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- PDB-4kq6: Product complex of lumazine synthase from candida glabrata -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kq6
タイトルProduct complex of lumazine synthase from candida glabrata
要素6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseLumazine synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Lumazine synthase / riboflavin biosynthesis (リボフラビン)
機能・相同性
機能・相同性情報


6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine synthase / Lumazine/riboflavin synthase / Lumazine/riboflavin synthase superfamily / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DLZ / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Shankar, M. / Wilbanks, S.M. / Nakatani, Y. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2013
タイトル: Catalysis product captured in lumazine synthase from the fungal pathogen Candida glabrata.
著者: Shankar, M. / Wilbanks, S.M. / Nakatani, Y. / Monk, B.C. / Tyndall, J.D.
履歴
登録2013年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年5月29日ID: 4GEF
改定 1.02013年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,16341
ポリマ－195,74410
非ポリマー3,41931
水16,808933
1
A: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
B: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
C: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
D: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
E: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,43919
ポリマ－97,8725
非ポリマー1,56714
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15670 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area30580 Å2
手法PISA
2
F: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
G: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
H: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
I: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
J: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,72422
ポリマ－97,8725
非ポリマー1,85117
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15680 Å2
ΔGint-237 kcal/mol
Surface area30610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.750, 84.840, 310.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.47316, 0.499138, 0.725934), (-0.842583, 0.497006, 0.207459), (-0.257243, -0.709821, 0.655729)-37.83131, -5.30299, 22.02592
3given(-0.380274, -0.03675, 0.924144), (-0.868733, -0.328636, -0.370542), (0.317324, -0.943742, 0.093045)-42.39365, 28.56392, 49.92488
4given(-0.381988, -0.870863, 0.309326), (-0.034244, -0.32114, -0.946412), (0.923532, -0.372111, 0.09285)-6.62513, 55.18514, 45.03174
5given(0.472952, -0.844751, -0.250425), (0.492725, 0.489203, -0.719654), (0.730437, 0.216971, 0.647599)18.81091, 37.59515, 14.55396
6given(-0.888727, 0.39884, 0.226032), (0.40544, 0.453689, 0.793589), (0.213967, 0.796927, -0.564912)-23.31214, -21.48448, 51.3648
7given(-0.069825, 0.99406, 0.083482), (0.994, 0.062269, 0.089928), (0.084196, 0.08926, -0.992443)-22.27127, 14.12078, 77.19202
8given(0.525847, 0.56336, -0.637268), (0.56423, -0.791679, -0.234283), (-0.636498, -0.236369, -0.734166)14.91858, 36.56578, 68.00951
9given(0.059127, -0.295814, -0.953414), (-0.296363, -0.917226, 0.266206), (-0.953243, 0.266817, -0.141901)36.70101, 14.45385, 36.4764
10given(-0.81679, -0.40475, -0.411136), (-0.390064, -0.137651, 0.910441), (-0.425094, 0.904008, -0.045446)13.07909, -21.62351, 26.40001

-
要素

#1: タンパク質
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / Lumazine synthase


分子量: 19574.422 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida glabrata (菌類) / 株: CBS-138 / 遺伝子: CAGL0B01419g, RIB4 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q6FXA8, 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-DLZ / 1-deoxy-1-(6,7-dimethyl-2,4-dioxo-3,4-dihydropteridin-8(2H)-yl)-D-ribitol / 6,7-dimethyl-8-(1'-D-ribityl) lumazine / 6,7-ジメチル-8-リビチルルマジン / 6,7-ジメチル-8-リビチルルマジン


分子量: 326.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N4O6
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 933 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.6 M AMMONIUM SULPHATE, 100 mM SODIUM, ACETATE AND 100 mM SODIUM CHLORIDE, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月13日 / 詳細: SILICON DOUBLE CRYSTAL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→47.43 Å / Num. obs: 105615 / 冗長度: 5.31 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 2.24→2.36 Å / 冗長度: 2.13 % / Rmerge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EJB

1ejb


解像度: 2.24→47.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 5.004 / SU ML: 0.125 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.21 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25236 2012 1.9 %RANDOM
Rwork0.20034 ---
obs0.20137 101325 95.19 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.618 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.23 Å2-0 Å20 Å2
2--1.11 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→47.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12179 0 196 933 13308
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01912554
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0021.97416957
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.33251578
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.90225.038524
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.634152250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.71560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1220.21944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0219172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.24→2.298 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.527 102 -
Rwork0.526 5255 -
obs--67.27 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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