PDB-4l9f: Structure of a SeMet derivative of PpsR Q-PAS1 from Rb. sphaeroides

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l9f

タイトル

Structure of a SeMet derivative of PpsR Q-PAS1 from Rb. sphaeroides

要素

Transcriptional regulator, PpsR

キーワード

TRANSCRIPTION / PAS domain / Per-Arnt-Sim / oligomerization

機能・相同性

機能・相同性情報

sequence-specific DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Heintz, U. / Meinhart, A. / Schlichting, I. / Winkler, A.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Multi-PAS domain-mediated protein oligomerization of PpsR from Rhodobacter sphaeroides.
著者: Heintz, U. / Meinhart, A. / Winkler, A.

履歴

登録	2013年6月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l9f.cif.gz	54.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l9f.ent.gz	42.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/4l9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4l9eC 4l9gC 4hh0 4hh2 4hh3 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6oi4-2 2lao-d 2h56-1 1a1e-d 4fh0-d 5exq-d 1zv5-d 2abk-d 5dfs-d 5o10-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#183 - 2015年3月フォトトロピン (Phototropin) 類似性 (1) #207 - 2017年3月光活動性黄色タンパク質 (Photoactive Yellow Protein) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Transcriptional regulator, PpsR

15.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional regulator, PpsR

ソフトウェアが定義した集合体
31.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.610, 50.610, 163.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-321- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional regulator, PpsR 分子量: 15647.906 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 123-257 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア) 株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: ppsR, RHOS4_18870, RSP_0282 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3J179
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Transcriptional regulator, PpsR

分子量: 15647.906 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 123-257 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: ppsR, RHOS4_18870, RSP_0282 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q3J179

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.33 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 3% (w/v) PEG 4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid, 5 mM dithioerythritol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9794 Å

検出器

タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月4日 / 詳細: Dynamically bendable mirror

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9794 Å / 相対比: 1

Reflection

数: 331072 / R_merge(I) obs: 0.148 / D res high: 2.5 Å / Num. obs: 8108 / % possible obs: 100

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 4783 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 40.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.379 Å² / Net I/σ(I): 26.87

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.5-2.6	0.77	6.43	34236	887	1	99.8
2.6-2.7	0.65	7.9	30138	767	1	100
2.7-2.8	0.521	9.78	26927	682	1	100
2.8-3	0.408	12.7	45392	1071	1	99.8
3-4	0.164	26.81	113095	2712	1	100
4-6	0.073	53.26	57142	1394	1	100
6-10	0.062	59.84	19145	467	1	100
10-50	0.038	85.41	4997	128	1	100

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX-AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→42.3 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.8 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2373	240	5.02 %	RANDOM
R_work	0.193	-	-	-
obs	0.1954	4783	99.96 %	-
all	-	4783	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.7 Å² / B_iso mean: 41.3306 Å² / B_iso min: 16.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→42.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	861	0	0	22	883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	867
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	1165
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	139
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	152
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.131	339

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
2.5-3.15	0.2526	116	0.1843	2189	2305
3.15-42.3	0.2314	124	0.1964	2354	2478

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1118	1.4676	1.4921	7.141	3.2513	4.1753	0.4157	-0.4579	-0.3011	0.4722	-0.5349	1.6552	0.211	-1.4521	0.1048	0.3478	-0.0136	0.1072	0.4977	0.0043	0.5631	-2.9877	-1.8435	85.412
2	4.7183	-0.231	0.3063	4.0218	-0.5049	3.1742	0.069	0.3335	0.2314	-0.1371	0.0318	0.1846	-0.1937	-0.1387	-0.102	0.2374	0.0069	0.0273	0.2754	0.0054	0.2986	8.6738	15.2885	82.7423

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 143 through 157)	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 158 through 257 )	A	0

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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