PDB-4kol: The structure of hemagglutinin from avian-origin H7N9 influenza virus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kol

タイトル

The structure of hemagglutinin from avian-origin H7N9 influenza virus

要素

Hemagglutinin HA1
Hemagglutinin HA2

キーワード

VIRAL PROTEIN / homotrimer / virus attachment and membrane fusion

機能・相同性

機能・相同性情報

clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.799 Å

データ登録者

Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Song, H. / Wu, Y. / Gao, F. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Gong, W. ...

引用

ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Structures and receptor binding of hemagglutinins from human-infecting H7N9 influenza viruses.
著者: Shi, Y. / Zhang, W. / Wang, F. / Qi, J. / Wu, Y. / Song, H. / Gao, F. / Bi, Y. / Zhang, Y. / Fan, Z. / Qin, C. / Sun, H. / Liu, J. / Haywood, J. / Liu, W. / Gong, W. / Wang, D. / Shu, Y. / ...

履歴

登録	2013年5月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kol_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kol_full_validation.pdf.gz	473.1 KB	表示
XML形式データ	4kol_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	4kol_validation.cif.gz	29.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/4kol ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/4kol	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4komC 4konC 4lcxC 4lkgC 4lkhC 4lkiC 4lkjC 4lkkC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4lki-1 6icw-1 6d8b-d 5vjl-1 4lkh-1 4lkg-2 4lkk-1 6icx-1 4lkg-1 6idd-2 4bsg-1 5vjk-1 4n5j-1 6twh-1 2viu-1 6d7u-d 6idb-1 3eyk-1 4bsb-1 5vjm-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#76 - 2006年4月赤血球凝集素 (Hemagglutinin) 類似性 (5) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (5) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (5) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (5) #200 - 2016年8月正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#76 - 2006年4月
赤血球凝集素 (Hemagglutinin)
類似性 (5)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (5)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (5)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (5)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (5)
#200 - 2016年8月
正二十面体型ウイルスの準対称性 (Quasisymmetry in Icosahedral Viruses)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Hemagglutinin HA1

B: Hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

54.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hemagglutinin HA1

B: Hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1

B: Hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1

B: Hemagglutinin HA2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.898, 116.898, 296.588
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-601- HOH
2	1	B-603- HOH
3	1	B-606- HOH

#1: タンパク質

Hemagglutinin HA1

分子量: 34195.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Anhui/1/2013 (H7N9) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastbac1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: V5IRU4*PLUS

#2: タンパク質

Hemagglutinin HA2

分子量: 19490.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Anhui/1/2013 (H7N9) / 遺伝子: HA / プラスミド: pFastbac1 / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: V5IRU3*PLUS

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 16% w/v PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月25日
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.799→50 Å / Num. obs: 19421 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射シェル	解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.799→39.085 Å / SU ML: 0.47 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2825	995	5.12 %	RANDOM
R_work	0.2304	-	-	-
all	0.233	19421	-	-
obs	0.233	19421	98.94 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.799→39.085 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3722	0	42	26	3790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	3842
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.554	5182
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.756	1423
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	562
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	684

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7992-2.9467	0.3813	155	0.3231	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9467-3.1313	0.3359	148	0.3063	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1313-3.3729	0.3302	149	0.2892	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3729-3.7121	0.3203	132	0.2525	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7121-4.2487	0.2845	158	0.2185	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2487-5.3507	0.2591	121	0.2005	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3507-39.0885	0.2399	132	0.2065	2683	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4058	-0.1356	0.3315	0.4799	-0.0163	0.7606	0.0435	-0.5312	-0.054	0.2837	0.0002	-0.0776	0.0309	0.2141	-0.0103	0.6132	0.0523	-0.1661	0.7556	-0.0043	0.2993	-43.4048	24.4749	37.9758
2	1.194	0.4443	-0.2912	1.2022	0.0447	0.9385	-0.0833	0.4558	0.0226	-0.2351	0.1932	-0.0104	0.0478	-0.1197	0.009	0.1839	-0.0371	0.0469	0.0346	-0.0457	0.2541	-54.6517	10.5463	-12.3427
3	2.0047	0.144	-1.2806	1.8495	0.0388	2.2057	-0.0937	0.2086	-0.3952	-0.3003	0.1082	-0.1048	0.2227	0.3596	-0.0804	0.5662	-0.1007	0.0622	0.5089	-0.0671	0.2795	-51.4157	6.1542	-29.8821
4	0.9101	0.1964	0.3341	0.5897	-0.0308	0.548	0.0924	0.5984	0.1886	-0.5279	0.3426	0.3095	-0.2188	0.013	0.3457	0.5561	-0.156	-0.0344	0.402	0.1171	0.3599	-61.5407	16.1956	-34.1706
5	0.2475	0.0843	0.1768	1.2961	-0.2514	0.2044	0.012	-0.0002	-0.0661	-0.1299	0.1093	-0.038	-0.0509	-0.0441	0.2948	0.7008	0.0442	0.1436	0.2957	0.2051	0.6392	-65.5758	25.7433	-31.1831
6	1.7491	0.6739	-0.5895	0.3721	0.226	2.1876	-0.0362	0.3877	0.1957	-0.3562	0.4339	0.2409	0.041	0.3357	0.1228	0.6279	-0.0798	0.0943	0.3525	0.0269	0.3345	-50.5517	20.6688	-28.1894
7	0.7441	-0.02	-0.1041	0.7616	-0.2219	0.4872	-0.1483	0.3116	0.1191	-0.4014	0.0988	0.5965	-0.0556	-0.1148	-0.0815	0.3285	-0.0786	-0.0871	0.243	0.0049	0.3491	-66.1717	14.1922	-21.3464
8	0.8019	0.0935	0.5154	2.5038	-0.7341	0.5788	0.019	-0.0189	-0.2142	0.3254	-0.0578	-0.2367	0.2868	-0.1199	-0.0479	0.1783	-0.0635	0.0212	0.0632	-0.0181	0.2132	-48.4657	8.142	4.6532
9	1.2376	-0.0342	0.1916	0.9523	0.168	1.6334	-0.1459	-0.5081	-0.3208	0.3293	0.0671	-0.1798	0.3356	-0.1235	-0.2119	0.192	-0.0251	-0.0523	0.239	-0.0357	0.128	-48.0311	21.7052	18.9279
10	5.0249	-0.8897	-2.6891	3.5039	1.3871	4.4201	-0.0743	-0.3016	0.3645	0.3236	-0.1338	-0.0771	-0.6685	-0.3585	-0.0167	1.2014	-0.0336	-0.257	1.3525	0.1287	0.4085	-42.6662	24.9755	50.5343
11	0.1516	-0.1267	0.0968	0.1104	-0.0812	0.0609	0.002	-0.3838	-0.2407	0.2939	-0.0579	-0.2399	0.1169	0.0867	-0.0884	1.2395	0.0129	-0.3496	1.0707	0.4984	0.5229	-46.6065	13.7119	55.421
12	0.6876	-0.0915	0.0194	0.8164	0.0503	0.3118	0.004	-0.3084	-0.1222	0.145	0.0132	0.1423	0.0691	-0.0807	-0.0815	0.8491	-0.1138	-0.1075	0.4975	0.1678	0.3198	-57.6219	16.5402	37.2266
13	1.6001	0.0152	0.7883	1.3881	-0.5739	0.7781	-0.0446	-0.5512	-0.2909	0.5641	0.0935	0.0284	0.3799	-0.2607	-0.1104	0.3367	-0.0465	-0.0065	0.4219	0.1682	0.4559	-60.0416	17.8537	10.5782
14	0.5555	-0.3169	-0.2659	0.1852	0.1047	0.4822	-0.0897	-0.0291	-0.1173	-0.1233	0.0064	-0.1805	0.1076	0.1246	-0.0899	0.3635	-0.0205	0.2679	0.2096	-0.0399	0.2077	-48.2789	23.1955	-7.7716
15	1.6436	0.0629	-0.1786	0.7757	-0.3637	0.5049	0.0252	-0.8196	-0.1252	0.451	0.0448	-0.1303	-0.2001	0.0733	-0.0839	0.2066	0.0626	-0.0531	0.0813	-0.0217	0.177	-53.6036	29.5125	25.8169
16	0.1155	0.1384	-0.1494	0.1497	-0.162	0.1757	0.0374	-0.3241	-0.0926	0.3838	-0.0484	0.0527	0.0218	0.0555	-0.1546	1.6585	0.1062	-0.169	1.3984	0.2569	0.3596	-55.2489	19.6845	65.341
17	2.2773	-1.4213	0.2397	3.6349	-0.3051	0.8341	-0.0847	-0.3929	0.357	0.3216	-0.0437	0.3484	-0.2211	-0.2806	-0.0146	1.304	0.0195	0.0364	1.2158	0.27	0.5578	-58.323	24.1311	76.4701

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 31 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 122 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 123 through 142 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 143 through 186 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 187 through 205 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 206 through 228 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 259 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 260 through 279 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 280 through 316 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 328 through 337 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 338 through 358 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 359 through 376 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 377 through 386 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 387 through 395 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 396 through 446 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 447 through 483 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 484 through 490 )

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お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

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新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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