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- PDB-4kp4: Deciphering cis-trans directionality and visualizing autophosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kp4
タイトルDeciphering cis-trans directionality and visualizing autophosphorylation in histidine kinases.
要素Osmolarity sensor protein EnvZ, Histidine kinase
キーワードTRANSFERASE/SIGNALING PROTEIN / Four helix-bundle / Bergerat fold / Kinase and phosphotransferase / ATP binding / TRANSFERASE-SIGNALING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / nucleotide binding / signal transduction ...histidine phosphotransfer kinase activity / response to osmotic stress / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / phosphorelay sensor kinase activity / phosphoprotein phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / protein autophosphorylation / nucleotide binding / signal transduction / protein homodimerization activity / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...: / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphotransfer (DHp) domain / HAMP domain / HAMP (Histidine kinases, Adenylyl cyclases, Methyl binding proteins, Phosphatases) domain / HAMP domain profile. / HAMP domain / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Helix Hairpins / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Sensor histidine kinase EnvZ / histidine kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Casino, P. / Miguel-Romero, L. / Marina, A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Visualizing autophosphorylation in histidine kinases.
著者: Casino, P. / Miguel-Romero, L. / Marina, A.
履歴
登録2013年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月19日Group: Database references
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Osmolarity sensor protein EnvZ, Histidine kinase
B: Osmolarity sensor protein EnvZ, Histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6258
ポリマ－51,7012
非ポリマー9256
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area20570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)163.686, 163.686, 130.093
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Osmolarity sensor protein EnvZ, Histidine kinase / Sensor histidine kinase


分子量: 25850.311 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: K12
遺伝子: envZ, ThemaDRAFT_0449, TM_0853, b3404, JW3367, ompB, perA, tpo
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEJ4, UniProt: Q9WZV7, histidine kinase

-
非ポリマー , 5種, 25分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.72 %
結晶化温度: 294 K / pH: 7.5
詳細: 2% PEG 1000, 2% PEG 4000, 0.03M sodium acetate, Hepes pH 7.5, ammonium sulfate 1.5M, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンDiamond I2410.9789
シンクロトロンESRF ID2920.97908
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2013年2月27日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2012年7月12日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1DOUBLE-CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2CHANNEL-CUT SILICONSADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97891
20.979081
反射解像度: 3→29.58 Å / Num. obs: 20516 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.074
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.939 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→29.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 27.484 / SU ML: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.462 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 1034 5 %RANDOM
Rwork0.194 ---
obs0.196 19482 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 106.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.38 Å2-1.38 Å2-0 Å2
2---1.38 Å2-0 Å2
3---4.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→29.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3366 0 54 19 3439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0193475
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023313
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2861.9854716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.75237612
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6195434
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.67224.051158
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.83415589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0011530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2530
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0213921
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.988.681742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9798.681741
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it7.66813.022174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.0319.5411733
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.382 75 -
Rwork0.318 1439 -
obs--98.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8708-0.00960.15250.0327-0.07011.0951-0.0341-0.01430.0744-0.02210.039-0.017-0.01370.0072-0.00490.0811-0.0447-0.03340.06210.05160.3075-40.901346.50574.6801
20.2269-0.0607-0.0971.85010.49420.4584-0.03870.0845-0.0162-0.26970.1122-0.0099-0.0255-0.0191-0.07340.1045-0.0382-0.02470.04830.03140.2182-50.385430.1971-15.988
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A231 - 1441
2X-RAY DIFFRACTION2B231 - 1439

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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