PDB-4kgz: The R state structure of E. coli ATCase with UTP and Magnesium bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kgz

タイトル

The R state structure of E. coli ATCase with UTP and Magnesium bound

要素

Aspartate carbamoyltransferase
Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

キーワード

TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / competing pathway product activation / allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Kantrowitz, E.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: New Paradigm for Allosteric Regulation of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase.
著者: Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Truong, J.K. / Kantrowitz, E.R.

履歴

登録	2013年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kgz.cif.gz	376.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kgz.ent.gz	311.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kgz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kgz_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kgz_full_validation.pdf.gz	2.3 MB	表示
XML形式データ	4kgz_validation.xml.gz	37.3 KB	表示
CIF形式データ	4kgz_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kgvC 4kgxC 4kh0C 4kh1C 1d09S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xjw-1 8atc-1 2ipo-1 1d09-1 1r0b-d 4kh1-1 1at1-1 1f1b-1 1tth-1 2at1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

106 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
317 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.378, 121.378, 155.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-586- HOH

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase 分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: pyrB, EKO11_4066, KO11_22860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y328, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain 分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: pyrI, EKO11_4067, KO11_22855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y329, aspartate carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 5種, 349分子

#3: 化合物	ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / PALA 分子量: 255.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀NO₈P
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-UTP / URIDINE 5'-TRIPHOSPHATE / UTP 分子量: 484.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₅N₂O₁₅P₃ / コメント: UTP*YM
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 339 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.61 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.9 詳細: 50 mM maleic acid, 1 mM PALA, 3 mM sodium azide, pH 5.9, Microdialysis, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月31日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal sagittal focusing monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 52389 / Num. obs: 52389 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 24.1 % / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.4-2.49	21.2	0.683	1	100
2.49-2.59	21.5	0.488	1	100
2.59-2.7	21.8	0.371	1	100
2.7-2.85	22	0.268	1	100
2.85-3.02	22.2	0.195	1	100
3.02-3.26	22.2	0.139	1	100
3.26-3.58	22.2	0.105	1	100
3.58-4.1	23.6	0.116	1	100
4.1-5.17	32.3	0.131	1	100
5.17-50	31.2	0.07	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1D09

1d09

解像度: 2.4→49.779 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.64 / SU ML: 0.24 / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2025	2671	5.1 %
R_work	0.1646	-	-
obs	0.1665	52382	99.98 %
all	-	52382	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.8684 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.779 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7074	0	152	339	7565

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7370
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.068	10036
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.52	2769
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1281

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4409	0.3169	125	0.2309	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4409-2.4878	0.2823	147	0.2096	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4878-2.5386	0.2283	131	0.1915	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5386-2.5938	0.2728	164	0.1894	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5938-2.6541	0.2683	131	0.189	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6541-2.7205	0.2338	162	0.1802	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7205-2.794	0.2332	133	0.1771	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
2.794-2.8762	0.2659	135	0.1837	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8762-2.9691	0.2542	143	0.1894	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9691-3.0752	0.2618	151	0.182	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0752-3.1983	0.2144	124	0.1788	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1983-3.3438	0.2251	124	0.1841	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3438-3.52	0.2176	137	0.1749	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.7405	0.2103	127	0.1594	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7405-4.0292	0.1818	127	0.1521	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0292-4.4345	0.1695	145	0.1393	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4345-5.0756	0.1583	150	0.1353	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0756-6.3926	0.2345	168	0.1725	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3926-49.7897	0.1523	147	0.1564	2798	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2805	-0.0799	-0.2446	0.2672	0.1198	0.192	0.1242	0.2547	0.2094	-0.3486	0.0496	0.1962	-0.0356	-0.0942	0.4184	0.2951	0.0278	-0.1363	0.3836	0.1467	0.2571	41.2752	37.8237	1.0381
2	0.3433	-0.0101	-0.1104	0.2106	0.0331	0.1561	0.0953	-0.0105	0.0679	-0.0957	0.0466	0.1495	-0.0162	-0.0257	0	0.2008	0.0339	0.0133	0.2311	0.0621	0.2476	49.1035	42.9279	12.18
3	0.1605	0.1351	-0.026	0.1694	0.0462	0.3425	0.0003	-0.0535	-0.3288	-0.027	0.1316	0.3314	-0.0063	-0.0912	0.256	0.183	-0.0605	-0.131	0.3553	0.1336	0.4982	30.4128	26.7487	10.4609
4	0.0468	-0.0122	0.004	0.4181	-0.0557	0.0352	-0.0384	-0.0305	-0.0829	-0.0202	0.2294	0.7212	0.0901	-0.1508	0.0541	0.0936	0.0054	-0.0439	0.4349	0.2443	0.6606	26.2664	30.5545	16.9728
5	0.2848	0.1671	0.1333	0.0933	0.0988	0.1585	-0.087	-0.2118	-0.29	0.0476	-0.2125	0.1799	0.078	-0.2967	-0.3708	0.1346	-0.0304	0.1417	0.5566	0.3538	0.9972	20.6428	29.1114	19.6901
6	0.2038	0.178	-0.3996	0.2078	-0.408	0.8377	0.061	-0.2608	-0.2692	0.1593	-0.0425	0.5773	-0.088	0.226	0.1092	0.1668	0.0364	0.0022	0.3589	0.1407	0.5617	34.0041	25.6383	21.5574
7	0.175	0.1456	-0.0212	0.5301	-0.2749	0.1702	-0.0873	-0.4459	-0.5348	0.3694	0.1298	0.408	-0.1472	-0.2302	0.032	0.3007	-0.1187	0.0303	0.4723	0.2582	0.753	31.9649	17.7652	24.3782
8	0.145	0.0479	0.0032	0.039	0.0534	0.1543	0.0797	-0.0452	-0.4506	-0.0383	0.0876	0.3615	0.3119	0.0095	0.0606	0.3391	-0.0606	-0.1084	0.2738	0.1675	0.7119	38.0047	15.8083	16.2035
9	0.3131	0.1182	-0.0708	0.4894	0.0176	0.0169	0.1133	0.2762	-0.2309	-0.3367	-0.0087	0.2	-0.0281	0.0225	0.0026	-0.0732	0.0071	-0.4321	0.2606	0.0062	0.1789	41.7223	31.8745	-0.015
10	0.1811	-0.137	0.0757	0.1249	-0.0314	0.058	-0.1067	0.0337	-0.1214	-0.0066	-0.1796	0.1345	-0.0877	-0.0962	-0.0933	0.3447	0.3286	0.0092	0.4866	-0.0411	0.6294	18.334	81.6965	26.6599
11	0.1023	-0.0032	0.0823	0.1209	-0.109	0.2269	0.0191	0.1152	0.0887	0.0491	-0.2288	0.2287	-0.1418	-0.164	-0.0537	0.5824	0.2519	0.0083	0.5436	-0.1758	0.5126	20.3652	73.1006	32.2954
12	0.219	-0.1189	-0.0381	0.2375	-0.2273	0.3871	-0.0922	0.1451	0.0548	-0.2091	-0.1297	-0.0052	0.0075	-0.3868	-0.0555	0.5261	0.3085	-0.0686	0.6761	-0.1599	0.5615	18.3527	71.1569	22.5923
13	0.1128	-0.0418	-0.1903	0.1628	0.0489	0.3622	-0.1271	-0.0885	0.1863	-0.2588	-0.2517	0.1599	0.1387	-0.1904	-0.0354	0.3051	0.1598	-0.0485	0.5157	-0.0967	0.6843	24.7597	61.0282	22.3535
14	0.021	0.0184	0.0099	0.1114	0.0412	0.0616	-0.0774	-0.3332	0.1258	0.1123	-0.1094	-0.0011	0.265	-0.2876	-0.0024	0.1474	0.0231	0.0579	0.5089	-0.0258	0.4783	29.1032	50.8958	24.3171
15	0.078	0.066	0.0189	0.0663	0.0084	0.0252	0.1871	-0.3691	0.3208	0.3314	0.0029	0.1631	-0.3442	-0.2233	0.0059	0.4977	0.0096	0.0727	0.4931	-0.1078	0.3363	59.7074	61.0822	79.2995
16	0.0829	-0.0445	0.0154	0.0802	0.0217	0.0142	0.0628	-0.0302	-0.1992	0.0761	0.0258	-0.1111	0.1577	-0.1214	-0.0001	0.3851	0.0068	0.0235	0.3794	-0.009	0.1935	60.6578	43.7459	73.7064
17	0.1409	-0.2189	0.0944	0.3236	-0.1434	0.1285	-0.0389	-0.066	0.2685	-0.0279	0.0048	0.065	-0.2805	-0.0799	0	0.4082	-0.023	0.0295	0.373	-0.0128	0.2409	58.5069	55.3409	66.8453
18	0.0368	0.0231	-0.0178	0.0073	-0.0061	0.005	0.2122	0.0886	0.6314	0.0054	-0.0263	-0.0278	-0.3491	0.0645	-0	0.5725	-0.0675	0.0375	0.4193	-0.0007	0.4752	68.427	69.4195	66.003
19	0.0156	0.02	-0.008	0.0477	-0.036	0.0243	-0.1861	0.1345	0.484	-0.5112	0.2142	0.0942	-0.4649	0.1728	0.0002	0.7375	-0.0268	0.0637	0.4988	0.1218	0.6075	69.4693	73.064	57.9289
20	0.0217	0.0143	-0.0302	0.0094	-0.0162	0.0377	0.1754	0.1462	0.2566	-0.1617	0.0328	-0.1422	-0.0663	0.0378	0.0001	0.5779	-0.0569	0.0872	0.4849	-0.0063	0.4169	73.4331	61.2549	58.2726
21	0.3285	-0.3608	-0.0095	0.771	0.199	0.1183	0.0887	0.2655	0.5141	-0.3474	0.1412	-0.5125	0.1649	-0.0296	-0.0106	0.6305	-0.1475	0.1696	0.7807	-0.0334	0.5335	80.6575	62.1176	55.1648
22	0.0911	-0.0584	0.1398	0.0752	-0.0486	0.177	0.0094	-0.1118	0.0863	0.1381	0.0031	-0.2051	-0.1337	0.0481	-0.0001	0.4283	-0.0118	0.0562	0.3831	-0.0571	0.3583	73.3944	54.6487	71.77
23	0.1372	0.0149	0.094	0.1746	0.1169	0.15	-0.2807	-0.1473	-0.03	0.7786	0.0915	0.0104	0.1781	0.0354	-0.0009	0.825	0.2567	0.0013	0.5666	-0.0654	0.4217	26.2967	78.6792	47.2052
24	1.6152	0.2209	-0.9657	0.5497	-0.232	0.6053	-0.2009	0.1018	-0.0087	0.0045	-0.3604	-0.1834	-0.6181	-0.0041	-0.5211	0.8514	0.1139	-0.2892	0.3928	0.0143	0.3685	42.3806	70.8629	55.1242

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 53 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 54 through 134 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 135 through 166 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 167 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 219 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 220 through 236 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 237 through 261 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 262 through 284 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 285 through 310 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 10 through 19 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 20 through 67 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 68 through 89 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 90 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 115 through 153 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 32 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 33 through 79 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 80 through 166 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 167 through 187 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 188 through 218 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 219 through 236 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 237 through 261 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 262 through 310 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 11 through 87 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 88 through 153 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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