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- PDB-6n1s: Toxoplasma gondii TS-DHFR in complex with selective inhibitor 29 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6n1s
タイトルToxoplasma gondii TS-DHFR in complex with selective inhibitor 29
要素Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
キーワードoxidoreductase/oxidoreductase inhibitor / TOXOPLASMA GONDII / DHFR / OXIDOREDUCTASE / oxidoreductase-oxidoreductase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase ...Bifunctional dihydrofolate reductase/thymidylate synthase / Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / Chem-K9A / Chem-NDP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Hopper, A.T. / Brockman, A. / Wise, A. / Gould, J. / Barks, J. / Radke, J.B. / Sibley, L.D. / Zou, Y. / Thomas, S.B.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2019
タイトル: Discovery of Selective Toxoplasma gondii Dihydrofolate Reductase Inhibitors for the Treatment of Toxoplasmosis.
著者: Hopper, A.T. / Brockman, A. / Wise, A. / Gould, J. / Barks, J. / Radke, J.B. / Sibley, L.D. / Zou, Y. / Thomas, S.
履歴
登録2018年11月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02019年1月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月24日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,27811
ポリマ－128,4292
非ポリマー3,8499
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12520 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area39410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.689, 145.522, 175.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PRO / Beg label comp-ID: PRO / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 4 - 610 / Label seq-ID: 4 - 566

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase / DHFR-TS


分子量: 64214.312 Da / 分子数: 2 / 断片: DHFR-TS / 変異: delta 49-73, delta 201-219 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q07422, dihydrofolate reductase, thymidylate synthase

-
非ポリマー , 5種, 9分子

#2: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 化合物 ChemComp-CB3 / 10-PROPARGYL-5,8-DIDEAZAFOLIC ACID / CB-3717


分子量: 477.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H23N5O6
#5: 化合物 ChemComp-K9A / 5-{4-[3-(2-methylpyrimidin-5-yl)phenyl]piperazin-1-yl}pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 362.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H22N8
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3
詳細: Compound 29, NADPH, PDDF, and dUMP were combined with protein and then mixed with 0.1 M potassium formate buffer with 16% PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 25031 / % possible obs: 87.8 % / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.147 / Rpim(I) all: 0.072 / Rrim(I) all: 0.165 / Χ2: 1.205 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3-3.114.80.45225080.7650.2280.511.11390.7
3.11-3.234.80.34425320.8730.1720.3871.12590.2
3.23-3.384.80.27725490.9140.1370.3111.23890.2
3.38-3.564.80.21125230.9390.1040.2371.2989.9
3.56-3.784.80.16825080.9590.0820.1881.25589.5
3.78-4.074.90.15125070.9660.0730.1691.35588.7
4.07-4.484.90.11825300.9770.0570.1321.36188.2
4.48-5.134.80.10224520.9840.0490.1141.20887
5.13-6.464.90.09924780.9870.0470.111.04284.9
6.46-505.10.08624440.9830.0430.0971.06579.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EIL

4eil


解像度: 3→39.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 38.629 / SU ML: 0.325 / SU R Cruickshank DPI: 0.4016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.459
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2415 1294 5.2 %RANDOM
Rwork0.2069 ---
obs0.2086 23728 87.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 158.54 Å2 / Biso mean: 44.024 Å2 / Biso min: 15.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.23 Å20 Å20 Å2
2--0.73 Å20 Å2
3----1.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→39.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8162 0 264 0 8426
Biso mean--48.11 --
残基数----1020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0138640
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.0177950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3721.65711728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5591.58318385
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65951008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.20721.202466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.646151416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9321568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21092
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029552
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021904
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 16365 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.999→3.076 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 93 -
Rwork0.292 1720 -
all-1813 -
obs--88.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7346-0.1150.25031.7261-1.0234.9250.00160.3318-0.1223-0.27190.11040.04170.1849-0.0989-0.1120.0457-0.01990.00940.07670.00020.220926.53598.425-76.791
22.9273-0.3351-5.93420.32420.538512.1249-0.2136-0.1030.11580.11720.3732-0.11020.29390.0746-0.15960.46340.00420.0030.5554-0.01960.30929.20155.09-67.563
30.62260.15260.5061.6254-0.66541.6773-0.0317-0.1925-0.01680.21960.05530.2002-0.1616-0.2127-0.02360.0380.02530.05410.07240.00480.307227.92282.952-38.291
41.96370.04290.23852.6849-0.87335.9503-0.02310.70820.0645-0.63860.2420.51880.147-1.0263-0.21890.213-0.0551-0.08720.47120.0380.39474.16639.422-68.052
55.6031-6.35311.07268.0751.731310.82460.4797-0.3295-0.3602-0.42270.25940.13810.774-0.1695-0.73910.2846-0.08390.00510.20740.10840.276525.53781.528-72.577
61.260.67560.56811.3401-0.06751.64210.0845-0.0063-0.1259-0.05650.0278-0.20460.06560.2137-0.11230.02790.00850.0620.0560.03430.356729.92454.375-39.316
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 252
2X-RAY DIFFRACTION2A285 - 298
3X-RAY DIFFRACTION3A310 - 610
4X-RAY DIFFRACTION4B4 - 252
5X-RAY DIFFRACTION5B285 - 300
6X-RAY DIFFRACTION6B310 - 610

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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