187-0.1267-0.5919-0.9115-00.708-0.00830.12160.6711-0.06880.6594-67.87654.502769.8964
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360.01370.1427-0.02530.0399-0.0147-0.02320.07450.0974-0.3246-0.2-0.9527-0.19260.07930.1855-00.6843-0.13340.03711.1083-0.00280.6245-10.7782-10.245271.6289
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490.2378-0.2157-0.24771.06060.97661.2992-0.67850.4521-0.23920.5166-0.09061.51840.6496-0.2331-0.12510.78080.017-0.01060.90090.01791.6272-88.5522-2.869628.5001
500.519-0.57620.17171.1168-0.67960.99010.17940.0138-0.30980.13040.52490.9687-0.7721-0.27850.05290.55220.03750.02470.59310.01081.0489-86.50434.625329.049
510.87990.56820.06020.63140.24850.69830.18141.5447-0.28270.0821-0.27580.5445-0.34440.3648-0.04320.6130.0021-0.15170.4759-0.21811.0784-79.33141.135823.3372
520.4922-0.22180.36740.0935-0.15150.20860.0947-0.35280.0170.82150.46990.6413-0.7565-0.372200.97220.07890.16080.54640.10590.894-71.9215.427936.6706
532.2642-0.474-1.69070.04260.18661.5315-0.0561-1.3817-0.570.7432-0.21271.03690.84750.3773-0.00570.9944-0.01310.24070.5683-0.05161.5582-67.2658-9.691336.6672
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 27 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 28 through 47 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 48 through 62 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 63 through 87 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 88 through 144 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 145 through 154 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1 through 47 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 48 through 62 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 63 through 135 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 136 through 154 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 1 through 27 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 28 through 78 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 79 through 155 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 7 through 16 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 17 through 27 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 28 through 37 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 38 through 62 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 63 through 87 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 88 through 130 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 131 through 135 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 136 through 140 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 141 through 156 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid -3 through 10 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 11 through 17 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 18 through 26 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 27 through 37 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid -2 through 35 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 36 through 55 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid -3 through 10 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'G' and (resid 11 through 17 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'G' and (resid 18 through 37 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'H' and (resid 0 through 10 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'H' and (resid 11 through 26 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'H' and (resid 27 through 35 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'H' and (resid 36 through 44 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'H' and (resid 45 through 55 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'I' and (resid -4 through 10 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'I' and (resid 11 through 26 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'I' and (resid 27 through 38 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'J' and (resid 1 through 10 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'J' and (resid 11 through 17 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'J' and (resid 18 through 26 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'J' and (resid 27 through 35 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'J' and (resid 36 through 44 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'J' and (resid 45 through 55 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'K' and (resid -3 through 10 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'K' and (resid 11 through 17 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'K' and (resid 18 through 25 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'K' and (resid 26 through 37 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'L' and (resid 2 through 26 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'L' and (resid 27 through 35 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'L' and (resid 36 through 44 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'L' and (resid 45 through 55 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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