PDB-4kgv: The R state structure of E. coli ATCase with ATP bound

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4kgv

タイトル

The R state structure of E. coli ATCase with ATP bound

要素

Aspartate carbamoyltransferase
Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

キーワード

TRANSFERASE / pyrimidine nucleotide biosynthesis / feedback inhibition / competing pathway / product activation / allostery

機能・相同性

機能・相同性情報

Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, N-terminal domain / Aspartate carbamoyltransferase regulatory subunit, C-terminal domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / SH3 type barrels. / Roll / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Kantrowitz, E.R.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: New Paradigm for Allosteric Regulation of Escherichia coli Aspartate Transcarbamoylase.
著者: Cockrell, G.M. / Zheng, Y. / Guo, W. / Peterson, A.W. / Truong, J.K. / Kantrowitz, E.R.

履歴

登録	2013年4月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4kgv.cif.gz	382.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4kgv.ent.gz	314.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4kgv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4kgv_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4kgv_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4kgv_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	4kgv_validation.cif.gz	60.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4kgxC 4kgzC 4kh0C 4kh1C 1d09S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7at1-1 2hse-1 4kgx-1 4f04-1 8at1-1 1f1b-1 1at1-1 3mpu-1 1tth-1 2h3e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

105 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

A: Aspartate carbamoyltransferase

B: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

C: Aspartate carbamoyltransferase

D: Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
314 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	121.070, 121.070, 155.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	150
Space group name H-M	P321

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-700- HOH

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase / Aspartate transcarbamylase 分子量: 34337.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: pyrB, EKO11_4066, KO11_22860 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y328, aspartate carbamoyltransferase
#2: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase regulatory chain 分子量: 17143.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 55124 / KO11 / 遺伝子: pyrI, EKO11_4067, KO11_22855 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E8Y329, aspartate carbamoyltransferase

-
非ポリマー , 4種, 694分子

#3: 化合物	ChemComp-PAL / N-(PHOSPHONACETYL)-L-ASPARTIC ACID / PALA 分子量: 255.119 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀NO₈P
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 688 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: microdialysis / pH: 5.9 詳細: 50 mM maleic acid, 1 mM PALA, 3 mM sodium azide, pH 5.9, Microdialysis, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.542 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年8月9日 / 詳細: Osmic VariMax Optics

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.542 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→38.4 Å / Num. all: 77283 / Num. obs: 77283 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.34 % / R_merge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	5.3	0.42	3.1	1	100
2.18-2.26	5.26	0.352	3.7	1	100
2.26-2.37	5.34	0.284	4.3	1	100
2.37-2.49	5.35	0.216	5.4	1	100
2.49-2.65	5.36	0.163	6.9	1	100
2.65-2.85	5.36	0.126	8.5	1	100
2.85-3.14	5.4	0.091	11.5	1	100
3.14-3.59	5.41	0.066	15.1	1	99.9
3.59-4.52	5.37	0.051	21.5	1	99.9
4.52-38.4	5.25	0.033	34.4	1	99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK		データスケーリング
d*TREK	9.9.8.8D	データ削減
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
CrystalClear		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1D09

1d09

解像度: 2.1→38.4 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2075	3880	5.02 %
R_work	0.1675	-	-
obs	0.1695	77271	99.94 %
all	-	77271	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.3145 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7098	0	96	688	7882

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7320
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.067	9944
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.69	2740
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	1150
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1284

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1-2.1256	0.2676	134	0.2257	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1256-2.1525	0.2943	134	0.2144	2566	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1525-2.1808	0.2346	120	0.2123	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1808-2.2107	0.2555	121	0.2094	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2107-2.2423	0.2389	136	0.2082	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2423-2.2757	0.2351	126	0.2098	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2757-2.3113	0.2442	146	0.2149	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3113-2.3492	0.2577	144	0.1989	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3492-2.3897	0.248	140	0.2015	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3897-2.4331	0.2288	121	0.1986	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4331-2.4799	0.2671	141	0.1974	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4799-2.5305	0.2437	139	0.1961	2591	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5305-2.5855	0.2226	143	0.1933	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5855-2.6457	0.2855	148	0.1893	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6457-2.7118	0.2557	135	0.1941	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7118-2.7851	0.2297	142	0.1804	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7851-2.867	0.2492	131	0.1834	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.867-2.9596	0.2319	138	0.1822	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9596-3.0653	0.2513	146	0.1812	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0653-3.188	0.2208	127	0.1829	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.188-3.333	0.1931	149	0.1799	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
3.333-3.5086	0.2127	140	0.1663	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5086-3.7282	0.1891	143	0.1533	2629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7282-4.0158	0.1982	136	0.1425	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0158-4.4194	0.1695	151	0.1327	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4194-5.0577	0.1719	160	0.1289	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0577-6.3674	0.189	144	0.173	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3674-38.4082	0.1819	145	0.1605	2792	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0045	-0.0223	0.0048	0.1628	0.0303	0.032	-0.0128	0.1978	0.1832	-0.122	-0.02	0.203	-0.4189	-0.0133	-0.0001	0.2796	0.0504	-0.0726	0.3588	0.1008	0.3703	35.458	43.9564	3.1561
2	-0.0391	-0.015	0.0259	0.2407	0.1645	0.1624	0.1289	0.624	-0.1	-0.7645	0.1452	0.438	-0.1596	-0.6573	0.0143	0.3749	0.0287	-0.1372	0.4661	0.0121	0.3705	34.0852	32.5295	-2.9492
3	1.3022	0.6016	-0.1513	1.3214	0.389	0.299	0.0657	0.0351	0.0528	-0.1403	0.0447	0.031	-0.0611	-0.0156	0	0.212	0.0325	0.0018	0.233	0.0382	0.2206	49.3198	41.5196	10.1394
4	0.3992	-0.1868	-0.395	1.2011	0.0854	0.8583	-0.0153	-0.0495	-0.1579	-0.0304	0.1231	0.5019	-0.1814	-0.1234	0.0418	0.1704	-0.0195	-0.0308	0.3244	0.1166	0.4237	28.3315	28.5135	13.6206
5	0.637	0.4023	0.152	0.3974	0.4158	0.8162	0.0758	-0.7044	-0.4963	-0.1237	-0.2918	0.8053	-0.1896	-1.3166	-0.3923	0.1108	-0.1406	0.134	0.4598	0.3134	0.8428	20.668	27.4765	18.9394
6	0.3311	0.2468	0.0388	0.6225	-0.4274	0.5392	0.1732	-0.3178	-0.1554	0.6089	0.1042	0.4882	-0.16	0.0924	0.0625	0.3236	-0.0129	0.0418	0.4759	0.1417	0.3674	36.9272	28.677	27.3792
7	0.8582	-0.0144	0.0209	1.7067	0.8508	0.3441	-0.3814	-0.3724	-0.6551	1.2107	0.3704	1.0024	0.5758	-0.1644	-0.0059	0.2218	-0.1318	0.0418	0.4018	0.2267	0.8117	30.2083	13.5698	20.7756
8	0.1525	-0.1784	0.1768	0.0238	-0.1185	0.1537	0.1409	-0.2986	-0.4948	0.0081	-0.0015	0.4194	0.1174	-0.2932	0.0031	0.2944	-0.0275	-0.0492	0.2915	0.1522	0.6368	37.8417	15.7528	16.2824
9	0.6369	-0.2329	-0.0025	0.0526	0.0416	0.082	0.0402	0.3232	-0.109	-0.4306	0.0377	0.1323	0.135	-0.0868	-0	0.2366	0.0074	-0.0635	0.3224	0.0264	0.264	41.5413	31.735	0.0708
10	0.4726	0.0171	-0.196	0.8963	0.3594	0.8476	0.018	0.2503	0.0167	0.0616	-0.2126	0.0784	-0.014	-0.2058	-0.0018	0.4452	0.2057	-0.0248	0.5215	-0.1424	0.4306	19.9099	74.8633	31.3316
11	0.5538	-0.8098	-0.773	1.2538	1.2553	1.422	-0.1038	-0.1525	-0.0287	-0.0697	-0.248	0.1327	-0.0036	-0.5501	-0.1533	0.2162	0.1149	-0.026	0.5387	-0.1085	0.4561	24.9398	59.0537	23.3066
12	0.9205	0.6072	0.1373	0.8152	0.2299	0.5392	0.1001	-0.2635	0.1104	0.0852	0.0158	0.0789	-0.0793	-0.0917	0	0.3535	0.0363	0.0328	0.363	-0.0358	0.2746	59.6596	54.5727	78.5376
13	0.7529	0.6093	0.6956	0.8024	-0.0651	0.3905	-0.0416	0.0331	0.035	-0.0415	0.0338	0.0605	-0.0799	-0.0136	0	0.2692	0.0157	0.0233	0.2753	0.0083	0.1879	53.749	47.2324	67.4281
14	0.8966	0.0312	-0.7197	0.1699	-0.1928	0.6029	0.0598	0.0431	0.2078	-0.0426	0.0662	-0.0001	-0.3808	0.0642	0	0.4174	-0.0351	0.0482	0.2828	0.0153	0.3096	70.2361	66.3518	68.0435
15	0.1371	0.0897	0.1074	0.204	0.2105	0.1894	-0.2878	0.4095	0.5824	-0.903	0.2716	0.3651	-0.638	0.161	-0.0017	0.6242	0.0324	0.0259	0.309	0.1086	0.514	67.6701	73.0475	58.1076
16	0.1877	-0.2803	-0.2651	0.2774	0.1933	0.3875	-0.0557	0.598	0.414	-0.1744	0.2066	-0.0051	-0.0714	0.3945	0.0011	0.4658	-0.1032	0.0805	0.4176	0.0562	0.3769	74.8241	62.6767	58.3436
17	0.333	0.0554	-0.3689	1.2287	-0.4831	0.4993	-0.0481	0.4281	0.0556	-0.3042	0.1982	-0.2271	-0.2438	0.1148	-0.0197	0.4516	-0.0992	0.1939	0.551	-0.0252	0.3754	80.4938	61.931	55.3553
18	0.7709	-0.0717	0.6645	0.8883	0.1185	0.4488	0.0884	-0.1217	0.1082	0.0325	-0.0249	-0.0887	-0.0794	0.04	0.0001	0.3089	-0.0163	0.0595	0.288	-0.0357	0.2682	73.1752	54.5135	72.0204
19	1.4091	-0.1269	0.6728	1.1877	0.9018	1.2621	-0.3363	-0.264	-0.0613	0.6163	0.0394	-0.1947	-0.1112	0.0035	-0.0234	0.7598	0.2225	-0.026	0.4704	-0.0837	0.3877	24.8414	79.4013	48.0063
20	1.3522	-0.3332	0.4213	0.2269	-0.4073	1.3047	-0.5451	0.0528	0.3023	-0.1632	-0.0197	-0.0391	-0.6812	0.0644	-0.4757	0.6688	0.0743	-0.2475	0.3632	0.0672	0.4314	45.3175	68.3439	55.3827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 134 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 135 through 195 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 196 through 223 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 224 through 242 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 243 through 261 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 262 through 284 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 285 through 310 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 9 through 67 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 68 through 153 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 1 through 53 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 54 through 134 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 135 through 187 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 188 through 215 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 216 through 236 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 237 through 261 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 262 through 310 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 9 through 95 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 96 through 153 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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