PDB-4kk7: Structure of EccB1 from the type VII (ESX-1) secretion system of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kk7

タイトル

Structure of EccB1 from the type VII (ESX-1) secretion system of Mycobacterium tuberculosis.

要素

ESX-1 secretion system protein eccB1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / DUF690 / SNM6 / ESX-1 / protein secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Korotkov, K.V. / Evans, T.J.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of EccB1 and EccD1 from the core complex of the mycobacterial ESX-1 type VII secretion system.
著者: Wagner, J.M. / Chan, S. / Evans, T.J. / Kahng, S. / Kim, J. / Arbing, M.A. / Eisenberg, D. / Korotkov, K.V.

履歴

登録	2013年5月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年6月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kk7.cif.gz	161.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kk7.ent.gz	132.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4kk7_validation.pdf.gz	442 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kk7_full_validation.pdf.gz	441.7 KB	表示
XML形式データ	4kk7_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	4kk7_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/4kk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kv2C 4kv3C 5cyuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5cyu-d 4hzd-d 1ab4-d 6ds0-d 7c7z-1 5yti-d 6aw2-d 3zng-1 1f1z-d 1ssq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: ESX-1 secretion system protein eccB1

ヘテロ分子

42.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.700, 110.630, 110.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	ESX-1 secretion system protein eccB1 / EccB1 (Rv3869) 分子量: 41829.488 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-463 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: H37Rv / 遺伝子: Rv3869, RVBD_3869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: I6Y4Q7
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4 詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 5.6, 15% PEG2000 MME, 0.01M NI CHLORIDE, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	22-ID	1	1
シンクロトロン	APS	22-ID	2	1.5

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2012年4月15日
MARMOSAIC 300 mm CCD	2	CCD	2012年4月15日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	1.5	1

Reflection

数: 129213 / R_merge(I) obs: 0.13 / D res high: 2.7 Å / Num. obs: 20752 / % possible obs: 99.5

Diffraction reflection shell

最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.77 Å / Num. obs: 1444 / % possible obs: 94 % / R_merge(I) obs: 0.742

反射

解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 42744 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 33.825 Å² / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.2

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	% possible all
1.68-1.72		0.99	1.16	7958	2785	85.4
1.72-1.77		0.8	1.59	9675	3008	92.1
1.77-1.82		0.668	2.16	11383	2980	96.1
1.82-1.88		0.507	3.27	14746	3006	97.5
1.88-1.94		0.362	4.61	13875	2821	97.2
1.94-2.01		0.26	6.15	14072	2809	97.2
2.01-2.08		0.186	8.27	13257	2680	96.5
2.08-2.17		0.143	10.38	13010	2566	96.4
2.17-2.27		0.121	12.1	12246	2467	95.9
2.27-2.38		0.104	13.92	11820	2326	95.7
2.38-2.5		0.083	16.88	11433	2235	94.8
2.5-2.66		0.068	19.19	10808	2135	95.2
2.66-2.84		0.055	22.84	9982	1961	94.1
2.84-3.07		0.046	27.18	9286	1825	93.6
3.07-3.36		0.037	32.34	8578	1696	93.2
3.36-3.76		0.033	35.37	7529	1522	92.4
3.76-4.34		0.029	39.18	6742	1363	92.3
4.34-5.31		0.027	41.65	5798	1163	90.4
5.31-7.51		0.028	40.92	4393	885	89.3
	7.51	0.023	41.72	2336	511	85

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
SHARP		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
SERGUI		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.68→49.48 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / WR_factor R_free: 0.2106 / WR_factor R_work: 0.1711 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8751 / SU B: 3.919 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1053 / SU R_free: 0.1053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	2118	5 %	RANDOM
R_work	0.1768	-	-	-
obs	0.1786	40651	94.18 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 77.65 Å² / B_iso mean: 30.0072 Å² / B_iso min: 15.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→49.48 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2870	0	18	347	3235

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	2965
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2835
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.347	1.988	4065
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.758	3.001	6551
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.46	5	384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.893	24.272	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.674	15	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.114	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	479
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.035	1.869	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.035	1.868	1538
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.678	2.8	1922

LS精密化シェル

解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	141	-
R_work	0.288	2637	-
all	-	2778	-
obs	-	-	85.19 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3341	0.0305	0.5491	1.7583	-1.922	4.6246	-0.0036	-0.0236	0.015	0.254	-0.0335	-0.0222	0.1168	-0.0208	0.0371	0.1504	-0.0082	-0.0194	0.0165	0.0041	0.0483	23.646	6.184	113.184
2	1.4854	0.201	0.2197	1.4673	-0.6051	1.0539	-0.0277	-0.0427	0.1279	0.0584	0.0305	-0.0113	-0.146	-0.0314	-0.0027	0.0251	0.0094	0.0079	0.0595	-0.0138	0.0683	7.223	34.625	85.707
3	0.7303	-1.0713	0.9772	2.2602	-1.4107	3.4477	0.0587	0.1096	0.1205	-0.1997	-0.155	-0.135	-0.0809	0.1161	0.0963	0.0363	0.0059	0.0164	0.0703	0.0087	0.0793	15.632	41.997	73.847
4	2.2518	-0.3499	-1.2401	1.8451	0.7388	4.7644	-0.0485	-0.019	-0.0999	0.1034	0.0012	0.0728	0.1454	0.0466	0.0472	0.0834	0.0094	0.0135	0.043	-0.0043	0.039	12.104	38.434	47.918
5	1.835	-0.0461	-1.3934	6.8829	0.6087	3.8639	-0.2178	0.4307	-0.2694	-0.5109	0.0384	0.3802	0.3665	-0.4128	0.1794	0.1548	-0.0486	0.0113	0.1141	-0.0613	0.067	9.002	37.206	41.419
6	0.4919	-0.1131	-0.0423	0.9971	-0.2447	0.9894	0.0294	0.0791	-0.001	-0.1426	0.0338	0.0437	0.0506	-0.0655	-0.0632	0.05	-0.0042	-0.0159	0.1044	-0.0115	0.1056	7.398	31.124	76.728
7	16.5112	0.1242	1.9656	4.0426	-0.5133	3.2577	-0.1295	-1.1099	0.6223	0.1965	-0.0212	-0.1583	-0.0718	-0.0237	0.1507	0.0511	0.0135	0.0026	0.158	-0.0478	0.039	12.059	30.552	98.802
8	0.9745	0.1738	-0.2047	1.5779	-0.6283	1.9444	-0.0063	-0.0876	-0.1454	0.0853	-0.0031	-0.0389	0.122	0.0516	0.0095	0.0301	0.0011	-0.0078	0.0682	0.0089	0.0818	23.536	16.344	92.938

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	74 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	145 - 185
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	186 - 242
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	243 - 301
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	302 - 321
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	322 - 372
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	373 - 389
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	390 - 458

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)