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- PDB-4l3e: The complex between high affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l3e
タイトルThe complex between high affinity TCR DMF5(alpha-D26Y,beta-L98W) and human Class I MHC HLA-A2 with the bound MART-1(26-35)(A27L) peptide
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DMF5 alpha chain
  • DMF5 beta chain
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • Melanoma antigen recognized by T-cells 1
キーワードIMMUNE SYSTEM / receptors / membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


melanosome membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I ...melanosome membrane / positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / trans-Golgi network / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / melanosome / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses
類似検索 - 分子機能
Protein melan-A / Protein melan-A / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : ...Protein melan-A / Protein melan-A / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin / Melanoma antigen recognized by T-cells 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.557 Å
データ登録者Hellman, L.M.
引用ジャーナル: PLOS COMPUT.BIOL. / 年: 2014
タイトル: Computational design of the affinity and specificity of a therapeutic T cell receptor.
著者: Pierce, B.G. / Hellman, L.M. / Hossain, M. / Singh, N.K. / Vander Kooi, C.W. / Weng, Z. / Baker, B.M.
履歴
登録2013年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月27日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Melanoma antigen recognized by T-cells 1
D: DMF5 alpha chain
E: DMF5 beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,7755
ポリマ－93,7755
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area37090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)227.040, 49.316, 92.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 DMF5 alpha chain


分子量: 22055.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRAC, TCRA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 DMF5 beta chain


分子量: 27001.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 13分子 C

#3: タンパク質・ペプチド Melanoma antigen recognized by T-cells 1 / MART-1 / Antigen LB39-AA / Antigen SK29-AA / Protein Melan-A


分子量: 985.176 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 26-35 / Mutation: A27L / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q16655
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG3350, 0.1 M Tris-HCl, 0.25 M magnesium chloride, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月26日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5568→20.047 Å / Num. all: 31904 / Num. obs: 31904 / % possible obs: 94.82 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.74
反射 シェル解像度: 2.5568→2.64 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.438 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.557→20.047 Å / SU ML: 0.38 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2663 1625 5.11 %
Rwork0.2289 --
obs0.2309 31816 94.56 %
all-31815 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.557→20.047 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6603 0 0 12 6615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1519198
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5912453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075966
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051206
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.557-2.63190.42641110.37552087X-RAY DIFFRACTION80
2.6319-2.71660.33741060.35422277X-RAY DIFFRACTION86
2.7166-2.81350.46411280.34842340X-RAY DIFFRACTION89
2.8135-2.92580.37361350.33112466X-RAY DIFFRACTION93
2.9258-3.05850.30661420.28682516X-RAY DIFFRACTION96
3.0585-3.21910.39561190.30472613X-RAY DIFFRACTION98
3.2191-3.41990.33861350.2682603X-RAY DIFFRACTION98
3.4199-3.68240.28781480.24162616X-RAY DIFFRACTION99
3.6824-4.05020.23381430.22362644X-RAY DIFFRACTION99
4.0502-4.630.24451530.19022619X-RAY DIFFRACTION99
4.63-5.80970.21951550.18572667X-RAY DIFFRACTION99
5.8097-20.04730.21791500.18522743X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1255-0.56130.21930.96020.06721.5430.17680.3791-0.1218-0.0594-0.15010.22620.59110.30510.06150.24060.190.0685-0.0216-0.12190.2766-41.0144-22.39-6.0475
21.0297-0.31640.51251.30330.54211.64140.09530.2670.2738-0.2068-0.1415-0.1018-0.37410.40310.16730.2154-0.08850.10880.07870.0420.6339-38.9297-7.2728-2.5562
31.6813-0.49850.89971.1715-0.55240.97160.2610.68710.3008-0.242-0.0754-0.3374-0.02580.6029-0.2650.1931-0.02010.08760.3670.01590.4378-30.9482-12.632-8.5695
41.2468-0.78150.83861.15290.03281.0503-0.13170.38030.8579-0.35510.11280.2923-0.8137-0.13380.12530.7760.12620.04080.72340.53040.8633-53.8529-1.8446-31.4016
50.0639-0.1209-0.12090.24340.2430.2428-0.13230.48080.4662-0.41810.01770.0969-0.7425-0.1151-0.03361.03740.09130.05720.88520.64651.1143-55.83354.4773-36.0393
61.3105-0.2269-0.31922.4567-0.04921.21360.04250.37240.3842-0.4109-0.04590.1111-0.4777-0.1112-0.0120.8161-0.06310.1520.97920.53461.088-45.4108-1.4982-39.3532
79.54793.38285.68898.53346.92529.7306-0.3016-0.14240.35120.1024-0.0129-0.9298-0.53460.61690.30330.25010.0234-0.11880.21350.09360.6466-58.4355-6.5435-4.9737
83.21290.12710.27523.4921.4483.87480.04430.7956-0.035-0.7967-0.0110.04340.35450.1329-0.06480.53670.1355-0.08510.32950.14240.275-58.0644-17.3793-30.3657
90.1720.16750.01040.32520.2920.56610.14350.1281-0.082-0.1586-0.01450.07140.20280.05140.00060.2590.166-0.01290.08170.12740.3105-59.2358-17.899-17.2638
103.79330.16632.47381.4735-0.02023.25110.2145-0.0466-0.4498-0.03120.02750.0280.4725-0.0547-0.20020.36240.046-0.10130.1992-0.04410.187-64.0235-26.9674-19.9566
112.1463-0.01881.91072.59390.80343.77260.06540.1296-0.1312-0.34390.0999-0.06730.06340.09070.0190.27150.01390.07030.01650.05960.3237-52.1513-16.5755-15.7364
122.56730.03192.99452.7844-1.27544.12190.19040.81010.0469-1.0580.00260.7159-0.1237-0.5971-0.20720.80040.0115-0.31470.54390.02020.6618-69.3626-22.3871-34.215
130.41040.12170.53130.86030.43821.39220.06560.0298-0.1-0.0895-0.05940.031-0.0864-0.0310.01270.25880.0849-0.05850.0440.05840.4153-66.9549-14.8389-13.2856
143.6796-1.69640.97334.31751.08314.73380.12810.57360.4048-0.7165-0.2791-0.2877-0.380.27080.16490.45730.177-0.0560.3430.22230.4609-65.7078-12.6303-27.7693
151.40540.15470.54290.7727-0.46180.70550.23590.1653-0.0262-0.0372-0.09120.1485-0.03980.1363-0.06590.1392-0.00260.09970.1058-0.0440.214-33.1214-16.82931.1018
165.3450.67512.22221.09230.08350.96340.39180.5443-0.8032-0.3621-0.1826-0.09060.0863-0.1065-0.33110.52130.3257-0.03881.1986-0.30070.532-7.1821-32.10033.3384
170.3315-0.02-0.01070.0065-0.04190.21980.14830.21780.0354-0.01220.0181-0.16360.03860.3044-0.04550.24490.30520.12771.0262-0.18470.4282-12.0535-24.5308-0.6541
180.8346-0.2922-0.14890.3030.09530.18490.12830.02460.38880.06690.0472-0.27-0.00020.1272-0.09250.10390.23610.13850.9785-0.15870.3286-12.5996-19.46577.0976
190.6018-0.1002-0.29260.3274-0.08750.56910.0996-0.00610.25670.0236-0.0907-0.2059-0.01580.4818-0.14240.23360.21170.02881.1009-0.15840.3544-10.8094-23.42194.6006
204.4048-1.03681.43422.0722-0.71840.54640.2097-0.3375-0.11370.1052-0.2958-0.76160.01860.65950.06240.32030.15320.05231.26910.00060.52111.8011-28.903313.3694
215.91280.48561.06671.85851.2730.9650.1646-0.9184-0.54140.4484-0.10390.02070.31130.330.01060.74320.21270.00391.76430.21560.958510.7525-43.952737.7905
221.8384-1.4910.76611.9651-2.14889.0446-0.0723-0.1312-0.1826-0.2268-0.0215-0.0667-0.21970.39090.06910.49410.1540.00821.6255-0.07730.611413.4175-36.156222.684
231.3360.82271.30046.22570.92431.2676-0.1298-0.0341-0.2718-0.42890.55030.77390.3829-0.471-0.39140.7058-0.04520.06271.3299-0.00620.88957.6913-48.030619.4869
241.907-0.1128-0.330.5876-1.31083.1084-0.172-0.03190.0733-0.3087-0.0926-0.1578-0.04990.32040.19330.5502-0.0349-0.05081.53560.10730.67686.84-31.440125.4267
252.2644-1.1038-0.12210.93110.46031.69710.1132-0.28-0.8746-0.0773-0.0587-0.55990.32450.3442-0.05240.68510.2294-0.16291.76810.12940.902510.6661-43.737128.2357
260.82681.18611.7231.81092.46933.59080.1350.0526-0.174-0.38880.0646-0.0492-0.00340.3207-0.15310.58840.0940.0811.7718-0.10440.859519.36-42.499821.9785
271.3759-0.52950.160.91260.36491.23880.3593-0.0273-0.58310.05260.0825-0.06260.61930.4416-0.03340.40470.1821-0.140.094-0.29610.3579-27.6378-32.734217.0485
282.7960.5145-0.00262.5827-0.76281.1270.0938-0.0127-0.43640.0149-0.02-0.21490.01430.9106-0.12950.58160.08-0.14911.1904-0.00380.493-0.2434-37.536233.8021
293.87961.21161.26315.04620.11473.2790.1062-0.3412-0.47690.45710.21940.7014-0.013-0.0944-0.38360.54580.0557-0.08880.91660.13010.4554-12.3687-42.926440.5451
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 84 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 85 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 185 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 186 through 242 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 243 through 262 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 263 through 275 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 0 through 5 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 6 through 19 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 20 through 41 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 42 through 51 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 52 through 71 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 72 through 77 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 90 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 91 through 99 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 10 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1 through 13 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 14 through 31 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 32 through 65 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 66 through 96 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 97 through 116 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 117 through 130 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 131 through 140 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 141 through 150 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 151 through 165 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 166 through 184 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 185 through 199 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 4 through 115 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 116 through 215 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 216 through 245 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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