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万見
- PDB-4kex: Crystal structure analysis of a single amino acid deletion mutati... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kex
タイトルCrystal structure analysis of a single amino acid deletion mutation in EGFP
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / beta barrel / chromophore cyclisation / single amino acid deletion mutation
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Arpino, J.A.J. / Rizkallah, P.J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structural and dynamic changes associated with beneficial engineered single-amino-acid deletion mutations in enhanced green fluorescent protein.
著者: Arpino, J.A. / Rizkallah, P.J. / Jones, D.D.
履歴
登録2013年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22015年11月25日Group: Structure summary
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8851
ポリマ－26,8851
非ポリマー00
水3,747208
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.450, 63.140, 65.700
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 26885.365 Da / 分子数: 1 / 変異: F64L, S65T, A227delta / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: pNOM-XP3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold (DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4
詳細: 0.1 M MMT Buffer (Malic acid, MES and Tris), 25% (w/v) PEG 1500, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9763 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→51.45 Å / Num. obs: 28209 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 13.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 15.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.75 Å45.52 Å
Translation5.75 Å45.52 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA0.1.16データスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4EUL

4eul


解像度: 1.6→45.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / WRfactor Rfree: 0.203 / WRfactor Rwork: 0.1769 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / FOM work R set: 0.8629 / SU B: 3.73 / SU ML: 0.065 / SU R Cruickshank DPI: 0.1016 / SU Rfree: 0.0964 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2092 1417 5 %RANDOM
Rwork0.1823 ---
obs0.1837 28165 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.95 Å2 / Biso mean: 17.9795 Å2 / Biso min: 8.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→45.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1804 0 0 208 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191956
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1391.9612663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9393.0014180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9425244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.72225.05297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.84715333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.534157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1390.2283
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02455
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.643 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.251 106 -
Rwork0.213 1924 -
all-2030 -
obs--97.08 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.8219 Å / Origin y: -2.5613 Å / Origin z: -2.5733 Å
111213212223313233
T0.0036 Å20 Å20.0021 Å2-0.0085 Å20.0044 Å2--0.0045 Å2
L0.2636 °20.0778 °2-0.0006 °2-0.3486 °20.012 °2--0.2698 °2
S-0.0008 Å °0.0255 Å °0.0217 Å °0.0022 Å °0.0175 Å °0.0212 Å °-0.03 Å °-0.0042 Å °-0.0167 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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