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- PDB-4kpq: Structure and receptor binding specificity of the hemagglutinin H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kpq
タイトルStructure and receptor binding specificity of the hemagglutinin H13 from avian influenza A virus H13N6
要素(Hemagglutinin) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / receptor binding
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.502 Å
データ登録者Lu, X. / Qi, J. / Shi, Y. / Gao, G.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structure and Receptor Binding Specificity of Hemagglutinin H13 from Avian Influenza A Virus H13N6
著者: Lu, X. / Qi, J. / Shi, Y. / Wang, M. / Smith, D.F. / Heimburg-Molinaro, J. / Zhang, Y. / Paulson, J.C. / Xiao, H. / Gao, G.F.
履歴
登録2013年5月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月14日Group: Database references
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin
B: Hemagglutinin
C: Hemagglutinin
D: Hemagglutinin
E: Hemagglutinin
F: Hemagglutinin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,8367
ポリマ－169,6156
非ポリマー2211
水4,071226
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30510 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area57400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.106, 77.061, 76.474
Angle α, β, γ (deg.)85.50, 82.55, 87.37
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 36691.195 Da / 分子数: 3 / 断片: HA1 chain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Gull/Maryland/704/1977 H13N6 / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13103
#2: タンパク質 Hemagglutinin


分子量: 19846.988 Da / 分子数: 3 / 断片: HA2 chain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Gull/Maryland/704/1977 H13N6 / 遺伝子: HA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P13103
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 226 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.2M L-Proline, 0.1M HEPES, 10% PEG-3350, 0.01M Sodium Bromide, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月16日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 57001 / Num. obs: 57001 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 47.66 Å2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4F23

4f23


解像度: 2.502→42.353 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7191 / SU ML: 0.42 / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 33.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 2879 5.06 %random
Rwork0.2238 ---
all0.2255 56940 --
obs0.2255 56940 97.45 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.526 Å2 / ksol: 0.303 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 220.29 Å2 / Biso mean: 77.2418 Å2 / Biso min: 31.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1482 Å2-9.7962 Å2-3.1784 Å2
2--21.5549 Å226.4261 Å2
3----15.4067 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.502→42.353 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11601 0 14 226 11841
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311889
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73616095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511738
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0022101
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7674334
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5018-2.54280.42121100.37852299240988
2.5428-2.58670.43481440.37462562270698
2.5867-2.63370.42781440.35172607275198
2.6337-2.68440.41961280.33242610273898
2.6844-2.73910.37841420.30922553269598
2.7391-2.79870.30251320.29292602273498
2.7987-2.86380.31281140.28912649276398
2.8638-2.93540.3411270.27792602272998
2.9354-3.01470.31411420.28142589273198
3.0147-3.10340.35021380.27182594273299
3.1034-3.20350.2731400.26172607274798
3.2035-3.3180.27711780.24662592277099
3.318-3.45080.30541440.2372597274199
3.4508-3.60780.24261400.2282599273999
3.6078-3.79790.25311410.20362613275499
3.7979-4.03560.21151330.18992639277299
4.0356-4.34690.23191320.17832589272198
4.3469-4.78390.1851280.16412603273198
4.7839-5.47480.21041510.17112570272198
5.4748-6.89290.20771400.20722553269397
6.8929-42.35890.20521310.19772432256392
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.91170.47191.071.02360.21952.0707-0.5157-1.24090.32710.15830.4664-0.0633-0.4712-0.18440.17160.6332-0.1229-0.01690.7168-0.10420.472144.6547-30.778535.7938
20.9837-0.3751.02920.4601-0.67321.4174-0.3369-0.33180.43620.21610.034-0.4109-0.4872-0.23880.12630.6495-0.1117-0.070.5277-0.05410.632428.5354-16.069617.8843
31.9457-0.28811.56560.5873-0.68551.5778-0.19940.19380.91870.4369-0.0876-0.1724-0.5187-0.20720.15850.85880.0401-0.01090.41450.0630.885311.45293.5782-6.4825
41.49540.1580.68540.5095-0.58952.1234-0.09140.95710.85610.3674-0.3823-0.2443-0.7170.56670.19630.8035-0.03890.02540.69480.26410.947611.57958.632-20.5556
52.1974-1.3937-0.56272.2308-0.03361.1895-0.41730.46371.51740.54510.34620.0655-0.6792-0.14480.46330.90090.0436-0.02880.66130.43941.13692.107316.1986-20.5736
62.2604-0.08490.83531.1842-0.86561.72930.05861.11820.37860.1183-0.3879-0.467-0.13240.27530.11150.65230.02730.09680.66990.2770.820610.26931.227-24.7442
70.84450.07310.77421.3659-1.4142.4462-0.38380.07140.4672-0.2433-0.0022-0.1534-0.8188-0.68830.04440.86220.18910.0010.91950.31420.9262-11.225210.7756-25.6474
82.7692-0.74780.211.8360.01812.61210.09860.44980.60390.5682-0.0278-0.2183-0.0809-0.51650.02450.66480.03520.13070.49790.17920.6866-4.35971.7756-20.2202
92.5963-0.5271.12181.3705-1.42421.68180.02850.66810.05440.1442-0.0833-0.18520.1412-0.12790.05160.52920.03420.10430.67380.22080.64316.2754-1.5066-23.1734
102.0067-0.02611.39431.0486-1.2382.2822-0.03240.59390.3496-0.065-0.2811-0.3033-0.32420.20630.16730.6573-0.0176-0.00610.45650.11350.711113.14960.1105-13.6965
111.6553-0.22260.20220.3009-0.69661.6091-0.2743-0.3790.47620.31190.061-0.3245-0.54140.17810.10280.5835-0.0789-0.04880.325-0.13410.567726.5541-13.615614.1112
121.6301-1.03620.70051.25380.04862.4542-0.2352-1.05490.36990.57870.0812-0.1464-0.39340.15930.04160.5018-0.2197-0.09330.543-0.02490.560244.8834-33.493433.4243
134.49480.04552.09051.70680.17454.2497-0.4605-0.80820.3270.8428-0.1979-0.4043-0.27580.54170.29610.6306-0.2386-0.1820.99620.05080.820359.0193-33.168138.7254
142.6625-0.76911.48860.7381-0.9441.94540.0527-0.17440.09050.115-0.1579-0.1952-0.04850.22560.08970.4345-0.10380.01610.4081-0.05090.419437.7241-30.875619.3204
154.08281.5673-1.76991.86241.79035.58040.07-0.2284-0.4706-0.1755-0.1138-1.02170.29311.24620.23620.59390.19820.03091.30810.20610.973967.4109-46.517933.1797
161.3203-0.70150.36311.7252-1.1253.3720.7568-0.6457-1.3188-0.4179-0.26250.39571.0863-0.6789-0.71040.9421-0.4323-0.30550.60860.48720.992127.2371-59.821630.2529
172.0993-0.71561.21240.8713-1.22362.41660.2245-0.6448-0.36390.12410.35110.38930.076-0.9877-0.3130.499-0.12330.02580.86010.18330.5984-9.0415-28.82655.3575
182.0619-0.77440.38410.46410.35741.60710.249-0.2869-0.2620.22470.22560.8487-0.1046-1.18310.18660.15790.20360.35451.44460.45150.7874-30.605-13.6393-4.3833
192.3278-0.58230.56822.1894-0.88421.90310.0419-0.11250.23770.1080.29450.2622-0.4889-0.7674-0.16360.53810.11620.19010.84610.18130.6443-20.0239-7.9367-9.4923
201.5474-0.36860.22691.0226-0.64911.38570.3015-0.9127-0.8584-0.01460.42410.40780.559-0.8578-0.1960.5397-0.2298-0.07990.75260.22060.63374.0814-40.433512.5747
210.71050.75170.07112.0804-1.34471.5970.3519-0.6767-1.12930.1910.24630.28540.8398-0.3840.820.7349-0.3503-0.15910.70760.50120.894629.5839-56.923931.6914
222.08171.9013-1.48365.33710.4256.6550.2394-0.5408-0.510.24440.11020.06420.8022-0.1060.41761.0635-0.159-0.14341.23680.72431.002431.7856-65.929648.3215
231.5889-0.93880.75683.1553-1.81512.7824-0.0772-0.6764-0.58840.50240.04960.0757-0.1689-0.165-0.17220.5433-0.1632-0.00520.63560.09280.545622.6102-42.689331.4459
241.8577-0.69861.0091.4837-1.68572.5450.4035-0.3268-0.3697-0.1317-0.2016-0.07480.4981-0.0399-0.20750.4676-0.1382-0.04930.2747-0.00720.395123.6844-42.697618.1539
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373.90430.0017-1.3132.3950.48961.50350.67210.3284-1.0685-0.3505-0.2859-0.90970.46320.7042-0.08351.8070.5275-0.4710.9393-0.17961.076657.6643-64.697813.8831
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402.4136-0.72070.82930.8567-0.53391.51560.136-0.3402-0.39790.1280.13990.18970.31550.0752-0.09630.62070.0296-0.02380.4321-0.09960.409634.6154-40.679.73
411.818-1.2730.53891.0838-0.90161.60580.65650.2094-1.1577-0.52020.01720.20191.28350.954-0.18491.42790.6024-0.28371.0966-0.00711.033956.0382-66.140620.6907
421.4045-0.21651.06180.9086-0.87322.43110.335-0.4118-0.7931-0.0085-0.1365-0.32850.93130.7238-0.01431.63430.1743-0.28281.19430.80931.996253.0943-72.066628.9476
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESSEQ 4:23)
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESSEQ 24:51)
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESSEQ 52:109)
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESSEQ 110:137)
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESSEQ 138:163)
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESSEQ 164:184)
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESSEQ 185:201)
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN A AND (RESSEQ 202:228)
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN A AND (RESSEQ 229:247)
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN A AND (RESSEQ 248:271)
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN A AND (RESSEQ 272:327)
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESSEQ 2:21)
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN B AND (RESSEQ 22:31)
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN B AND (RESSEQ 32:153)
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN B AND (RESSEQ 154:166)
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND (RESSEQ 4:23)
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN C AND (RESSEQ 24:120)
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN C AND (RESSEQ 121:150)
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN C AND (RESSEQ 151:265)
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN C AND (RESSEQ 266:327)
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN D AND (RESSEQ 2:25)
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN D AND (RESSEQ 26:33)
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN D AND (RESSEQ 34:57)
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN D AND (RESSEQ 58:145)
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN D AND (RESSEQ 146:166)
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN E AND (RESSEQ 4:23)
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN E AND (RESSEQ 24:51)
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN E AND (RESSEQ 52:97)
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN E AND (RESSEQ 98:130)
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN E AND (RESSEQ 131:195)
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN E AND (RESSEQ 196:214)
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN E AND (RESSEQ 215:271)
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN E AND (RESSEQ 272:289)
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN E AND (RESSEQ 290:327)
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN F AND (RESSEQ 2:11)
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN F AND (RESSEQ 12:21)
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN F AND (RESSEQ 22:31)
38X-RAY DIFFRACTION38CHAIN F AND (RESSEQ 32:37)
39X-RAY DIFFRACTION39CHAIN F AND (RESSEQ 38:74)
40X-RAY DIFFRACTION40CHAIN F AND (RESSEQ 75:132)
41X-RAY DIFFRACTION41CHAIN F AND (RESSEQ 133:154)
42X-RAY DIFFRACTION42CHAIN F AND (RESSEQ 155:166)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る