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- PDB-5d9a: Influenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d9a
タイトルInfluenza C Virus RNA-dependent RNA Polymerase - Space group P212121
要素
  • Polymerase acidic protein
  • Polymerase basic protein 2
  • RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
キーワードVIRAL PROTEIN / RNA-dependent RNA polymerase / Influenza / Influenza C virus / Negative-strand virus
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting ...cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / nucleotide binding / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : ...Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB2 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / : / : / Influenza RNA polymerase PB2 N-terminal region / Influenza RNA polymerase PB2 second domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 middle domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 C-terminal domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 6th domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 CAP binding domain / : / Influenza RNA polymerase PB2 helical domain / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza C virus (インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Hengrung, N. / El Omari, K. / Serna Martin, I. / Vreede, F.T. / Cusack, S. / Rambo, R.P. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
資金援助 英国, 5件
組織認可番号国
Wellcome Trust092931/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust075491/Z/04 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/K000241/1 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1000099 英国
Medical Research Council (United Kingdom)G1100138 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the RNA-dependent RNA polymerase from influenza C virus.
著者: Hengrung, N. / El Omari, K. / Serna Martin, I. / Vreede, F.T. / Cusack, S. / Rambo, R.P. / Vonrhein, C. / Bricogne, G. / Stuart, D.I. / Grimes, J.M. / Fodor, E.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月4日Group: Database references
改定 1.22015年11月18日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_data_processing_status ...diffrn_source / pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.72024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2
G: Polymerase acidic protein
H: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
I: Polymerase basic protein 2
J: Polymerase acidic protein
K: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
L: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,028,57612
ポリマ－1,028,57612
非ポリマー00
水00
1
A: Polymerase acidic protein
B: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
C: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,1443
ポリマ－257,1443
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35400 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area91520 Å2
手法PISA
2
D: Polymerase acidic protein
E: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
F: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,1443
ポリマ－257,1443
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35710 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area91650 Å2
手法PISA
3
G: Polymerase acidic protein
H: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
I: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,1443
ポリマ－257,1443
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35450 Å2
ΔGint-193 kcal/mol
Surface area91900 Å2
手法PISA
4
J: Polymerase acidic protein
K: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
L: Polymerase basic protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)257,1443
ポリマ－257,1443
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35420 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area92040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.280, 217.500, 597.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12A
22G
13A
23J
14B
24E
15B
25H
16B
26K
17C
27F
18C
28I
19C
29L
110D
210G
111D
211J
112E
212H
113E
213K
114F
214I
115F
215L
116G
216J
117H
217K
118I
218L

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRTHRTHRAA4 - 7084 - 708
21THRTHRTHRTHRDD4 - 7084 - 708
12THRTHRTHRTHRAA4 - 7084 - 708
22THRTHRTHRTHRGG4 - 7084 - 708
13THRTHRTHRTHRAA4 - 7084 - 708
23THRTHRTHRTHRJJ4 - 7084 - 708
14METMETSERSERBB1 - 7531 - 753
24METMETSERSEREE1 - 7531 - 753
15METMETSERSERBB1 - 7531 - 753
25METMETSERSERHH1 - 7531 - 753
16METMETSERSERBB1 - 7531 - 753
26METMETSERSERKK1 - 7531 - 753
17METMETLYSLYSCC1 - 7711 - 771
27METMETLYSLYSFF1 - 7711 - 771
18METMETLYSLYSCC1 - 7711 - 771
28METMETLYSLYSII1 - 7711 - 771
19METMETLYSLYSCC1 - 7711 - 771
29METMETLYSLYSLL1 - 7711 - 771
110THRTHRTHRTHRDD4 - 7084 - 708
210THRTHRTHRTHRGG4 - 7084 - 708
111THRTHRTHRTHRDD4 - 7084 - 708
211THRTHRTHRTHRJJ4 - 7084 - 708
112METMETSERSEREE1 - 7531 - 753
212METMETSERSERHH1 - 7531 - 753
113METMETSERSEREE1 - 7531 - 753
213METMETSERSERKK1 - 7531 - 753
114METMETLYSLYSFF1 - 7711 - 771
214METMETLYSLYSII1 - 7711 - 771
115METMETLYSLYSFF1 - 7711 - 771
215METMETLYSLYSLL1 - 7711 - 771
116THRTHRTHRTHRGG4 - 7084 - 708
216THRTHRTHRTHRJJ4 - 7084 - 708
117METMETSERSERHH1 - 7531 - 753
217METMETSERSERKK1 - 7531 - 753
118METMETLYSLYSII1 - 7711 - 771
218METMETLYSLYSLL1 - 7711 - 771

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18

-
要素

#1: タンパク質
Polymerase acidic protein / Polymerase 3 / RNA-directed RNA polymerase subunit P2


分子量: 82025.531 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: PA, P3 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP5
#2: タンパク質
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase basic protein 1 / PB1 / RNA-directed RNA polymerase subunit P1


分子量: 86145.945 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: PB1 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP4, RNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質
Polymerase basic protein 2 / RNA-directed RNA polymerase subunit P3


分子量: 88972.547 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza C virus (strain C/Johannesburg/1/1966) (インフルエンザウイルス)
株: C/Johannesburg/1/1966 / 遺伝子: PB2 / プラスミド: MultiBac / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9IMP3
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 0.2 M NaCl, 0.1 M Na:HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) ...詳細: Drops were set up by mixing polymerase (5 mg/ml in 25 mM Hepes:NaOH, pH 7.5, 10% (v/v) glycerol, 0.5 M NaCl, 0.5 mM TCEP, 10 mM CaCl2) with 0.2 M NaCl, 0.1 M Na:HEPES, pH 7.5, 25% (w/v) PEG4000 and microseeds in a 2:1:1 protein:precipitant:seed ratio.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.3→80.9 Å / Num. obs: 95264 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.204 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 4.3→4.41 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.993 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 93.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D98

5d98


解像度: 4.3→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU B: 168.293 / SU ML: 1.971 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 1.418 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36847 4744 5 %RANDOM
Rwork0.31575 ---
obs0.31839 90390 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 191.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.39 Å20 Å20 Å2
2--3.98 Å2-0 Å2
3----8.38 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.3→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数69371 0 0 0 69371
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01970656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0268906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2411.9794958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9863159126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.30358607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.38824.1833189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.331513672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.57415484
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.210434
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02178271
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.0215733
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.20518.87434575
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other10.20518.87434574
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.78728.27743133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other17.78728.27743134
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.11519.64236081
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.11519.64236082
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.13829.16251826
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined27.7682723
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other27.75982723
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A825520.06
12D825520.06
21A829740.03
22G829740.03
31A829800.03
32J829800.03
41B859880
42E859880
51B859780
52H859780
61B859920
62K859920
71C894680.02
72F894680.02
81C892800.03
82I892800.03
91C895660.01
92L895660.01
101D825700.06
102G825700.06
111D825900.05
112J825900.05
121E859780
122H859780
131E859960
132K859960
141F900880.04
142I900880.04
151F904540.01
152L904540.01
161G831980
162J831980
171H859980
172K859980
181I901700.03
182L901700.03
LS精密化 シェル解像度: 4.301→4.412 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 352 -
Rwork0.423 6096 -
obs--92.88 %

+
万見について

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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