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万見
- PDB-4knk: Crystal structure of Staphylococcus aureus hydrolase AmiA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4knk
タイトルCrystal structure of Staphylococcus aureus hydrolase AmiA
要素Bifunctional autolysin
キーワードHYDROLASE / peptidoglycan / autolysin / amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / amidase activity / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / GW domain / GW domain superfamily / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 ...Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / GW domain / GW domain superfamily / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / GW (Gly-Tryp) dipeptide domain / GW domain profile. / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / IMIDAZOLE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Bifunctional autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.124 Å
データ登録者Buettner, F.M. / Zoll, S. / Stehle, T.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure-function analysis of Staphylococcus aureus amidase reveals the determinants of peptidoglycan recognition and cleavage.
著者: Buttner, F.M. / Zoll, S. / Nega, M. / Gotz, F. / Stehle, T.
履歴
登録2013年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年12月3日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional autolysin
B: Bifunctional autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,25914
ポリマ－50,5322
非ポリマー72712
水9,638535
1
A: Bifunctional autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6387
ポリマ－25,2661
非ポリマー3726
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bifunctional autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6227
ポリマ－25,2661
非ポリマー3566
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.800, 81.680, 68.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-858-

HOH

21B-861-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Bifunctional autolysin / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / AmiA


分子量: 25265.828 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 198-421 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: atl, nag, SAOUHSC_00994 / プラスミド: pGEX-4T3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q2FZK7, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase, mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase

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非ポリマー , 7種, 547分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 535 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M racemic sodium/potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 12.5% w/v PEG1000, 12.5% ...詳細: 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, 0.02 M sodium formate, 0.02 M ammonium acetate, 0.02 M sodium citrate, 0.02 M racemic sodium/potassium tartrate, 0.02 M sodium oxamate, 12.5% w/v PEG1000, 12.5% w/v PEG3350, 12.5% w/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年12月9日
放射モノクロメーター: Bartels Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.12→48.164 Å / Num. all: 158107 / Num. obs: 146370 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 1.12→1.15 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 6937 / % possible all: 59.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
RemDAqデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LAT

3lat


解像度: 1.124→40.84 Å / SU ML: 0.07 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 12.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1389 7319 5 %RANDOM
Rwork0.1209 ---
obs0.1218 146365 92.9 %-
all-158366 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.124→40.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3285 0 41 535 3861
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093457
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3284718
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2071213
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008623
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.124-1.13680.25111140.25192167X-RAY DIFFRACTION44
1.1368-1.15020.2461910.21093632X-RAY DIFFRACTION72
1.1502-1.16420.21732020.17473836X-RAY DIFFRACTION78
1.1642-1.17890.18882160.15214108X-RAY DIFFRACTION83
1.1789-1.19440.17052280.15014333X-RAY DIFFRACTION87
1.1944-1.21080.16652300.14654358X-RAY DIFFRACTION88
1.2108-1.22810.16062330.13354435X-RAY DIFFRACTION89
1.2281-1.24640.16862340.1264451X-RAY DIFFRACTION90
1.2464-1.26590.15072450.12694649X-RAY DIFFRACTION93
1.2659-1.28670.14172440.12224636X-RAY DIFFRACTION94
1.2867-1.30880.15992470.11784690X-RAY DIFFRACTION95
1.3088-1.33270.1372510.11254769X-RAY DIFFRACTION96
1.3327-1.35830.14262510.11064765X-RAY DIFFRACTION96
1.3583-1.3860.14842530.10724816X-RAY DIFFRACTION96
1.386-1.41610.14442510.10574770X-RAY DIFFRACTION97
1.4161-1.44910.15962570.09874878X-RAY DIFFRACTION98
1.4491-1.48530.13252570.09444877X-RAY DIFFRACTION98
1.4853-1.52550.1222600.09544942X-RAY DIFFRACTION99
1.5255-1.57040.11742610.08854955X-RAY DIFFRACTION99
1.5704-1.62110.11462600.08834946X-RAY DIFFRACTION99
1.6211-1.6790.10922610.09254968X-RAY DIFFRACTION100
1.679-1.74620.12232620.10324966X-RAY DIFFRACTION100
1.7462-1.82570.13732630.10634998X-RAY DIFFRACTION100
1.8257-1.9220.13392620.10814986X-RAY DIFFRACTION100
1.922-2.04240.12142640.10945005X-RAY DIFFRACTION100
2.0424-2.20010.12632610.10944963X-RAY DIFFRACTION100
2.2001-2.42140.12822650.12285025X-RAY DIFFRACTION100
2.4214-2.77180.14312630.13535002X-RAY DIFFRACTION100
2.7718-3.49180.13862640.13525022X-RAY DIFFRACTION100
3.4918-40.8670.13982690.13335098X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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