PDB-4kh4: Toxoplasma gondii NTPDase1 C258S/C268S in complex with Mg and AMPPNP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kh4

タイトル

Toxoplasma gondii NTPDase1 C258S/C268S in complex with Mg and AMPPNP

要素

Nucleoside-triphosphatase 2

キーワード

HYDROLASE / Actin-like fold / NTPDase

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-containing vacuole / nucleoside diphosphate catabolic process / nucleoside diphosphate phosphatase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / Refined with Refmac, PDB-ID 4A5B / 解像度: 3 Å

データ登録者

Krug, U. / Totzauer, R. / Strater, N.

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2013
タイトル: The ATP/ADP substrate specificity switch between Toxoplasma gondii NTPDase1 and NTPDase3 is caused by an altered mode of binding of the substrate base.
著者: Krug, U. / Totzauer, R. / Zebisch, M. / Strater, N.

履歴

登録	2013年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Structure summary
改定 1.2	2014年8月20日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月15日	Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kh4.cif.gz	472.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kh4.ent.gz	387.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kh4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kh5C 4kh6C 4a57 4a59 4a5a 4a5b 4jep C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4a5a-2 4a5a-1 4kh6-1 4kh5-1 1ekm-d 3t0u-d 4ley-d 22777 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#108 - 2008年12月
Hsp90 (Hsp90)
類似性 (1)
#168 - 2013年12月
DNAヘリカーゼ (DNA Helicase)
類似性 (1)
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インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)
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キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
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リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
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解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes)
類似性 (1)
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ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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AAA+プロテアーゼ (AAA+ Proteases)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

ヘテロ分子

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

ヘテロ分子

A: Nucleoside-triphosphatase 2

B: Nucleoside-triphosphatase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
274 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.156, 148.267, 242.176
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Nucleoside-triphosphatase 2 / NTPase-II / Nucleoside triphosphate hydrolase 2 / Nucleoside-triphosphatase II 分子量: 68044.078 Da / 分子数: 2 / 変異: C258S, C268S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 遺伝子: NTP1 / プラスミド: pET20b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLysS 参照: UniProt: Q27895, nucleoside-triphosphate phosphatase
#2: 化合物	ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP 分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₂P₃ コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: 100 mM Tris (pH 8.2), 50 mM MgCl2, 23% (v/v) pentaerythritol propoxylate (17/8 PO/OH), 10 mM AMPNP, 10 mM magnesium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→39.12 Å / Num. obs: 27204 / % possible obs: 99.8 % / B_iso Wilson estimate: 74 Å²
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345		データ収集
BUSTER	2.10.0	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法: Refined with Refmac, PDB-ID 4A5B / 解像度: 3→38.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.8953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8676 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: AN ADDITIONAL ALTERNATIVE CONFORMATION OF THE ADENINE BASE OF AMPPNP APPEARS POSSIBLE BASED ON THE 3.0 A ELECTRON DENSITY MAPS. THE DENSITY SUGGESTS THAT AMPPNP WITH AN OCCUPANCY OF 0.8 ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2308	1364	5.02 %	RANDOM
R_work	0.2024	-	-	-
obs	0.2039	27166	99.78 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.2143 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	11.7361 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.5218 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.449 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→38.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9249	0	46	0	9295

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.007	9522	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.96	12917	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3363	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		252	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1399	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		9522	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	1.8
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.02
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1227	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10521	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3→3.11 Å / Total num. of bins used: 14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2856	141	5.03 %
R_work	0.2481	2663	-
all	0.25	2804	-
obs	-	-	99.78 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7209	0.7584	-0.9003	0.4466	-0.779	0.416	0.0019	0.0347	-0.0189	0.0087	-0.0117	-0.009	0.0082	-0.0039	0.0097	-0.084	-0.0898	-0.0076	0.124	-0.0455	0.0417	-7.2104	-27.8578	-92.2086
2	0.9654	0.054	-0.1435	1.1827	-0.341	3.3161	-0.0499	-0.0563	-0.2129	0.0301	-0.0148	0.0134	0.1287	-0.0089	0.0648	-0.1	0.0013	0.0235	-0.0526	0.0188	-0.0405	-12.2721	-27.3058	-45.2929
3	0.0141	0.2939	0.5982	0	1.1011	0.0035	-0.0003	-0.0023	0.0164	-0.0139	0.0092	0.0305	-0.0388	-0.0331	-0.0089	-0.0485	0.1436	0.011	0.0238	-0.0566	0.0424	-23.1848	0.9602	-61.5915
4	1.6814	1.2809	-0.3367	2.5665	-0.3918	1.2612	0.0418	-0.0127	0.3924	0.3664	0.1344	0.4924	-0.0863	-0.1804	-0.1762	-0.094	0.1486	0.1475	-0.0573	0.0448	-0.0797	-35.806	-19.101	-31.938
5	0	0.5266	-2.0253	0.4181	-0.0018	1.0068	0.0015	-0.0415	-0.0102	0.0518	-0.0431	0.0183	-0.0281	-0.0272	0.0416	0.2201	0.0217	0.0754	-0.0463	-0.066	-0.0986	-18.7006	-17.6496	-14.2689
6	0.355	-0.4235	1.2805	0.133	0.3306	1.0211	-0.0085	0.0049	0.0072	0.0069	-0.0097	-0.0087	-0.0138	0.0513	0.0182	-0.0055	-0.1362	-0.004	0.0704	-0.0457	-0.0218	28.7254	14.4013	-73.7238
7	2.6517	-0.2161	-0.7921	1.8055	0.2538	1.3404	-0.0546	-0.0323	0.0186	0.0294	0.0688	-0.0318	-0.5344	0.049	-0.0142	0.1198	0.074	0.0192	-0.1275	-0.0264	-0.219	-4.5737	14.6399	-41.5344
8	0.9885	0.0687	-0.9447	0.1427	0.0632	0	-0.0046	-0.0392	0.0092	0.0104	0.0019	-0.0123	0.0304	0.0164	0.0027	-0.0259	0.0072	-0.0111	0.0086	-0.0153	0.0741	15.0728	-13.3297	-43.0293
9	0.7093	-0.2374	-0.178	1.4371	0.3681	2.3214	-0.0204	-0.1418	-0.135	0.4831	0.0764	-0.187	-0.2395	0.2439	-0.0561	0.3032	0.0163	0.0379	-0.1786	0.0102	-0.3006	-0.1712	7.0435	-14.6153
10	0.0678	-0.555	-2.0887	0.7931	0.7903	0.9008	0.0031	-0.0026	-0.0056	0.047	-0.005	-0.0153	-0.0127	-0.0249	0.0019	0.2061	0.0803	0.1465	-0.0666	-0.0784	-0.0594	-24.8601	5.0731	-17.1824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|35 - A\|58}	A	35 - 58
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|59 - A\|256 A\|586 - A\|629}	A	59 - 256
3	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|59 - A\|256 A\|586 - A\|629}	A	586 - 629
4	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|257 - A\|268}	A	257 - 268
5	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|269 - A\|394 A\|425 - A\|585}	A	269 - 394
6	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|269 - A\|394 A\|425 - A\|585}	A	425 - 585
7	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|395 - A\|424}	A	395 - 424
8	X-RAY DIFFRACTION	6	{B\|37 - B\|58}	B	37 - 58
9	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|59 - B\|256 B\|586 - B\|629}	B	59 - 256
10	X-RAY DIFFRACTION	7	{B\|59 - B\|256 B\|586 - B\|629}	B	586 - 629
11	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|257 - B\|268}	B	257 - 268
12	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|269 - B\|394 B\|425 - B\|585}	B	269 - 394
13	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|269 - B\|394 B\|425 - B\|585}	B	425 - 585
14	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|395 - B\|424}	B	395 - 424

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