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- PDB-3t0u: Hansenula polymorpha copper amine oxidase-1 in complex with Cu(I) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3t0u
タイトルHansenula polymorpha copper amine oxidase-1 in complex with Cu(I)
要素Peroxisomal primary amine oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / peroxisome
機能・相同性
機能・相同性情報


primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / peroxisome / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 ...Copper amine oxidase, N3-terminal / Copper amine oxidase, N2-terminal / Copper amine oxidase, N2 domain / Copper amine oxidase, N3 domain / Copper amine oxidase, catalytic domain / : / Copper amine oxidase copper-binding site signature. / : / Copper amine oxidase topaquinone signature. / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #40 / Copper amine oxidase / Copper amine oxidase, catalytic domain / Copper amine oxidase, N-terminal / Copper amine oxidase, catalytic domain superfamily / Copper amine oxidase, enzyme domain / Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Distorted Sandwich / Roll / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (I) ION / PHOSPHATE ION / Peroxisomal primary amine oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia angusta (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Klema, V.J. / Wilmot, C.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2012
タイトル: The precursor form of Hansenula polymorpha copper amine oxidase 1 in complex with CuI and CoII.
著者: Klema, V.J. / Johnson, B.J. / Klinman, J.P. / Wilmot, C.M.
履歴
登録2011年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年1月23日Group: Database references
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisomal primary amine oxidase
B: Peroxisomal primary amine oxidase
C: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,93326
ポリマ－232,8983
非ポリマー2,03523
水49,2892736
1
A: Peroxisomal primary amine oxidase
B: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,50016
ポリマ－155,2652
非ポリマー1,23514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17530 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area44980 Å2
手法PISA
2
C: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子

C: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,86620
ポリマ－155,2652
非ポリマー1,60118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area19480 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area44150 Å2
手法PISA
3
A: Peroxisomal primary amine oxidase
B: Peroxisomal primary amine oxidase
C: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子

A: Peroxisomal primary amine oxidase
B: Peroxisomal primary amine oxidase
C: Peroxisomal primary amine oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)469,86652
ポリマ－465,7966
非ポリマー4,07146
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area61140 Å2
ΔGint-346 kcal/mol
Surface area127510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.447, 153.673, 223.476
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1241-

HOH

21A-1310-

HOH

31A-1550-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisomal primary amine oxidase / Copper amine oxidase / Methylamine oxidase


分子量: 77632.617 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia angusta (菌類) / 遺伝子: AMO / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P12807, primary-amine oxidase
#2: 化合物 ChemComp-CU1 / COPPER (I) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.15 %
結晶化温度: 298 K / pH: 6
詳細: 8% PEG 8000, 0.28 M potassium phosphate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97864
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月15日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97864 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 187095 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.1 % / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 17.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / Rsym value: 0.448 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→49.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.613 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.106 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 9388 5 %RANDOM
Rwork0.125 ---
obs0.127 177631 99.9 %-
all-177827 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å2-0 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15716 0 122 2736 18574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02216549
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3611.95822562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.82652078
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.91323.765773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.993152646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.4815103
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2830.22397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02112881
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4581.510104
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.333216451
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.88836445
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9314.56064
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 664 -
Rwork0.175 12933 -
obs--99.02 %
精密化 TLS

T11: 0.0086 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.026-0.0009-0.01730.06140.0270.06670.0121-0.00090.002-0.011-0.00760.0003-0.0192-0.0104-0.00450.00210.00190.00370.00270.00561.267970.96128.8721
20.02950.01920.00950.13720.04440.0232-0.0020.0014-0.0081-0.02750.0066-0.0244-0.0084-0.0037-0.0046-0.00520.00520.0091-0.00440.006915.286142.660715.3666
30.0398-0.004-0.02940.007-0.00840.0914-0.01550.0097-0.00450.00040.0034-0.00490.0214-0.0090.0122-0.00490.00540.007-0.0080.0133-1.2264-3.591938.8191
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 672
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 691
3X-RAY DIFFRACTION3C16 - 691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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