PDB-4kvo: The NatA (Naa10p/Naa15p) amino-terminal acetyltrasferase complex ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kvo

タイトル

The NatA (Naa10p/Naa15p) amino-terminal acetyltrasferase complex bound to AcCoA

要素

(N-terminal acetyltransferase A complex ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / acetyltransferase / tetratricopeptide repeats (TPR motif) / amino-terminal acetyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide-glutamate-alpha-N-acetyltransferase activity / N-terminal amino-acid Nalpha-acetyltransferase NatA / peptide-serine-alpha-N-acetyltransferase activity / NatA complex / acetyltransferase activator activity / protein maturation / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.15 Å

データ登録者

Liszczak, G.P. / Marmorstein, R.Q.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Molecular basis for N-terminal acetylation by the heterodimeric NatA complex.
著者: Liszczak, G. / Goldberg, J.M. / Foyn, H. / Petersson, E.J. / Arnesen, T. / Marmorstein, R.

履歴

登録	2013年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年8月28日	Group: Database references
改定 1.2	2013年10月9日	Group: Database references
改定 1.3	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kvo.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kvo.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kvo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kvo_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kvo_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4kvo_validation.xml.gz	121.4 KB	表示
CIF形式データ	4kvo_validation.cif.gz	160.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/4kvo	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kvmC 4kvxC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kvm-1 4kvm-4 4kvm-3 4u2m-d 4kvm-2 4chk-d 6c9m-2 1aro-d 21551 5nnp-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (4) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #97 - 2008年1月概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (3) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (4)
#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (3)
#97 - 2008年1月
概日体内時計タンパク質 (Circadian Clock Proteins)
類似性 (4)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (3)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (2)

登録構造単位

A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

B: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

D: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

E: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

F: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

G: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

H: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

ヘテロ分子

414 kDa, 8 ポリマー
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1

A: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

E: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
104 kDa, 2 ポリマー
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2

B: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

F: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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3

C: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

G: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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4

D: N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1

H: N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
103 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	80.739, 119.692, 132.024
Angle α, β, γ (deg.)	80.28, 76.85, 70.65
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
N-terminal acetyltransferase A complex ... , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質	N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1 / NatA complex subunit nat1 分子量: 83941.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: nat1, SPCC338.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74985
#2: タンパク質	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1 / NatA complex subunit ARD1 分子量: 18030.750 Da / 分子数: 4 / Fragment: unp residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) 株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ard1, SPAC15E1.08 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTI3, EC: 2.3.1.88

#1: タンパク質

N-terminal acetyltransferase A complex subunit nat1 / NatA complex subunit nat1

分子量: 83941.578 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: nat1, SPCC338.07c / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O74985

#2: タンパク質

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ard1 / NatA complex subunit ARD1

分子量: 18030.750 Da / 分子数: 4 / Fragment: unp residues 1-156 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: ard1, SPAC15E1.08 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UTI3, EC: 2.3.1.88

-
非ポリマー , 5種, 179分子

#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 化合物	ChemComp-ACO / ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) 分子量: 809.571 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ*: 合成 / 式: C₂₃H₃₈N₇O₁₇P₃S
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.98 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Protein Buffer: 25 mM Hepes, 200 mM NaCl, 1 mM TCEP Crystallization well: 100 mM Hepes, 10% Peg 3350, 10% isopropanol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9896
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日 / 詳細: Si(111) crystal
放射	モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9896 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.15→50 Å / Num. all: 153358 / Num. obs: 77244 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.076 / R_sym value: 0.076 / Net I/σ(I): 17.2
反射シェル	解像度: 3.15→3.26 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.602 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / R_sym value: 0.602 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.15→49.047 Å / SU ML: 0.39 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	3614	4.94 %
R_work	0.217	-	-
obs	0.2184	73391	98.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.15→49.047 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	27971	0	282	105	28358

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	28844
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.79	38947
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.169	10851
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	4222
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	4966

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.1499-3.1857	0.3483	222	0.3488	4648	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1857-3.2232	0.4005	220	0.334	4987	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2232-3.2625	0.3296	269	0.3082	4779	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2625-3.3037	0.3051	278	0.3018	4813	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3037-3.3472	0.3479	277	0.2939	4830	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3472-3.393	0.3484	259	0.2937	4877	X-RAY DIFFRACTION	98
3.393-3.4415	0.3112	228	0.278	4839	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4415-3.4929	0.3104	258	0.2727	4883	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4929-3.5474	0.3092	246	0.2597	4867	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5474-3.6056	0.2798	265	0.2521	4816	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6056-3.6677	0.2688	265	0.2418	4915	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6677-3.7344	0.2512	248	0.2479	4812	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7344-3.8062	0.3031	217	0.2422	4877	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8062-3.8839	0.2619	294	0.2438	4884	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8839-3.9683	0.2674	255	0.2285	4863	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9683-4.0605	0.2387	269	0.2235	4858	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0605-4.162	0.2532	229	0.2076	4854	X-RAY DIFFRACTION	99
4.162-4.2745	0.2167	264	0.206	4919	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2745-4.4002	0.2473	238	0.1979	4818	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4002-4.5421	0.2314	274	0.1884	4886	X-RAY DIFFRACTION	98
4.5421-4.7043	0.2008	247	0.1855	4900	X-RAY DIFFRACTION	98
4.7043-4.8925	0.2364	257	0.1883	4823	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8925-5.115	0.2555	235	0.1998	4907	X-RAY DIFFRACTION	98
5.115-5.3843	0.2345	257	0.2068	4898	X-RAY DIFFRACTION	99
5.3843-5.7212	0.2713	252	0.2246	4917	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7212-6.1622	0.282	273	0.2207	4808	X-RAY DIFFRACTION	98
6.1622-6.7809	0.2238	248	0.2135	4896	X-RAY DIFFRACTION	98
6.7809-7.7587	0.2265	245	0.1887	4867	X-RAY DIFFRACTION	98
7.7587-9.7625	0.148	249	0.1513	4885	X-RAY DIFFRACTION	99
9.7625-49.0529	0.1951	243	0.1868	4851	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.0082	-1.1256	-0.8345	1.0612	-0.2142	0.8309	0.2413	-0.0392	0.2759	0.1349	-0.1273	-0.1741	-0.1972	0.1471	-0.1202	0.6754	-0.1625	-0.0099	0.3265	-0.0506	0.2406	-22.6924	9.0794	-75.331
2	1.552	-1.4696	-0.5332	9.0048	-2.1829	1.9727	0.1374	-0.2877	-0.2475	-0.1979	0.4388	1.3924	0.1025	-0.3603	-0.4932	0.7542	-0.0955	-0.0621	0.596	0.1101	0.4978	-67.4514	-4.3887	-54.9958
3	2.0222	0.3085	0.0813	2.133	-0.8803	1.2436	-0.1883	-0.1253	-0.4879	-0.4382	0.1087	-0.1647	0.386	0.0251	0.0631	0.7334	-0.0761	0.0893	0.4131	0.0095	0.2885	-37.0143	-14.8875	-63.7069
4	3.3224	-0.4657	0.1696	4.7467	0.7383	2.9758	-0.2896	-0.6426	-0.567	0.9505	0.3698	-0.4844	0.2387	0.3455	-0.0575	0.8351	0.1143	0.0189	0.6694	0.1424	0.4929	-23.3615	-20.5706	-46.3067
5	3.5362	-0.5021	-0.1617	3.1324	0.8026	2.2825	-0.3693	-0.0945	0.008	-0.0613	0.2025	-0.5638	-0.752	-0.0775	0.0404	0.606	-0.2835	0.1181	0.348	0.0955	0.5179	-11.4867	68.9003	-78.837
6	1.617	0.7011	0.656	0.3107	0.2336	0.4688	0.0202	0.7012	-0.8031	-0.617	0.7384	-1.9118	-0.0497	0.8886	-0.0417	0.8121	-0.1009	0.6331	1.2952	-0.443	2.0177	15.8002	29.8013	-99.3483
7	1.2834	0.3671	0.1549	3.6401	0.8384	0.4492	0.0268	0.0971	-0.0972	0.144	-0.1209	-0.0108	0.1261	-0.0194	0.1311	0.5726	-0.1476	0.1341	0.443	0.0764	0.2951	-14.654	40.6261	-90.4319
8	3.4895	0.8708	-0.5415	4.5812	-0.6879	2.7036	-0.1501	0.6879	0.1443	-1.3776	0.0654	0.8964	-0.7649	-0.3661	-0.0498	1.0103	-0.139	-0.1048	0.7653	0.0622	0.3894	-29.0645	44.7511	-107.6968
9	3.2714	0.3063	0.0398	3.4254	0.9317	2.2822	-0.5512	0.1562	-0.0171	0.1119	0.4908	-0.5749	0.6085	-0.0547	-0.1544	0.4586	0.2043	-0.2486	0.3589	-0.0058	0.5638	-41.1916	-48.7234	-140.1847
10	2.7936	-0.4087	-0.4155	0.0909	-0.1381	1.6514	0.2826	-0.329	0.5831	0.4995	0.6518	-1.6515	-0.0308	1.0163	0.4964	0.6923	-0.0313	-0.5047	1.3223	-0.7465	1.9664	-15.1033	-8.8385	-120.3488
11	1.7484	-1.1738	-1.1565	3.7665	1.5556	1.1829	0.2176	0.0323	0.2211	0.0437	-0.0607	-0.2916	-0.0133	0.0985	-0.1451	0.3932	0.1057	-0.1257	0.3883	0.0221	0.2733	-45.1146	-20.7698	-129.5084
12	3.1808	-1.4752	-0.0084	4.3217	0.0884	2.3412	-0.2688	-0.3414	0.0847	1.2341	0.0508	0.7269	1.0426	0.0415	-0.0814	0.8994	0.1312	0.0653	0.4711	0.0422	0.3949	-59.7137	-24.7641	-112.4463
13	4.887	1.0648	1.227	2.3718	-0.4715	1.5883	0.1755	0.0366	-0.1649	-0.5448	-0.217	-0.5969	0.1348	0.3112	-0.0066	0.7489	0.1633	0.2402	0.3717	-0.0099	0.4893	-23.4143	24.2483	-15.8542
14	2.5505	0.408	1.6089	6.1555	-1.5616	1.9834	0.4046	0.1099	0.0873	0.1537	0.0179	0.6095	0.1195	-0.3624	-0.3404	0.7765	-0.0031	0.0263	0.5067	0.0691	0.3376	-68.6301	37.6497	-36.1702
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16	3.0117	0.5686	-0.3149	4.8577	0.2847	2.7814	-0.4188	0.4945	0.3906	-1.4231	0.3347	-0.5365	0.1307	0.2876	0.0101	1.1108	-0.092	0.0921	0.6094	0.039	0.5245	-24.4996	54.079	-44.7859
17	3.9361	-0.3749	0.5648	3.8316	-0.1128	0.1356	0.0428	0.2089	-0.1413	0.0669	-0.0807	0.2038	0.1801	-0.1735	-0.0164	0.7056	-0.1391	0.0704	0.42	-0.0713	0.2454	-45.9148	-1.7797	-74.8303
18	3.0143	-0.0505	0.0743	9.4055	0.6363	3.4786	-0.0244	0.4516	-0.5081	-0.658	0.0925	0.9413	0.6364	-0.5162	-0.1677	0.791	-0.1081	0.0587	0.5727	-0.1219	0.473	-52.311	-6.8263	-87.3481
19	4.6645	-0.4332	0.6205	5.6255	1.0005	2.6847	-0.1174	-0.017	-0.7875	0.0517	0.2825	-1.3251	0.2247	0.4023	-0.1343	0.3538	-0.1007	0.0827	0.4362	0.0757	0.8358	0.6803	45.3704	-79.1735
20	3.5423	3.0442	0.1217	8.258	-0.5664	1.4364	0.1631	-0.6796	-1.865	0.536	-0.23	-1.4377	0.3845	0.2803	0.003	0.9677	0.0232	-0.3178	0.8212	0.2401	1.3985	2.3494	36.9868	-66.6383
21	5.1195	0.7849	-0.615	4.712	0.2545	2.5748	-0.0018	0.0876	1.0975	-0.0649	0.3658	-1.4005	-0.2393	0.4039	-0.238	0.3316	0.0541	-0.0174	0.4679	-0.119	0.9403	-29.5932	-25.206	-140.6275
22	1.1424	-2.5081	-0.1639	8.7536	-0.9546	1.8983	0.4411	1.0045	1.6286	-0.6881	0.0867	-0.084	-0.6969	-0.1323	-0.6394	0.9564	-0.0406	0.4524	0.8595	0.3106	1.7103	-28.0284	-17.1029	-153.3582
23	4.6965	0.567	-0.4953	4.8995	-0.3688	0.7463	-0.0584	-0.0625	0.1656	-0.4735	0.0438	0.4305	-0.0867	-0.0701	-0.0456	0.5739	0.0809	-0.0498	0.4054	-0.0792	0.2521	-46.8994	34.8416	-16.1854
24	4.7131	-0.3754	-1.0266	4.2008	-1.1663	5.0646	0.4418	-0.2962	1.3174	0.5059	0.1842	1.4349	-1.3822	-0.6012	-0.5991	0.7148	0.1052	0.1254	0.7758	-0.0651	0.8987	-53.1371	40.0045	-3.4652

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 5:269 )	A	5 - 269
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 270:428 )	A	270 - 428
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 429:572 )	A	429 - 572
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 573:731 )	A	573 - 731
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 5:266 )	B	5 - 266
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 267:428 )	B	267 - 428
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 429:572 )	B	429 - 572
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 573:731 )	B	573 - 731
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN C AND RESID 5:269 )	C	5 - 269
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN C AND RESID 270:428 )	C	270 - 428
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN C AND RESID 429:572 )	C	429 - 572
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 573:730 )	C	573 - 730
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 5:269 )	D	5 - 269
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN D AND RESID 270:428 )	D	270 - 428
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN D AND RESID 429:572 )	D	429 - 572
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN D AND RESID 573:730 )	D	573 - 730
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN E AND RESID 1:97 )	E	1 - 97
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN E AND RESID 98:153 )	E	98 - 153
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN F AND RESID 1:99 )	F	1 - 99
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN F AND RESID 100:153 )	F	100 - 153
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN G AND RESID 1:99 )	G	1 - 99
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN G AND RESID 100:153 )	G	100 - 153
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN H AND RESID 1:98 )	H	1 - 98
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN H AND RESID 99:153 )	H	99 - 153

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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