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- PDB-4kxq: Structure of NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1 (closed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kxq
タイトルStructure of NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1 (closed state, 1.85 A)
要素(NAD-dependent protein deacetylase sirtuin- ...) x 2
キーワードHYDROLASE / deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of smooth muscle cell apoptotic process / maintenance of nucleus location / histone H3K deacetylase activity / NAD-dependent histone decrotonylase activity / negative regulation of protein acetylation / negative regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of cellular response to testosterone stimulus / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / eNoSc complex ...negative regulation of prostaglandin biosynthetic process / regulation of smooth muscle cell apoptotic process / maintenance of nucleus location / histone H3K deacetylase activity / NAD-dependent histone decrotonylase activity / negative regulation of protein acetylation / negative regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / negative regulation of cellular response to testosterone stimulus / negative regulation of peptidyl-lysine acetylation / eNoSc complex / regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / peptidyl-lysine acetylation / regulation of transcription by glucose / protein depropionylation / NAD-dependent protein-lysine depropionylase activity / positive regulation of macrophage apoptotic process / positive regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / negative regulation of triglyceride biosynthetic process / regulation of endodeoxyribonuclease activity / behavioral response to starvation / pyrimidine dimer repair by nucleotide-excision repair / triglyceride mobilization / keratin filament binding / NAD-dependent protein lysine delactylase activity / leptin-mediated signaling pathway / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / negative regulation of phosphorylation / histone H3K14 deacetylase activity, NAD-dependent / histone H3K9 deacetylase activity, NAD-dependent / regulation of lipid storage / regulation of brown fat cell differentiation / deacetylase activity / bHLH transcription factor binding / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / intracellular triglyceride homeostasis / HLH domain binding / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / response to leptin / histone H4K16 deacetylase activity, NAD-dependent / positive regulation of adaptive immune response / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / rDNA heterochromatin / ovulation from ovarian follicle / regulation of centrosome duplication / regulation of bile acid biosynthetic process / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / single strand break repair / rDNA heterochromatin formation / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / UV-damage excision repair / chromatin silencing complex / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of TOR signaling / nuclear inner membrane / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / mitogen-activated protein kinase binding / protein lysine deacetylase activity / positive regulation of macrophage cytokine production / stress-induced premature senescence / histone deacetylase activity / muscle organ development / positive regulation of double-strand break repair / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / DNA synthesis involved in DNA repair / negative regulation of fat cell differentiation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / intracellular glucose homeostasis / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / negative regulation of cell cycle / white fat cell differentiation / positive regulation of macroautophagy / regulation of glucose metabolic process / macrophage differentiation / negative regulation of cellular senescence / NAD+ binding / positive regulation of cholesterol efflux / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / fatty acid homeostasis / heterochromatin / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / transcription regulator inhibitor activity / cellular response to glucose starvation / regulation of cellular response to heat / energy homeostasis / positive regulation of adipose tissue development / positive regulation of endothelial cell proliferation / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / positive regulation of gluconeogenesis / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity
類似検索 - 分子機能
SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily ...SIR2/SIRT2 'Small Domain' / SIR2/SIRT2 'Small Domain' / Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / TPP-binding domain / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE / BETA-MERCAPTOETHANOL / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.849 Å
データ登録者Davenport, A.M. / Huber, F.M. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural and Functional Analysis of Human SIRT1.
著者: Davenport, A.M. / Huber, F.M. / Hoelz, A.
履歴
登録2013年5月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references / Structure summary
改定 1.22014年2月5日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
B: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0586
ポリマ－35,2632
非ポリマー7954
水5,405300
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.714, 92.714, 97.745
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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NAD-dependent protein deacetylase sirtuin- ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1 / SIRT1 / hSIRT1 / Regulatory protein SIR2 homolog 1 / SIR2-like protein 1 / hSIR2


分子量: 31833.107 Da / 分子数: 1 / 断片: deacetylase domain (UNP residues 234-510) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) RIL
参照: UniProt: Q96EB6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用
#2: タンパク質・ペプチド NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-1 / SIRT1 / hSIRT1 / Regulatory protein SIR2 homolog 1 / SIR2-like protein 1 / hSIR2


分子量: 3429.748 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 641-663 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) RIL / 参照: UniProt: Q96EB6

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非ポリマー , 5種, 304分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H23N5O14P2
#5: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化pH: 7.4 / 詳細: 100 mM Tris, pH 7.4, 13% PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.2821 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月26日
放射モノクロメーター: Liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2821 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.849→50 Å / Num. obs: 41954 / Biso Wilson estimate: 34.23 Å2
反射 シェル最高解像度: 1.849 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.849→46.357 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.35 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1894 1924 4.76 %
Rwork0.1684 --
obs0.1695 41937 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.32 Å2 / Biso mean: 43.6853 Å2 / Biso min: 20.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.849→46.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2426 0 47 300 2773
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2273523
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068383
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006458
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.771006
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.849-1.87280.35221380.294128172955
1.8728-1.89740.26441490.264328933042
1.8974-1.92340.30751420.265927962938
1.9234-1.95090.2981400.2427872927
1.9509-1.980.21621480.231928943042
1.98-2.0110.25231400.212927842924
2.011-2.0440.2791460.206228132959
2.044-2.07920.24971350.210328592994
2.0792-2.1170.21761360.205228432979
2.117-2.15770.22421460.192228062952
2.1577-2.20180.17811420.180328593001
2.2018-2.24960.1951440.187127872931
2.2496-2.3020.18471390.174528052944
2.302-2.35950.21971440.171128943038
2.3595-2.42330.2031400.159928052945
2.4233-2.49460.21541380.167328552993
2.4946-2.57510.17531480.159528342982
2.5751-2.66720.19861370.154628022939
2.6672-2.7740.19571480.165628392987
2.774-2.90020.20291380.168328292967
2.9002-3.05310.21111320.178628482980
3.0531-3.24430.21641360.180228522988
3.2443-3.49470.19961460.168828192965
3.4947-3.84620.17981500.161128412991
3.8462-4.40240.14541400.133228482988
4.4024-5.54510.13621360.134228202956
5.5451-46.37150.18291460.175628292975

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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