PDB-4kya: Crystal structure of non-classical TS inhibitor 3 in complex with...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kya

タイトル

Crystal structure of non-classical TS inhibitor 3 in complex with Toxoplasma gondii TS-DHFR

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / TRANSFERASE/INHIBITOR / synthase / bifunctional / chimera protein / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.263 Å

データ登録者

Sharma, H. / Anderson, K.S.

引用

ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2013
タイトル: Discovery of potent and selective inhibitors of Toxoplasma gondii thymidylate synthase for opportunistic infections.
著者: Zaware, N. / Sharma, H. / Yang, J. / Devambatla, R.K. / Queener, S.F. / Anderson, K.S. / Gangjee, A.

履歴

登録	2013年5月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年8月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年8月9日	Group: Data collection / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen / software / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kya.cif.gz	814 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kya.ent.gz	672.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kya_validation.pdf.gz	9.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kya_full_validation.pdf.gz	9.1 MB	表示
XML形式データ	4kya_validation.xml.gz	145.6 KB	表示
CIF形式データ	4kya_validation.cif.gz	183.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/4kya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/4kya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ky4C 4eilS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eil-3 6n1t-d 4eil-4 4eil-1 4eil-2 6aoi-d 6aoh-d 5t0l-d 4eck-d 6n1s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (9) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

F: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

G: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

H: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

529 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

D: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

F: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

H: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
132 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.531, 145.079, 176.614
Angle α, β, γ (deg.)	90.07, 89.96, 90.07
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase / DHFR-TS / Dihydrofolate reductase / Thymidylate synthase 分子量: 64214.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q07422, dihydrofolate reductase, thymidylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-1UG / 2-Amino-5-(1-naphthylsulfanyl)-3,9-dihydro-4H-pyrimido[4,5-b]indol-4-one 分子量: 358.416 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₄N₄OS
#4: 化合物	ChemComp-FOL / FOLIC ACID / 葉酸分子量: 441.397 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₁₉N₇O₆
#5: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.67 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 18% Peg 3350, 0.1 M Potassium Formate, pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	NSLS	X25	1	1.1
			2

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
PSI PILATUS 6M	1	PIXEL	2013年4月13日
	2

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Si 111	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.263→46.657 Å / Num. obs: 81521 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

反射シェル

解像度: 3.263→3.348 Å / % possible all: 92.95

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EIL

4eil

解像度: 3.263→46.657 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.901 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.833 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 23.56 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.241	4069	5 %
R_work	0.1825	-	-
obs	0.1854	81456	98.55 %
all	-	81521	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.667 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	-0.17 Å²	0 Å²
2-	-	-2.3 Å²	0.13 Å²
3-	-	-	2.77 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.263→46.657 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	32064	0	1008	0	33072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	34064
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.765	46292
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.467	12288
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	4996
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	5856

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2634-3.3018	0.3093	134	0.227	2386	X-RAY DIFFRACTION	88
3.3018-3.342	0.3342	138	0.2445	2686	X-RAY DIFFRACTION	98
3.342-3.3843	0.3155	136	0.2377	2596	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3843-3.4288	0.2853	134	0.2419	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4288-3.4758	0.3336	131	0.2244	2669	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4758-3.5254	0.2844	153	0.2064	2709	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5254-3.578	0.2606	124	0.2087	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
3.578-3.6339	0.2435	154	0.1902	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6339-3.6935	0.2485	127	0.1971	2685	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6935-3.7572	0.2633	152	0.1942	2715	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7572-3.8254	0.2633	136	0.1868	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8254-3.899	0.2609	143	0.1834	2552	X-RAY DIFFRACTION	99
3.899-3.9785	0.2338	145	0.1775	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9785-4.065	0.2011	108	0.1733	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
4.065-4.1595	0.2394	165	0.1615	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1595-4.2634	0.2161	138	0.1516	2657	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2634-4.3786	0.2026	150	0.1611	2679	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3786-4.5074	0.2122	147	0.1438	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5074-4.6527	0.1887	143	0.1403	2595	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6527-4.8189	0.2132	156	0.1645	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8189-5.0116	0.2076	161	0.1643	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0116-5.2394	0.2627	131	0.1651	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
5.2394-5.5152	0.2527	143	0.1821	2705	X-RAY DIFFRACTION	99
5.5152-5.8601	0.1984	118	0.1791	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8601-6.3116	0.2312	152	0.1904	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3116-6.9449	0.2273	155	0.1849	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9449-7.9456	0.2658	128	0.1782	2706	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9456-9.9944	0.1929	136	0.1609	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
9.9944-46.6619	0.2464	131	0.2063	2683	X-RAY DIFFRACTION	98

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