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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4l6v | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of a virus like photosystem I from the cyanobacterium Synechocystis PCC 6803 | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT / photosynthetic reaction center / membrane complex / plastocyanin / cytochrome C6 / Ferredoxin | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 plasma membrane-derived photosystem I / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding ...plasma membrane-derived photosystem I / thylakoid membrane / photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of virus-like photosystem I complexes from the mesophilic cyanobacterium Synechocystis PCC 6803. 著者: Mazor, Y. / Nataf, D. / Toporik, H. / Nelson, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4l6v.cif.gz | 3.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4l6v.ent.gz | 3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4l6v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4l6v_validation.pdf.gz | 69.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4l6v_full_validation.pdf.gz | 69.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4l6v_validation.xml.gz | 335.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4l6v_validation.cif.gz | 410.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/4l6v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/4l6v | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 6分子 Aa1Bb2
#1: タンパク質 | 分子量: 83036.398 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaA, BEST7613_2234, MYO_18690 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AHT3, UniProt: P29254*PLUS, photosystem I #2: タンパク質 | 分子量: 81369.531 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaB, BEST7613_2235, MYO_18700 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AIC0, UniProt: P29255*PLUS, photosystem I |
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-タンパク質 , 2種, 6分子 Cc3Ff6
#3: タンパク質 | 分子量: 8837.261 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaC, BEST7613_5694, MYO_120930 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AST2, UniProt: P32422*PLUS, photosystem I #6: タンパク質 | 分子量: 13855.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア), (組換発現) Bacillus subtilis BEST7613 (枯草菌) 遺伝子: psaL, BEST7613_4425, MYO_131030, psaF,BEST7613_2928 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) / 参照: UniProt: L8AII8, UniProt: Q55329, photosystem I |
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-Photosystem I subunit ... , 2種, 6分子 Dd4i9I
#4: タンパク質 | 分子量: 15663.749 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaE, BEST7613_5968, MYO_118260 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AFM8, UniProt: P19569*PLUS, photosystem I #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4414.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaI, BEST7613_4424, MYO_131040 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8AP84, UniProt: Q55330*PLUS, photosystem I |
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-Photosystem I reaction center subunit ... , 4種, 12分子 Ee5Ll8Mm7Kk0
#5: タンパク質 | 分子量: 8154.086 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaF, BEST7613_2928 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8ASH8, UniProt: P12975*PLUS, photosystem I #7: タンパク質 | 分子量: 16631.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psbM, psaM, BEST7613_1787, MYO_14340 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8APN7, UniProt: P37277*PLUS, photosystem I #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3382.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaF, BEST7613_2928 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8ADF9, UniProt: P72986*PLUS, photosystem I #10: タンパク質 | 分子量: 13732.274 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 遺伝子: psaD, BEST7613_1459, MYO_11100 / 発現宿主: Synechocystis sp. PCC 6803 (バクテリア) 参照: UniProt: L8APJ0, UniProt: P74564*PLUS, photosystem I |
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-非ポリマー , 6種, 357分子
#11: 化合物 | ChemComp-CLA / #12: 化合物 | ChemComp-PQN / #13: 化合物 | ChemComp-SF4 / #14: 化合物 | ChemComp-BCR / #15: 化合物 | ChemComp-LHG / #16: 化合物 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.76 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 30mM Tricine-NaOH, 90mM NaCl, 90mM MgCl2, 100mM Glycine, 0.005% nonyl beta maltoside., pH 8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å |
検出器 | タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年11月3日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.8→30 Å / Num. all: 114480 / Num. obs: 113221 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 202 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 |
反射 シェル | 解像度: 3.8→4 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.238 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4KT0 解像度: 3.8→29.996 Å / SU ML: 0.67 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 35.96 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 127.77 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.8→29.996 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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