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- PDB-4l0w: Plasmodium yoelii Prx1a modified at the N-terminus forms an artif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4l0w
タイトルPlasmodium yoelii Prx1a modified at the N-terminus forms an artifactual octamer
要素Thioredoxin peroxidase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / PEROXIREDOXIN / DISULFIDE / ANTIOXIDANT
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin peroxidase activity / cellular response to stress / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Peroxiredoxin, AhpC-type / : / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Thioredoxin peroxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Gretes, M.C. / Karplus, P.A.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale protein expression and structural biology of Plasmodium falciparum and related Apicomplexan organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qiu, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2013年6月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22018年3月21日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 0 THIS ENTRY 4L0W REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2h01SF ... THIS ENTRY 4L0W REFLECTS AN ALTERNATIVE MODELING OF THE ORIGINAL STRUCTURAL DATA R2h01SF DETERMINED BY AUTHORS OF THE PDB ENTRY 2h01: J.ARTZ,W.QIU,J.R.MIN,A.DONG,J.LEW,M.MELONE,Z.ALAM,J.WEIGELT, M.SUNDSTROM,A.M.EDWARDS,C.H.ARROWSMITH,A.BOCHKAREV,R.HUI, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (SGC)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4233
ポリマ－23,2671
非ポリマー1552
水1,33374
1
A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,38024
ポリマ－186,1398
非ポリマー1,24116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area27860 Å2
ΔGint-253 kcal/mol
Surface area53410 Å2
手法PISA
2
A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子

A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子

A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子

A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,69012
ポリマ－93,0704
非ポリマー6208
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation5_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
Buried area13940 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area26700 Å2
手法PISA
3
A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子

A: Thioredoxin peroxidase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8456
ポリマ－46,5352
非ポリマー3104
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
Buried area5480 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.076, 105.076, 41.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number89
Space group name H-MP422
詳細Typical of Prx1 family enzymes, the physiological oligomer is expected to be a toroidal decamer comprised of 5 B-type dimers, associated with one another at A-interfaces, i.e. (a2)5. However, the replacement of native ball-and-socket interacting residues by an affinity tag at the N-terminus has produced a modified B-type dimer, which is able to associate at typical A-interfaces to form the octamer seen in the crystal, i.e. (a2)4 (see associated citation for details). Since Prx1 enzymes typically exist in solution as decamers as well as B-type dimers, and since the B-type dimer is the minimal requirement for complete active site formation, we have listed the dimer as the relevant biological unit observed in this crystal form.

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要素

#1: タンパク質 Thioredoxin peroxidase 1


分子量: 23267.400 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 8-125 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium yoelii yoelii (ヨーエリマラリア原虫)
株: 17XNL / 遺伝子: PY00414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) R3 containing pRARE2 / 参照: UniProt: Q7RSE5, peroxiredoxin
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.46 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 1.5 ul of 4.3 mg/mL protein solution + 1.5 ul reservoir solution 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 100 mM HEPES pH 6.8, 200 mM NaAc, 20 MM NaBr, 5% ETHYLENE GLYCOL, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年12月1日
放射モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.54181
21.541781
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 10337 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.9 % / Biso Wilson estimate: 39.35 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.153
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER-TNT精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClear(MSC/RIGAKU)データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2h01

2h01


解像度: 2.29→46.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9268 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2464 527 5.03 %RANDOM
Rwork0.1955 ---
obs0.1979 10479 94.64 %-
原子変位パラメータBiso max: 114.59 Å2 / Biso mean: 35.5078 Å2 / Biso min: 17.07 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5735 Å20 Å20 Å2
2--1.5735 Å20 Å2
3----3.1471 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.286 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.29→46.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 9 74 1454
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d610SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes34HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes405HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2780HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion178SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3071SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2780HARMONIC20.013
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5025HARMONIC21.5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.85
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.56 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2334 148 4.83 %
Rwork0.1831 2917 -
all0.1856 3065 -
obs--94.64 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.1507 Å / Origin y: 41.3572 Å / Origin z: 15.1373 Å
111213212223313233
T-0.1182 Å20.0104 Å20.004 Å2--0.0306 Å20.0907 Å2--0.0462 Å2
L1.1166 °2-0.9473 °20.1831 °2-1.3956 °20.2212 °2--0.4021 °2
S0.0761 Å °0.0492 Å °-0.0315 Å °-0.008 Å °-0.0753 Å °-0.1074 Å °0.0347 Å °0.0244 Å °-0.0009 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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