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万見
- PDB-4kpi: Rotational order-disorder structure of reversibly photoswitchable... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kpi
タイトルRotational order-disorder structure of reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP
要素Reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta-barrel / order-disorder structure / red fluorescent protein / reversibly photoswitchable fluorescent protein
機能・相同性Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / Beta Barrel / Mainly Beta / Fluorescent protein FP480
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Pletnev, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The rotational order-disorder structure of the reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP.
著者: Pletnev, S. / Subach, F.V. / Verkhusha, V.V. / Dauter, Z.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,6391
ポリマ－27,6391
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)92.697, 92.697, 53.121
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-344-

HOH

21A-346-

HOH

31A-347-

HOH

41A-373-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Reversibly photoswitchable red fluorescent protein rsTagRFP


分子量: 27639.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1 blue / 参照: UniProt: D0VX33*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium nitrate 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→30 Å / Num. obs: 15284 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.58-1.644.10.5969900.795162.2
1.64-1.75.10.50313640.879186.3
1.7-1.7870.41715790.923198.4
1.78-1.877.30.25415810.925199.4
1.87-1.997.30.13415720.962199
1.99-2.147.30.08616101.048199.4
2.14-2.367.30.06616011.128199.7
2.36-2.77.30.04616160.972199.7
2.7-3.47.20.03916421.116199.9
3.4-306.80.02917290.835199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_1090精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U8A

3u8a


解像度: 1.58→29.313 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.48 / FOM work R set: 0.7526 / SU ML: 0.2 / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.71 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The crystal with rotational order-disorder pathology is composed of tetramers with 222 symmetry incorporated into the lattice in two different ways, rotated 90 degrees with respect to each ...詳細: The crystal with rotational order-disorder pathology is composed of tetramers with 222 symmetry incorporated into the lattice in two different ways, rotated 90 degrees with respect to each other around the crystal c-axis, with tetramer axes coincident with crystallographic 2-fold axes. The random distribution of alternatively oriented tetramers in the crystal creates the rotational Order-Disorder structure with statistically averaged I422 symmetry in which one tetramer overlaps with 90 degree rotated tetramer in the same physical space.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 711 4.98 %
Rwork0.2248 --
obs0.2274 14283 88.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 51.72 Å2 / Biso mean: 14.7786 Å2 / Biso min: 2.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.313 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1786 0 0 76 1862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0141830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7892473
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083260
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008320
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.918684
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5804-1.70240.2376770.19361373145046
1.7024-1.87370.3021700.20572907307797
1.8737-2.14480.2751550.18783024317999
2.1448-2.70190.27681540.230930553209100
2.7019-29.31840.27891550.243332133368100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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