PDB-4kvt: Crystal structure of a 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kvt

タイトル

Crystal structure of a 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C

要素

6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

キーワード

DE NOVO PROTEIN / De Novo Coiled-coil assembly

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Burton, A.J. / Agnew, C. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013
タイトル: Accessibility, Reactivity, and Selectivity of Side Chains within a Channel of de Novo Peptide Assembly.
著者: Burton, A.J. / Thomas, F. / Agnew, C. / Hudson, K.L. / Halford, S.E. / Brady, R.L. / Woolfson, D.N.

履歴

登録	2013年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年9月11日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kvt.cif.gz	76.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kvt.ent.gz	64.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kvt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kvt_validation.pdf.gz	433.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kvt_full_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示
XML形式データ	4kvt_validation.xml.gz	9.4 KB	表示
CIF形式データ	4kvt_validation.cif.gz	12.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kvuC 4kvvC 3r3k C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3r48-d 4kvu-1 4kvv-2 3r3k-1 5eon-1 3r46-d 6q5n-1 4h8g-1 3r47-1 6q5n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

B: 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

C: 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

D: 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

E: 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

F: 6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide

20.1 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.430, 54.430, 147.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-111- HOH
2	1	C-101- HOH

#1: タンパク質・ペプチド	6-helix coiled coil CC-Hex-L24C peptide 分子量: 3354.978 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.71 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris, 0.1 M potassium chloride with 15 % w/v PEG 2000 MME, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 65 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月6日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→34.16 Å / Num. obs: 29509 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3.7 / Observed criterion σ(I): 3.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.6→34.098 Å / SU ML: 0.13 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.8 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2084	1496	5.07 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.1923	29509	97.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→34.098 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1361	0	0	130	1491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1401
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.912	1853
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.742	513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	213
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	223

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6517	0.2294	116	0.1783	2509	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6517-1.7107	0.2003	125	0.1867	2518	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7107-1.7792	0.2066	139	0.1838	2362	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7792-1.8602	0.2043	129	0.1799	2522	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8602-1.9582	0.2315	140	0.1801	2553	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9582-2.0809	0.206	153	0.1812	2536	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0809-2.2415	0.2048	126	0.1676	2576	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2415-2.467	0.1993	134	0.1827	2525	X-RAY DIFFRACTION	97
2.467-2.8239	0.2205	151	0.1948	2523	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8239-3.5572	0.1978	151	0.205	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5572-34.1057	0.2101	132	0.2043	2738	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4686	-0.2361	-1.7425	0.5697	-0.029	6.9809	0.1179	-0.1621	0.1369	0.0253	0.0599	-0.0213	-0.1497	0.7782	-0.0744	0.0626	-0.0025	0.016	0.1184	-0.0061	0.1435	-2.6031	-14.7671	-22.1627
2	1.3904	-0.6251	-1.6283	1.5266	0.9642	6.0607	-0.0803	-0.0776	0.0147	0.1033	0.1043	-0.0522	0.7635	0.4026	0.0798	0.0848	0.0327	-0.0011	0.0891	-0.019	0.1343	-5.811	-23.0921	-21.9719
3	1.5329	0.3458	-0.4248	0.9396	-0.2969	1.8348	0.1538	0.0097	0.1758	0.0942	0.0003	-0.0003	-0.6095	0.4381	-0.0316	0.1179	0.0047	0.0218	0.0665	0.0152	0.1461	-7.8741	-7.6207	-23.2021
4	1.4713	-0.3498	-0.2592	0.8124	0.5546	6.6242	0.1126	-0.0423	-0.0743	-0.0051	-0.0757	0.1157	0.0743	-0.8485	0.0304	0.065	-0.0097	-0.013	0.1522	-0.0009	0.1648	-20.3752	-16.8889	-23.4977
5	1.1831	-0.1883	0.7116	1.0429	-0.1606	1.6324	0.1067	-0.0339	0.0031	0.0007	0.0675	-0.032	-0.6051	-0.3219	-0.0332	0.0975	0.0446	-0.003	0.1031	0.0105	0.1188	-16.9704	-8.6197	-24.4738
6	2.1205	0.0218	-0.4755	1.6741	0.6414	2.1727	0.0674	0.1698	-0.0654	0.0635	-0.004	0.0123	0.5818	-0.4942	0.1193	0.116	-0.0134	-0.0178	0.09	-0.0195	0.1466	-14.7957	-24.1119	-22.7672

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 1:30)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESID 1:30)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C AND (RESID 1:30)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN E AND (RESID 1:30)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN F AND (RESID 1:30)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN D AND (RESID 1:31)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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