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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kgs | |||||||||
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タイトル | Backbone Modifications in the Protein GB1 Loops: beta-3-Val21, beta-3-Asp40 | |||||||||
要素 | Streptococcal Protein GB1 Backbone Modified Variant: beta-3-Val21, beta-3-Asp40 | |||||||||
キーワード | DE NOVO PROTEIN / unnatural backbone | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Reinert, Z.E. / Lengyel, G.A. / Horne, W.S. | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2013 タイトル: Protein-like Tertiary Folding Behavior from Heterogeneous Backbones. 著者: Reinert, Z.E. / Lengyel, G.A. / Horne, W.S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kgs.cif.gz | 48.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kgs.ent.gz | 36.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kgs.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4kgs_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4kgs_full_validation.pdf.gz | 440 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4kgs_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4kgs_validation.cif.gz | 10.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/4kgs | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6211.737 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemically synthesized protein / 参照: UniProt: P06654*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 16% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日 / 詳細: Rigaku VariMax Optics |
放射 | モノクロメーター: Rigaku VariMax Optics / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→28.27 Å / Num. obs: 8453 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.08 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 7.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB 2QMT 解像度: 1.95→28.269 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.693 Å2 / ksol: 0.44 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→28.269 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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