PDB-4ku4: Crystal Structure of a Ras-like Protein from Cryphonectria parasi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ku4

タイトル

Crystal Structure of a Ras-like Protein from Cryphonectria parasitica in Complex with GDP

要素

Ras-3 from Cryphonectria parasitica

キーワード

SIGNALING PROTEIN / small G protein / GTP/GDP binding / GTP hydrolysis

機能・相同性

P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

機能・相同性情報

生物種

Cryphonectria parasitica (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Chen, C.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of a Ras-like Protein from Cryphonectria parasitica in Complex with GDP
著者: Chen, C. / Choi, G.

履歴

登録	2013年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ku4.cif.gz	242.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ku4.ent.gz	194.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ku4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4ku4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ku/4ku4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2ce2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6el8-1 4bqu-2 1xiy-2 3bx8-7 4j25-1 5zk0-2 1z2x-2 3kkq-d 2w2v-2 2cnt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ras-3 from Cryphonectria parasitica

B: Ras-3 from Cryphonectria parasitica

ヘテロ分子

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ras-3 from Cryphonectria parasitica

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ras-3 from Cryphonectria parasitica

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.795, 52.595, 53.234
Angle α, β, γ (deg.)	114.62, 93.01, 90.05
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Ras-3 from Cryphonectria parasitica 分子量: 23128.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Cryphonectria parasitica (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₁P₂ / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 742 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.15 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5 mM GDP, 0.2 M Magnesium Format, 0.1 M HEPES, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→44.51 Å / Num. all: 48257 / Num. obs: 42642 / % possible obs: 88.4 % / Observed criterion σ(F): 2.15 / Observed criterion σ(I): 2.9 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.075 / R_sym value: 0.075 / Net I/σ(I): 11.07
反射シェル	解像度: 1.6→1.64 Å / 冗長度: 2.74 % / R_merge(I) obs: 0.313 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3545 / R_sym value: 0.313 / % possible all: 62.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
CrystalClear		データ収集
MOLREP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2CE2

2ce2

解像度: 1.6→44.5 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.15 / 位相誤差: 22.33 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: Anisotropic B factors came from TLS refinememnt

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2214	2162	5.08 %	random
R_work	0.1925	-	-	-
obs	0.194	42577	89.08 %	-
all	-	48257	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.05 Å / VDWプローブ半径: 0.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 70.296 Å² / k_sol: 0.464 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.3797 Å²	0.0644 Å²	0.0992 Å²
2-	-	0.34 Å²	-2.7349 Å²
3-	-	-	1.0398 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→44.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2686	0	59	742	3487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2794
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.22	3769
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.066	1059
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	431
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	478

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.6372	0.3149	111	0.2483	2019	X-RAY DIFFRACTION	67
1.6372-1.6782	0.2863	139	0.2505	2530	X-RAY DIFFRACTION	83
1.6782-1.7235	0.2859	140	0.2371	2554	X-RAY DIFFRACTION	86
1.7235-1.7743	0.2784	128	0.2275	2614	X-RAY DIFFRACTION	85
1.7743-1.8315	0.2629	142	0.2253	2616	X-RAY DIFFRACTION	86
1.8315-1.897	0.2382	141	0.2145	2686	X-RAY DIFFRACTION	89
1.897-1.9729	0.2295	145	0.1928	2683	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9729-2.0627	0.2461	135	0.1826	2744	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0627-2.1715	0.23	148	0.1816	2754	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1715-2.3075	0.209	154	0.1725	2806	X-RAY DIFFRACTION	93
2.3075-2.4857	0.2225	174	0.1805	2816	X-RAY DIFFRACTION	94
2.4857-2.7358	0.2162	142	0.1936	2838	X-RAY DIFFRACTION	94
2.7358-3.1316	0.2079	165	0.1898	2875	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1316-3.9451	0.1808	156	0.1698	2913	X-RAY DIFFRACTION	96
3.9451-44.5271	0.2002	142	0.1906	2967	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

S33: -0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2697	0.2738	0.1008	0.1213	-0.0109	0.0206	-0.0101	0.0327	-0.0189	-0.0228	0.0032	-0.0004	-0.0112	-0.0024	0.0595	0.0055	0.006	0.0615	-0.0011	0.0538	13.0582	43.6881	7.1716
2	0.2956	-0.1016	0.0087	0.0918	0.0222	0.1058	-0.0015	-0.0089	0.0134	0.0223	-0.0046	0.0016	0.0107	-0.0188	0.0596	-0.0013	-0.0023	0.0546	-0.0016	0.0497	-5.4317	12.0375	26.5028
3	0.103	0.0566	-0.0398	0.0766	0.0549	0.0871	-0.0001	0.0007	-0.0067	-0.0075	0.0003	-0.0047	-0.0106	0.0015	0.0466	-0.003	-0.0097	0.0338	0.005	0.0425	4.0926	27.1403	16.5326

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 7:195)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B AND (RESSEQ 6:194)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 301:769) OR CHAIN B AND (RESSEQ 600:1073)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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