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- PDB-3qeu: The crystal structure of TCR DMF5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3qeu
タイトルThe crystal structure of TCR DMF5
要素
  • DMF5 alpha chain
  • DMF5 beta chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / MART-1 peptide / nonapeptide / MHC class I / HLA-A2 / TCR DMF5 / TCR DMF4 / cross-reactivity / cancer / melanoma
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway ...alpha-beta T cell receptor complex / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / alpha-beta T cell activation / Generation of second messenger molecules / Co-inhibition by PD-1 / response to bacterium / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Downstream TCR signaling / T cell receptor signaling pathway / adaptive immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
T-cell receptor alpha chain, constant domain / Domain of unknown function (DUF1968) / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / T cell receptor alpha chain constant
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Borbulevych, O.Y. / Santhanagopolan, S.M. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: TCRs Used in Cancer Gene Therapy Cross-React with MART-1/Melan-A Tumor Antigens via Distinct Mechanisms.
著者: Borbulevych, O.Y. / Santhanagopolan, S.M. / Hossain, M. / Baker, B.M.
履歴
登録2011年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月17日Group: Database references
改定 1.32011年9月7日Group: Database references
改定 1.42017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: DMF5 alpha chain
E: DMF5 beta chain
A: DMF5 alpha chain
B: DMF5 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9197
ポリマ－98,7274
非ポリマー1913
水8,971498
1
D: DMF5 alpha chain
E: DMF5 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4634
ポリマ－49,3642
非ポリマー992
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area21310 Å2
手法PISA
2
A: DMF5 alpha chain
B: DMF5 beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4563
ポリマ－49,3642
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area20780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)184.155, 86.496, 66.475
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.970, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 DMF5 alpha chain


分子量: 22304.535 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P01848*PLUS
#2: タンパク質 DMF5 beta chain


分子量: 27059.191 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 化合物 ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン


分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PEG4000 30%, TRIS 0.1M, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→30 Å / Num. all: 59316 / Num. obs: 59138 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.809 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.09-2.143.40.29229520.526199.7
2.14-2.183.50.27529690.544199.7
2.18-2.223.60.25929500.531199.8
2.22-2.263.60.28128951.618199.9
2.26-2.313.60.21129530.551199.8
2.31-2.373.60.18429560.55199.9
2.37-2.423.60.16729510.5721100
2.42-2.493.60.13929330.588199.9
2.49-2.563.60.12229780.579199.8
2.56-2.653.70.10129390.593199.9
2.65-2.743.70.09129530.6451100
2.74-2.853.70.07629590.6711100
2.85-2.983.70.06229640.7091100
2.98-3.143.80.05329430.7971100
3.14-3.333.80.04729990.8971100
3.33-3.593.80.04229440.8181100
3.59-3.953.80.0429930.9531100
3.95-4.523.80.03629931.0931100
4.52-5.693.80.03429841.032199.8
5.69-303.60.03629301.891196

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0102精密化
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→29.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / WRfactor Rfree: 0.27 / WRfactor Rwork: 0.207 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.826 / SU B: 4.924 / SU ML: 0.135 / SU R Cruickshank DPI: 0.232 / SU Rfree: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 2977 5 %RANDOM, 5%
Rwork0.206 ---
all0.209 59691 --
obs0.209 59136 99.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 118.86 Å2 / Biso mean: 42.057 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→29.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6854 0 13 498 7365
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0227048
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.9429585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8915877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.43224.425339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.703151111
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4491541
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21034
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215486
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.911.54389
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70227087
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.28632659
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6184.52496
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.147 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 199 -
Rwork0.222 3786 -
all-3985 -
obs--91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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