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Yorodumi- PDB-4kgz: The R state structure of E. coli ATCase with UTP and Magnesium bound -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4kgz | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The R state structure of E. coli ATCase with UTP and Magnesium bound | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / competing pathway product activation / allostery | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationAspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.4 Å | ||||||
Authors | Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013Title: New Paradigm for Allosteric Regulation of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase. Authors: Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Truong, J.K. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4kgz.cif.gz | 376.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4kgz.ent.gz | 311.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4kgz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4kgz_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4kgz_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | Display | |
| Data in XML | 4kgz_validation.xml.gz | 37.3 KB | Display | |
| Data in CIF | 4kgz_validation.cif.gz | 52.5 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgz | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4kgvC ![]() 4kgxC ![]() 4kh0C ![]() 4kh1C ![]() 1d09S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
| #1: Protein | Mass: 34337.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 17143.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
|---|
-Non-polymers , 5 types, 349 molecules 








| #3: Chemical | | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-UTP / #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.2 Å3/Da / Density % sol: 61.61 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microdialysis / pH: 5.9 Details: 50 mM maleic acid, 1 mM PALA, 3 mM sodium azide, pH 5.9, Microdialysis, temperature 293K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS / Beamline: X29A / Wavelength: 1.075 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jan 31, 2012 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.075 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 2.4→50 Å / Num. all: 52389 / Num. obs: 52389 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 24.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: PDB entry 1D09 Resolution: 2.4→49.779 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.64 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / Phase error: 21.36 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 56.8684 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→49.779 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
Movie
Controller
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X-RAY DIFFRACTION
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