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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kjt | ||||||
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タイトル | Structure of the L100F MUTANT OF DEHALOPEROXIDASE-HEMOGLOBIN A FROM AMPHITRITE ORNATA WITH OXYGEN | ||||||
![]() | Dehaloperoxidase A | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / GLOBIN / OXYGEN STORAGE / PEROXIDASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, C. / Lovelace, L. / Lebioda, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Influence of heme environment structure on dioxygen affinity for the dual function Amphitrite ornata hemoglobin/dehaloperoxidase. Insights into the evolutional structure-function adaptations. 著者: Sun, S. / Sono, M. / Wang, C. / Du, J. / Lebioda, L. / Dawson, J.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 144.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1ewaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 137 / Label seq-ID: 1 - 137
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 15582.612 Da / 分子数: 2 / 変異: L100F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 361分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-OXY / | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.85 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 28-32% PEG4K, .2M ammonium sulfate, .02M sodium cacodylate, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月9日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.44→50 Å / Num. all: 50814 / Num. obs: 49939 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 2.442 / Net I/σ(I): 15 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EWA 解像度: 1.44→48.05 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / WRfactor Rfree: 0.1803 / WRfactor Rwork: 0.1328 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9048 / SU B: 2.07 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.0653 / SU Rfree: 0.0626 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.065 / ESU R Free: 0.063 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 109.9 Å2 / Biso mean: 20.5499 Å2 / Biso min: 8.31 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.44→48.05 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / 数: 7285 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.15 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.438→1.475 Å / Total num. of bins used: 20
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