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Yorodumi- PDB-4kh1: The R state structure of E. coli ATCase with CTP,UTP, and Magnesi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4kh1 | ||||||
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Title | The R state structure of E. coli ATCase with CTP,UTP, and Magnesium bound | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / competing pathway product activation / allostery | ||||||
Function / homology | Function and homology information Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.2 Å | ||||||
Authors | Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2013 Title: New Paradigm for Allosteric Regulation of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase. Authors: Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Truong, J.K. / Kantrowitz, E.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4kh1.cif.gz | 382.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4kh1.ent.gz | 314.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4kh1.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kh/4kh1 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4kgvC 4kgxC 4kgzC 4kh0C 1d09S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ACBD
#1: Protein | Mass: 34337.105 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: ATCC 55124 / KO11 / Gene: pyrB, EKO11_4066, KO11_22860 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E8Y328, aspartate carbamoyltransferase #2: Protein | Mass: 17143.625 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Strain: ATCC 55124 / KO11 / Gene: pyrI, EKO11_4067, KO11_22855 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E8Y329, aspartate carbamoyltransferase |
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-Non-polymers , 7 types, 469 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-PO4 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.17 Å3/Da / Density % sol: 61.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: microdialysis / pH: 5.9 Details: 50 mM maleic acid, 1 mM PALA, 3 mM sodium azide, pH 5.9, Microdialysis, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: RIGAKU MICROMAX-007 HF / Wavelength: 1.542 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 18, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.542 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.2→31.81 Å / Num. all: 66369 / Num. obs: 66369 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.68 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 16.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB entry 1D09 Resolution: 2.2→31.807 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.58 / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / Phase error: 21.89 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 60.1597 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.2→31.807 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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