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- PDB-4l6v: Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l6v
タイトルCrystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 4
  • (Photosystem I subunit ...) x 2
  • Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
  • Photosystem I iron-sulfur center
キーワードELECTRON TRANSPORT / photosynthetic reaction center / membrane complex / plastocyanin / cytochrome C6 / Ferredoxin
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / membrane => GO:0016020 / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 ...Photosystem I, reaction centre, subunit PsaF / Photosystem I p700 chlorophyll A apoprotein A1 / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Ii; Chain: D; / Photosystem I PsaD, reaction center subunit II / Photosystem 1 Reaction Centre Subunit Xi; Chain: L; / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / SH3 type barrels. - #50 / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Alpha-Beta Plaits - #20 / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / : / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 ...BETA-CAROTENE / CHLOROPHYLL A / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I subunit X / Photosystem I reaction center protein subunitXI / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I subunit VII / Photosystem I reaction center subunit IV / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit PsaK 2 / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit VIII
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N.
引用ジャーナル: Elife / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of virus-like photosystem I complexes from the mesophilic cyanobacterium Synechocystis PCC 6803.
著者: Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N.
履歴
登録2013年6月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年5月7日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 2.02023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.formula / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
i: Photosystem I subunit III
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
3: Photosystem I iron-sulfur center
4: Photosystem I subunit II
5: Photosystem I reaction center subunit IV
6: Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
9: Photosystem I subunit III
8: Photosystem I reaction center subunit XI
7: Photosystem I reaction center subunit XII
K: Photosystem I reaction center subunit VIII
I: Photosystem I subunit III
k: Photosystem I reaction center subunit VIII
0: Photosystem I reaction center subunit VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,036,491387
ポリマ－747,23030
非ポリマー289,261357
水00
1
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
K: Photosystem I reaction center subunit VIII
I: Photosystem I subunit III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,497129
ポリマ－249,07710
非ポリマー96,420119
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
a: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
b: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
c: Photosystem I iron-sulfur center
d: Photosystem I subunit II
e: Photosystem I reaction center subunit IV
f: Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
i: Photosystem I subunit III
l: Photosystem I reaction center subunit XI
m: Photosystem I reaction center subunit XII
k: Photosystem I reaction center subunit VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,497129
ポリマ－249,07710
非ポリマー96,420119
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
2: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
3: Photosystem I iron-sulfur center
4: Photosystem I subunit II
5: Photosystem I reaction center subunit IV
6: Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX
9: Photosystem I subunit III
8: Photosystem I reaction center subunit XI
7: Photosystem I reaction center subunit XII
0: Photosystem I reaction center subunit VIII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)345,497129
ポリマ－249,07710
非ポリマー96,420119
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)214.619, 133.680, 219.846
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.14, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

-
Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 Aa1Bb2

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / PsaA


分子量: 83036.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaA, BEST7613_2234, MYO_18690 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AHT3, UniProt: P29254*PLUS, photosystem I
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / PsaB


分子量: 81369.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaB, BEST7613_2235, MYO_18700 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AIC0, UniProt: P29255*PLUS, photosystem I

-
タンパク質 , 2種, 6分子 Cc3Ff6

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center / 9 kDa polypeptide / PSI-C / Photosystem I subunit VII / PsaC


分子量: 8837.261 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaC, BEST7613_5694, MYO_120930 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AST2, UniProt: P32422*PLUS, photosystem I
#6: タンパク質 Fusion protein of Photosystem I subunit III and subunit IX / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 13855.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア), (組換発現) Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌)
遺伝子: psaL, BEST7613_4425, MYO_131030, psaF,BEST7613_2928
発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 参照: UniProt: L8AII8, UniProt: Q55329, photosystem I

-
Photosystem I subunit ... , 2種, 6分子 Dd4i9I

#4: タンパク質 Photosystem I subunit II


分子量: 15663.749 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaE, BEST7613_5968, MYO_118260 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AFM8, UniProt: P19569*PLUS, photosystem I
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem I subunit III


分子量: 4414.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaI, BEST7613_4424, MYO_131040 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8AP84, UniProt: Q55330*PLUS, photosystem I

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 4種, 12分子 Ee5Ll8Mm7Kk0

#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV


分子量: 8154.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaF, BEST7613_2928 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8ASH8, UniProt: P12975*PLUS, photosystem I
#7: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI-M


分子量: 16631.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psbM, psaM, BEST7613_1787, MYO_14340 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8APN7, UniProt: P37277*PLUS, photosystem I
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII


分子量: 3382.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaF, BEST7613_2928 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8ADF9, UniProt: P72986*PLUS, photosystem I
#10: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 13732.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
遺伝子: psaD, BEST7613_1459, MYO_11100 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア)
参照: UniProt: L8APJ0, UniProt: P74564*PLUS, photosystem I

-
非ポリマー , 6種, 357分子

#11: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / Photosystem I subunit X


分子量: 893.489 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#12: 化合物
ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#13: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#14: 化合物...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#15: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#16: 化合物 ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 30mM Tricine-NaOH, 90mM NaCl, 90mM MgCl2, 100mM Glycine, 0.005% nonyl beta maltoside., pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月3日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→30 Å / Num. all: 114480 / Num. obs: 113221 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 202 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116
反射 シェル解像度: 3.8→4 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.238 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2-1309精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KT0

4kt0


解像度: 3.8→29.996 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.96 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2972 5477 5.02 %
Rwork0.2528 --
obs0.255 109176 95.44 %
all-109175 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 127.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49764 0 18606 0 68370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00472200
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.771102458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d28.62327473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1999065
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01212278
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.84310.45491850.41583341X-RAY DIFFRACTION93
3.8431-3.88820.41731600.40483430X-RAY DIFFRACTION94
3.8882-3.93550.44241630.39033369X-RAY DIFFRACTION94
3.9355-3.98520.42121820.38513408X-RAY DIFFRACTION95
3.9852-4.03760.36891730.37073408X-RAY DIFFRACTION95
4.0376-4.09270.41591810.36323430X-RAY DIFFRACTION95
4.0927-4.15110.38231900.34523473X-RAY DIFFRACTION95
4.1511-4.21290.39561850.3333429X-RAY DIFFRACTION95
4.2129-4.27850.38721850.33123406X-RAY DIFFRACTION95
4.2785-4.34850.3771930.3283374X-RAY DIFFRACTION94
4.3485-4.42320.33671750.31513355X-RAY DIFFRACTION93
4.4232-4.50340.33681650.29593275X-RAY DIFFRACTION90
4.5034-4.58970.27532030.28363280X-RAY DIFFRACTION91
4.5897-4.6830.35561670.27413447X-RAY DIFFRACTION96
4.683-4.78450.30341880.25653482X-RAY DIFFRACTION96
4.7845-4.89530.29692030.24973457X-RAY DIFFRACTION97
4.8953-5.01720.32571740.24313491X-RAY DIFFRACTION97
5.0172-5.15220.28671810.24483478X-RAY DIFFRACTION96
5.1522-5.3030.32122000.2493509X-RAY DIFFRACTION97
5.303-5.47320.29861910.25793523X-RAY DIFFRACTION97
5.4732-5.66750.33592000.2623499X-RAY DIFFRACTION97
5.6675-5.89280.31161790.25033531X-RAY DIFFRACTION97
5.8928-6.15880.31211720.25743560X-RAY DIFFRACTION97
6.1588-6.48040.35181780.25133495X-RAY DIFFRACTION96
6.4804-6.88180.32751660.24363335X-RAY DIFFRACTION93
6.8818-7.40580.27641850.21373576X-RAY DIFFRACTION97
7.4058-8.13750.23361770.19363557X-RAY DIFFRACTION98
8.1375-9.28440.19882080.16483561X-RAY DIFFRACTION98
9.2844-11.58420.17981850.15783588X-RAY DIFFRACTION97
11.5842-29.99720.27191830.23853632X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' or chain 'B' or chain 'M' or chain 'L' or chain 'I' or chain 'F'
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'K'
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' or chain 'D' or chain 'E'
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'a' or chain 'b' or chain 'm' or chain 'l' or chain 'i' or chain 'f'
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'k'
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'c' or chain 'd' or chain 'e'
7X-RAY DIFFRACTION7chain '1' or chain '2' or chain '0' or chain '8' or chain '9' or chain '7' or chain '6'
8X-RAY DIFFRACTION8chain '3' or chain '4' or chain '5'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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