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- PDB-4kgz: The R state structure of E. coli ATCase with UTP and Magnesium bound -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgz
タイトルThe R state structure of E. coli ATCase with UTP and Magnesium bound
要素
  • Aspartate carbamoyltransferase
  • Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
キーワードTRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / competing pathway product activation / allostery
機能・相同性
機能・相同性情報


Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / : / :
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Kantrowitz, E.R.
引用ジャーナル: Biochemistry / : 2013
タイトル: New Paradigm for Allosteric Regulation of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase.
著者: Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Truong, J.K. / Kantrowitz, E.R.
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,58814
ポリマ-102,9614
非ポリマー2,62610
6,107339
1
A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase
B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
C: Aspartate carbamoyltransferase
D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)316,76342
ポリマ-308,88412
非ポリマー7,87930
21612
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area39500 Å2
ΔGint-196 kcal/mol
Surface area99510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.378, 121.378, 155.135
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-586-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase


分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: pyrB, EKO11_4066, KO11_22860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y328, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質 Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain


分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: pyrI, EKO11_4067, KO11_22855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y329, aspartate carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#3: 化合物 ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / PALA


分子量: 255.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H10NO8P
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#5: 化合物
ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP


分子量: 484.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C9H15N2O15P3 / コメント: UTP*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.9
詳細: 50 mM maleic acid, 1 mM PALA, 3 mM sodium azide, pH 5.9, Microdialysis, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月31日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 52389 / Num. obs: 52389 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.4-2.4921.20.6831100
2.49-2.5921.50.4881100
2.59-2.721.80.3711100
2.7-2.85220.2681100
2.85-3.0222.20.1951100
3.02-3.2622.20.1391100
3.26-3.5822.20.1051100
3.58-4.123.60.1161100
4.1-5.1732.30.1311100
5.17-5031.20.07199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1D09
解像度: 2.4→49.779 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.64 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 2671 5.1 %
Rwork0.1646 --
obs0.1665 52382 99.98 %
all-52382 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 56.8684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7074 0 152 339 7565
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017370
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06810036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.522769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0711153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051281
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.44090.31691250.23092592X-RAY DIFFRACTION100
2.4409-2.48780.28231470.20962564X-RAY DIFFRACTION100
2.4878-2.53860.22831310.19152582X-RAY DIFFRACTION100
2.5386-2.59380.27281640.18942562X-RAY DIFFRACTION100
2.5938-2.65410.26831310.1892597X-RAY DIFFRACTION100
2.6541-2.72050.23381620.18022573X-RAY DIFFRACTION100
2.7205-2.7940.23321330.17712584X-RAY DIFFRACTION100
2.794-2.87620.26591350.18372606X-RAY DIFFRACTION100
2.8762-2.96910.25421430.18942599X-RAY DIFFRACTION100
2.9691-3.07520.26181510.1822593X-RAY DIFFRACTION100
3.0752-3.19830.21441240.17882601X-RAY DIFFRACTION100
3.1983-3.34380.22511240.18412636X-RAY DIFFRACTION100
3.3438-3.520.21761370.17492607X-RAY DIFFRACTION100
3.52-3.74050.21031270.15942633X-RAY DIFFRACTION100
3.7405-4.02920.18181270.15212633X-RAY DIFFRACTION100
4.0292-4.43450.16951450.13932632X-RAY DIFFRACTION100
4.4345-5.07560.15831500.13532644X-RAY DIFFRACTION100
5.0756-6.39260.23451680.17252675X-RAY DIFFRACTION100
6.3926-49.78970.15231470.15642798X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2805-0.0799-0.24460.26720.11980.1920.12420.25470.2094-0.34860.04960.1962-0.0356-0.09420.41840.29510.0278-0.13630.38360.14670.257141.275237.82371.0381
20.3433-0.0101-0.11040.21060.03310.15610.0953-0.01050.0679-0.09570.04660.1495-0.0162-0.025700.20080.03390.01330.23110.06210.247649.103542.927912.18
30.16050.1351-0.0260.16940.04620.34250.0003-0.0535-0.3288-0.0270.13160.3314-0.0063-0.09120.2560.183-0.0605-0.1310.35530.13360.498230.412826.748710.4609
40.0468-0.01220.0040.4181-0.05570.0352-0.0384-0.0305-0.0829-0.02020.22940.72120.0901-0.15080.05410.09360.0054-0.04390.43490.24430.660626.266430.554516.9728
50.28480.16710.13330.09330.09880.1585-0.087-0.2118-0.290.0476-0.21250.17990.078-0.2967-0.37080.1346-0.03040.14170.55660.35380.997220.642829.111419.6901
60.20380.178-0.39960.2078-0.4080.83770.061-0.2608-0.26920.1593-0.04250.5773-0.0880.2260.10920.16680.03640.00220.35890.14070.561734.004125.638321.5574
70.1750.1456-0.02120.5301-0.27490.1702-0.0873-0.4459-0.53480.36940.12980.408-0.1472-0.23020.0320.3007-0.11870.03030.47230.25820.75331.964917.765224.3782
80.1450.04790.00320.0390.05340.15430.0797-0.0452-0.4506-0.03830.08760.36150.31190.00950.06060.3391-0.0606-0.10840.27380.16750.711938.004715.808316.2035
90.31310.1182-0.07080.48940.01760.01690.11330.2762-0.2309-0.3367-0.00870.2-0.02810.02250.0026-0.07320.0071-0.43210.26060.00620.178941.722331.8745-0.015
100.1811-0.1370.07570.1249-0.03140.058-0.10670.0337-0.1214-0.0066-0.17960.1345-0.0877-0.0962-0.09330.34470.32860.00920.4866-0.04110.629418.33481.696526.6599
110.1023-0.00320.08230.1209-0.1090.22690.01910.11520.08870.0491-0.22880.2287-0.1418-0.164-0.05370.58240.25190.00830.5436-0.17580.512620.365273.100632.2954
120.219-0.1189-0.03810.2375-0.22730.3871-0.09220.14510.0548-0.2091-0.1297-0.00520.0075-0.3868-0.05550.52610.3085-0.06860.6761-0.15990.561518.352771.156922.5923
130.1128-0.0418-0.19030.16280.04890.3622-0.1271-0.08850.1863-0.2588-0.25170.15990.1387-0.1904-0.03540.30510.1598-0.04850.5157-0.09670.684324.759761.028222.3535
140.0210.01840.00990.11140.04120.0616-0.0774-0.33320.12580.1123-0.1094-0.00110.265-0.2876-0.00240.14740.02310.05790.5089-0.02580.478329.103250.895824.3171
150.0780.0660.01890.06630.00840.02520.1871-0.36910.32080.33140.00290.1631-0.3442-0.22330.00590.49770.00960.07270.4931-0.10780.336359.707461.082279.2995
160.0829-0.04450.01540.08020.02170.01420.0628-0.0302-0.19920.07610.0258-0.11110.1577-0.1214-0.00010.38510.00680.02350.3794-0.0090.193560.657843.745973.7064
170.1409-0.21890.09440.3236-0.14340.1285-0.0389-0.0660.2685-0.02790.00480.065-0.2805-0.079900.4082-0.0230.02950.373-0.01280.240958.506955.340966.8453
180.03680.0231-0.01780.0073-0.00610.0050.21220.08860.63140.0054-0.0263-0.0278-0.34910.0645-00.5725-0.06750.03750.4193-0.00070.475268.42769.419566.003
190.01560.02-0.0080.0477-0.0360.0243-0.18610.13450.484-0.51120.21420.0942-0.46490.17280.00020.7375-0.02680.06370.49880.12180.607569.469373.06457.9289
200.02170.0143-0.03020.0094-0.01620.03770.17540.14620.2566-0.16170.0328-0.1422-0.06630.03780.00010.5779-0.05690.08720.4849-0.00630.416973.433161.254958.2726
210.3285-0.3608-0.00950.7710.1990.11830.08870.26550.5141-0.34740.1412-0.51250.1649-0.0296-0.01060.6305-0.14750.16960.7807-0.03340.533580.657562.117655.1648
220.0911-0.05840.13980.0752-0.04860.1770.0094-0.11180.08630.13810.0031-0.2051-0.13370.0481-0.00010.4283-0.01180.05620.3831-0.05710.358373.394454.648771.77
230.13720.01490.0940.17460.11690.15-0.2807-0.1473-0.030.77860.09150.01040.17810.0354-0.00090.8250.25670.00130.5666-0.06540.421726.296778.679247.2052
241.61520.2209-0.96570.5497-0.2320.6053-0.20090.1018-0.00870.0045-0.3604-0.1834-0.6181-0.0041-0.52110.85140.1139-0.28920.39280.01430.368542.380670.862955.1242
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 53 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 54 through 134 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 135 through 166 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 167 through 195 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 196 through 219 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 220 through 236 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 237 through 261 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 262 through 284 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 285 through 310 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 10 through 19 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 20 through 67 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 68 through 89 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 90 through 114 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 115 through 153 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 32 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 33 through 79 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 80 through 166 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 167 through 187 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 188 through 218 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 219 through 236 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 237 through 261 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 262 through 310 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 11 through 87 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 88 through 153 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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