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万見
- PDB-4kk7: Structure of EccB1 from the type VII (ESX-1) secretion system of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kk7
タイトルStructure of EccB1 from the type VII (ESX-1) secretion system of Mycobacterium tuberculosis.
要素ESX-1 secretion system protein eccB1
キーワードPROTEIN TRANSPORT / DUF690 / SNM6 / ESX-1 / protein secretion
機能・相同性
機能・相同性情報


Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / TTHA1013/TTHA0281-like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / :
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Korotkov, K.V. / Evans, T.J.
引用ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structures of EccB1 and EccD1 from the core complex of the mycobacterial ESX-1 type VII secretion system.
著者: Wagner, J.M. / Chan, S. / Evans, T.J. / Kahng, S. / Kim, J. / Arbing, M.A. / Eisenberg, D. / Korotkov, K.V.
履歴
登録2013年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESX-1 secretion system protein eccB1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2787
ポリマ－41,8291
非ポリマー4496
水6,251347
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.700, 110.630, 110.510
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ESX-1 secretion system protein eccB1 / EccB1 (Rv3869)


分子量: 41829.488 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 72-463 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv3869, RVBD_3869 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: I6Y4Q7
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 347 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.4
詳細: 0.1M TRIS-HCL PH 5.6, 15% PEG2000 MME, 0.01M NI CHLORIDE, vapor diffusion, sitting drop, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 22-ID11
シンクロトロンAPS 22-ID21.5
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2012年4月15日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2012年4月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
21.51
Reflection数: 129213 / Rmerge(I) obs: 0.13 / D res high: 2.7 Å / Num. obs: 20752 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.77 Å / Num. obs: 1444 / % possible obs: 94 % / Rmerge(I) obs: 0.742
反射解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 42744 / % possible obs: 94.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 33.825 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.68-1.720.991.167958278585.4
1.72-1.770.81.599675300892.1
1.77-1.820.6682.1611383298096.1
1.82-1.880.5073.2714746300697.5
1.88-1.940.3624.6113875282197.2
1.94-2.010.266.1514072280997.2
2.01-2.080.1868.2713257268096.5
2.08-2.170.14310.3813010256696.4
2.17-2.270.12112.112246246795.9
2.27-2.380.10413.9211820232695.7
2.38-2.50.08316.8811433223594.8
2.5-2.660.06819.1910808213595.2
2.66-2.840.05522.849982196194.1
2.84-3.070.04627.189286182593.6
3.07-3.360.03732.348578169693.2
3.36-3.760.03335.377529152292.4
3.76-4.340.02939.186742136392.3
4.34-5.310.02741.655798116390.4
5.31-7.510.02840.92439388589.3
7.510.02341.72233651185

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.68→49.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.2106 / WRfactor Rwork: 0.1711 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8751 / SU B: 3.919 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.1053 / SU Rfree: 0.1053 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.105 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 2118 5 %RANDOM
Rwork0.1768 ---
obs0.1786 40651 94.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 77.65 Å2 / Biso mean: 30.0072 Å2 / Biso min: 15.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20 Å20 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2870 0 18 347 3235
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0192965
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3471.9884065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7583.0016551
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.465384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.89324.272103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.67415440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1141515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.2479
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213324
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0351.8691540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0351.8681538
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6782.81922
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 141 -
Rwork0.288 2637 -
all-2778 -
obs--85.19 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33410.03050.54911.7583-1.9224.6246-0.0036-0.02360.0150.254-0.0335-0.02220.1168-0.02080.03710.1504-0.0082-0.01940.01650.00410.048323.6466.184113.184
21.48540.2010.21971.4673-0.60511.0539-0.0277-0.04270.12790.05840.0305-0.0113-0.146-0.0314-0.00270.02510.00940.00790.0595-0.01380.06837.22334.62585.707
30.7303-1.07130.97722.2602-1.41073.44770.05870.10960.1205-0.1997-0.155-0.135-0.08090.11610.09630.03630.00590.01640.07030.00870.079315.63241.99773.847
42.2518-0.3499-1.24011.84510.73884.7644-0.0485-0.019-0.09990.10340.00120.07280.14540.04660.04720.08340.00940.01350.043-0.00430.03912.10438.43447.918
51.835-0.0461-1.39346.88290.60873.8639-0.21780.4307-0.2694-0.51090.03840.38020.3665-0.41280.17940.1548-0.04860.01130.1141-0.06130.0679.00237.20641.419
60.4919-0.1131-0.04230.9971-0.24470.98940.02940.0791-0.001-0.14260.03380.04370.0506-0.0655-0.06320.05-0.0042-0.01590.1044-0.01150.10567.39831.12476.728
716.51120.12421.96564.0426-0.51333.2577-0.1295-1.10990.62230.1965-0.0212-0.1583-0.0718-0.02370.15070.05110.01350.00260.158-0.04780.03912.05930.55298.802
80.97450.1738-0.20471.5779-0.62831.9444-0.0063-0.0876-0.14540.0853-0.0031-0.03890.1220.05160.00950.03010.0011-0.00780.06820.00890.081823.53616.34492.938
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A74 - 144
2X-RAY DIFFRACTION2A145 - 185
3X-RAY DIFFRACTION3A186 - 242
4X-RAY DIFFRACTION4A243 - 301
5X-RAY DIFFRACTION5A302 - 321
6X-RAY DIFFRACTION6A322 - 372
7X-RAY DIFFRACTION7A373 - 389
8X-RAY DIFFRACTION8A390 - 458

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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