PDB-4kty: Fibrin-stabilizing factor with a bound ligand

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kty

タイトル

Fibrin-stabilizing factor with a bound ligand

要素

Coagulation factor XIII A chain
Peptide-like ligand

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / transglutaminase / COAGULATION / TRANSFERASE / ACYLTRANSFERASE / ligand / calcium ions / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-glutamine gamma-glutamyltransferase / protein-glutamine gamma-glutamyltransferase activity / transferase complex / peptide cross-linking / blood coagulation, fibrin clot formation / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / platelet alpha granule lumen / blood coagulation / Platelet degranulation / : ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Stieler, M. / Heine, A. / Klebe, G.

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2013
タイトル: Structure of Active Coagulation Factor XIII Triggered by Calcium Binding: Basis for the Design of Next-Generation Anticoagulants.
著者: Stieler, M. / Weber, J. / Hils, M. / Kolb, P. / Heine, A. / Buchold, C. / Pasternack, R. / Klebe, G.

履歴

登録	2013年5月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月12日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kty.cif.gz	583.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kty.ent.gz	478.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kty_validation.pdf.gz	486.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kty_full_validation.pdf.gz	498.5 KB	表示
XML形式データ	4kty_validation.xml.gz	58.9 KB	表示
CIF形式データ	4kty_validation.cif.gz	86.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kt/4kty	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1f13S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5mhn-1 5mhn-2 5mhm-1 5mhl-2 6u2k-d 5mhl-1 5mho-2 5mhm-2 3juk-d 5iuk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (14) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Coagulation factor XIII A chain

B: Coagulation factor XIII A chain

C: Peptide-like ligand

D: Peptide-like ligand

ヘテロ分子

172 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Coagulation factor XIII A chain

C: Peptide-like ligand

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.9 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Coagulation factor XIII A chain

D: Peptide-like ligand

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	56.761, 80.510, 102.844
Angle α, β, γ (deg.)	88.14, 76.70, 82.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain 分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T650I, Q652E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A, F13A1 / プラスミド: pFASTBac / 細胞株 (発現宿主): sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase
#2: タンパク質・ペプチド	Peptide-like ligand タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1038.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成参照: N-[(2S)-2-({(2S)-2-[(N-acetyl-D-alpha-aspartyl)amino]-7-methoxy-7-oxoheptanoyl}amino)butanoyl]-L-norleucyl-L-leucyl-L-prolyl-L-tryptophyl-L-proline

#1: タンパク質

Coagulation factor XIII A chain / Coagulation factor XIIIa / Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase A chain / Transglutaminase A chain

分子量: 84206.039 Da / 分子数: 2 / 変異: T650I, Q652E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F13A, F13A1 / プラスミド: pFASTBac / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00488, protein-glutamine gamma-glutamyltransferase

#2: タンパク質・ペプチド

Peptide-like ligand

タイプ: Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 1038.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
参照: N-[(2S)-2-({(2S)-2-[(N-acetyl-D-alpha-aspartyl)amino]-7-methoxy-7-oxoheptanoyl}amino)butanoyl]-L-norleucyl-L-leucyl-L-prolyl-L-tryptophyl-L-proline

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非ポリマー , 4種, 936分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 920 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

構成要素の詳細	THE UNREACTED FORM OF THE PEPTIDE, CHAIN C/D HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C23 AND C24 OF THE 1TX. UPON ...THE UNREACTED FORM OF THE PEPTIDE, CHAIN C/D HAS A DOUBLE BOND BETWEEN C23 AND C24 OF THE 1TX. UPON REACTION WITH PROTEIN, A COVALENT BOND BETWEEN C23 AND SG OF CYS 314 IS FORMED.

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.7 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 170 mM ammonium sulfate 85 mM sodium cacodylate 25.5 % PEG8000 15 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月25日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR KMC / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. all: 119138 / Num. obs: 119138 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.3 Å² / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 7864 / R_sym value: 0.363 / % possible all: 95.8

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F13

1f13

解像度: 1.98→20.795 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: R-free / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.45 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2064	5980	5.02 %	random
R_work	0.1691	-	-	-
obs	0.171	119041	96.86 %	-
all	-	119041	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→20.795 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10991	0	65	920	11976

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	11445
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.366	15618
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.705	4112
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	1723
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-1.9982	0.289	194	0.2515	3443	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9982-2.0216	0.2894	193	0.2401	3795	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0216-2.0463	0.2604	213	0.232	3684	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0463-2.0722	0.2581	187	0.2218	3771	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0722-2.0994	0.257	190	0.2236	3784	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0994-2.1281	0.2705	197	0.2133	3709	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1281-2.1585	0.2718	199	0.2054	3752	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1585-2.1907	0.2515	212	0.2016	3787	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1907-2.2249	0.2262	196	0.1931	3749	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2249-2.2613	0.2561	202	0.1832	3728	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2613-2.3003	0.208	222	0.182	3786	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3003-2.342	0.2198	172	0.1722	3753	X-RAY DIFFRACTION	97
2.342-2.387	0.2292	198	0.1801	3814	X-RAY DIFFRACTION	97
2.387-2.4357	0.2563	215	0.1788	3741	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4357-2.4885	0.2318	192	0.1776	3743	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4885-2.5463	0.238	205	0.1707	3791	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5463-2.6099	0.2251	205	0.1722	3745	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6099-2.6803	0.24	183	0.1708	3809	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6803-2.759	0.225	188	0.1731	3809	X-RAY DIFFRACTION	98
2.759-2.8479	0.1981	201	0.1732	3806	X-RAY DIFFRACTION	97
2.8479-2.9494	0.224	208	0.1711	3770	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9494-3.0671	0.2123	195	0.1668	3801	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0671-3.2062	0.2145	205	0.1711	3826	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2062-3.3746	0.2128	178	0.166	3852	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3746-3.585	0.1844	195	0.1541	3818	X-RAY DIFFRACTION	98
3.585-3.8602	0.1678	192	0.1431	3834	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8602-4.2457	0.1571	207	0.137	3846	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2457-4.8532	0.1506	219	0.1282	3804	X-RAY DIFFRACTION	99
4.8532-6.089	0.176	228	0.1576	3835	X-RAY DIFFRACTION	99
6.089-20.7961	0.1915	189	0.1691	3676	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6654	-0.1122	0.8171	0.6432	0.1068	3.1147	0.0681	-0.0345	-0.0597	-0.1823	-0.0314	0.1905	0.089	-0.2076	-0.0233	0.1796	-0.0044	-0.0403	0.1108	-0.0152	0.1635	32.2451	58.2715	-25.6905
2	0.9204	-0.2005	0.3119	1.8708	0.4097	1.3563	-0.0754	-0.0728	0.035	0.1566	0.0205	-0.1415	-0.0913	0.0145	0.0548	0.125	-0.001	0.0064	0.1046	-0.0139	0.0843	49.0075	70.4555	-2.2205
3	1.6971	-0.3156	0.5155	1.566	0.1755	1.9678	-0.0044	-0.1114	0.0323	0.3839	0.0215	-0.4376	0.115	0.2065	-0.0474	0.191	0.0101	-0.0542	0.1458	-0.0124	0.1964	60.3663	59.2038	3.4878
4	4.7581	-1.1969	-0.0828	0.949	0.5032	1.2691	-0.1461	-0.0664	-0.1483	0.0873	0.1822	-0.306	-0.0387	0.1394	-0.0409	0.2202	0.0285	-0.0788	0.1817	0.016	0.3314	70.904	38.2594	0.1238
5	4.3396	0.7086	-0.867	0.551	-0.1376	0.1903	-0.069	-0.7228	-0.6433	0.0988	0.1215	-0.0706	-0.046	0.0416	-0.0883	0.2802	0.0434	-0.0909	0.211	-0.0151	0.2866	65.8207	34.8708	1.0296
6	6.71	4.3962	2.2511	4.1754	1.3289	1.6825	-0.1123	0.1204	0.1394	-0.098	0.1308	-0.0248	0.1321	0.033	0.0094	0.2194	0.0652	0.0081	0.1535	0.0016	0.1751	55.5405	31.8549	-6.4104
7	5.8017	-0.3376	2.4186	6.1243	-0.7777	6.639	-0.3316	0.1447	-0.1495	-0.1223	0.5397	-0.1593	0.0009	-0.2507	-0.1956	0.3106	-0.0002	0.0446	0.2075	-0.0219	0.1343	39.6095	15.1127	-10.5389
8	0.7733	-0.0325	0.9682	0.7785	0.0715	2.6939	0.1135	-0.0642	-0.0369	0.1099	-0.0486	0.1054	0.1243	-0.225	-0.058	0.1373	-0.0069	0.0201	0.1046	-0.0138	0.1274	38.4921	18.5868	23.3217
9	0.9287	-0.1571	0.2175	1.4385	0.2517	0.9655	0.001	-0.1548	0.0436	0.4466	-0.0197	-0.2077	0.0136	0.0119	0.0168	0.3885	-0.0474	-0.0914	0.1234	-0.0006	0.1426	60.2009	22.6499	51.8291
10	4.394	1.1142	1.244	0.2437	0.2245	0.5705	0.0636	-0.0514	-0.2775	0.0893	0.0055	-0.2129	0.0644	0.0571	-0.0692	0.4226	0.0001	-0.1325	0.1705	0.0149	0.3316	70.6655	-7.1003	48.0706
11	5.5417	-1.4963	1.1778	3.8547	-0.6843	2.3415	-0.1541	0.1147	-0.137	-0.1042	0.3063	0.3402	-0.0693	-0.3841	-0.1412	0.3625	-0.0278	-0.0659	0.1997	0.0588	0.2466	41.1813	-24.6916	35.878
12	1.1527	0.0172	0.4016	0.4942	0.3214	0.7364	-0.0102	-0.247	0.0199	0.2015	0.0385	-0.195	0.0355	0.1548	-0.096	0.4211	0.106	-0.1736	0.2717	-0.2717	0.1978	60.0213	70.9713	14.0252
13	1.2886	0.1914	0.6437	0.5086	0.2817	1.9464	0.0547	-0.209	0.016	0.1696	-0.0197	-0.1367	0.1631	0.2157	-0.1013	0.7608	-0.0565	-0.174	0.307	-0.056	0.1955	65.1214	28.115	65.7359

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 22:223 )	A	22 - 223
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 224:366 )	A	224 - 366
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 367:494 )	A	367 - 494
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 495:565 )	A	495 - 565
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 566:596 )	A	566 - 596
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 597:651 )	A	597 - 651
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 652:725 )	A	652 - 725
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 22:222 )	B	22 - 222
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 223:501 )	B	223 - 501
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 515:643 )	B	515 - 643
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 644:730 )	B	644 - 730
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN C AND RESID 1:9 )	C	1 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN D AND RESID 1:9 )	D	1 - 9

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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