PDB-4l5h: Structure of haze forming proteins in white wines: Vitis vinifera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4l5h

タイトル

Structure of haze forming proteins in white wines: Vitis vinifera thaumatin-like proteins

要素

VVTL1

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / PLANT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Thaumatin / Thaumatin / Thaumatin, conserved site / Thaumatin family signature. / Thaumatin family / Thaumatin family / Thaumatin family profile. / Thaumatin family / Osmotin/thaumatin-like superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Vitis vinifera (ブドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Marangon, M. / Menz, R.I. / Waters, E.J. / Van Sluyter, S.C.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure of Haze Forming Proteins in White Wines: Vitis vinifera Thaumatin-Like Proteins.
著者: Marangon, M. / Van Sluyter, S.C. / Waters, E.J. / Menz, R.I.

履歴

登録	2013年6月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2013年7月3日	ID: 4H8T
改定 1.0	2013年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年12月10日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4l5h.cif.gz	159.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4l5h.ent.gz	126.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4l5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4l5h_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4l5h_full_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示
XML形式データ	4l5h_validation.xml.gz	18.4 KB	表示
CIF形式データ	4l5h_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l5/4l5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jruSC 4mbtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mbt-1 6r58-1 4hjv-4 6r4z-2 4dhe-2 3v87-d 6r54-2 1s14-1 4mhg-d 5z4o-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: VVTL1

B: VVTL1

ヘテロ分子

42.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: VVTL1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: VVTL1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
21.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	122.210, 52.730, 94.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 132.23, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	VVTL1 分子量: 21301.609 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-222 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Grape juice / 由来: (天然) Vitis vinifera (ブドウ) / 株: Sauvignon Blanc / 参照: UniProt: O04708
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M Na Acetate pH 4.6, 2 M Mg acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Australian Synchrotron

/ ビームライン: MX1 / 波長: 0.956639 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月22日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.956639 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.59→12.63 Å / Num. obs: 29314 / % possible obs: 75.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / R_merge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 8.5

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.59-1.67	0.427	1.8	4990	1	78.2
1.68-1.77	0.285	2.7	4748	1	77.5
1.78-1.89	0.201	3.9	4371	1	76.9
1.9-2.04	0.136	5.7	4068	1	76.9
2.05-2.24	0.099	7.7	3772	1	76.5
2.25-2.5	0.078	9.4	3382	1	75.7
2.51-2.89	0.063	11.1	2961	1	74.5
2.9-3.55	0.044	14.5	2498	1	73.1
3.56-5.02	0.038	15.3	1905	1	70.4
5.03-12.63	0.044	12.4	936	1	61.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4JRU

4jru

解像度: 1.8→12.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 5.176 / SU ML: 0.079 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23286	1596	5.2 %	RANDOM
R_work	0.19811	-	-	-
obs	0.19992	29314	74.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.485 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→12.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2972	0	6	181	3159

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.023	0.02	3144
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.221	1.952	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.252	5	410
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.11	24.783	138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.851	15	458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.308	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.162	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.021	2495

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.846 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.275	108	-
R_work	0.22	2133	-
obs	-	-	76.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -28.6775 Å / Origin y: 0.7956 Å / Origin z: -10.2748 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0219 Å²	-0.0179 Å²	0.0063 Å²	-	0.0231 Å²	-0.0029 Å²	-	-	0.0226 Å²
L	0.5153 °²	-0.1774 °²	0.1338 °²	-	0.6806 °²	-0.1595 °²	-	-	0.781 °²
S	0.0314 Å °	0.0091 Å °	-0.0088 Å °	-0.0306 Å °	-0.0433 Å °	-0.0236 Å °	-0.0173 Å °	0.0444 Å °	0.0119 Å °

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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