PDB-4ker: Crystal structure of SsoPox W263V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ker

タイトル

Crystal structure of SsoPox W263V

要素

Aryldialkylphosphatase

キーワード

HYDROLASE / (beta/alpha)8-hydrolase / lactonase

機能・相同性

機能・相同性情報

aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / catabolic process / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Sulfolobus solfataricus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Gotthard, G. / Hiblot, J. / Chabriere, E. / Elias, M.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Differential Active Site Loop Conformations Mediate Promiscuous Activities in the Lactonase SsoPox.
著者: Hiblot, J. / Gotthard, G. / Elias, M. / Chabriere, E.

履歴

登録	2013年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月20日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ker.cif.gz	500.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ker.ent.gz	430 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ker.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ker ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/4ker	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kesC 4ketC 4keuC 4kevC 4kezC 4kf1C 2vc5 2vc7 3uf9 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r1k-2 6jst-1 4kes-1 4keu-1 4xay-d 6fu6-d 4xd6-d 6for-1 4h9u-d 4ha0-d 6jst-2 2r1n-2 2vc7-1 6jsu-d 4xaz-d 4h9y-d 4ket-2 4kez-2 4h9t-d 4pcn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1) #244 - 2020年4月光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (1) #104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #61 - 2005年1月フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#240 - 2019年12月
低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors)
類似性 (1)
#244 - 2020年4月
光合成超複合体 (Photosynthetic Supercomplexes)
類似性 (1)
#158 - 2013年2月
プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#61 - 2005年1月
フェニルアラニン水酸化酵素 (Phenylalanine Hydroxylase)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Aryldialkylphosphatase

B: Aryldialkylphosphatase

C: Aryldialkylphosphatase

D: Aryldialkylphosphatase

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aryldialkylphosphatase

C: Aryldialkylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.1 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Aryldialkylphosphatase

D: Aryldialkylphosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.200, 103.500, 151.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Aryldialkylphosphatase / Paraoxonase / SsoPox / Phosphotriesterase-like lactonase 分子量: 35570.824 Da / 分子数: 4 / 変異: W263V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: php, php SSO2522, SSO2522 / プラスミド: pET22b-W263V / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: Q97VT7, aryldialkylphosphatase

#1: タンパク質

Aryldialkylphosphatase / Paraoxonase / SsoPox / Phosphotriesterase-like lactonase

分子量: 35570.824 Da / 分子数: 4 / 変異: W263V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Sulfolobus solfataricus (古細菌) / 遺伝子: php, php SSO2522, SSO2522 / プラスミド: pET22b-W263V / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: Q97VT7, aryldialkylphosphatase

-
非ポリマー , 6種, 391分子

#2: 化合物	ChemComp-FE2 / FE (II) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-CO / COBALT (II) ION 分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.84 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 50 mM Tris-HCl, 23-25% PEG8000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.99987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年5月11日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→45.41 Å / Num. obs: 42787

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MxCuBE		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→45.41 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.915 / SU B: 21.536 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.32 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23736	2140	5 %	RANDOM
R_work	0.16834	-	-	-
obs	0.17177	40646	99.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.623 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.75 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.73 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→45.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10024	0	103	365	10492

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.02	10347
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.567	1.973	13909
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	3.779	5	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.046	24.404	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.275	15	1864
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.917	15	61
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.033	0.2	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.001	0.021	7656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.311	148	-
R_work	0.225	2726	-
obs	-	-	99.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5453	0.2553	0.0838	0.6156	0.0243	1.7512	0.044	-0.0062	-0.0081	0.068	-0.0591	-0.0517	-0.0439	-0.0217	0.0151	0.0269	-0.004	-0.0022	0.0083	0.0035	0.0384	-24.1006	-13.6168	26.3201
2	0.3475	-0.0256	-0.0748	0.7307	-0.0971	1.6745	0.006	0.0332	0.0086	-0.0194	-0.0092	-0.0377	0.0157	0.0208	0.0032	0.0177	-0.0139	-0.025	0.0216	0.0297	0.0496	-23.9827	-41.1858	60.112
3	0.218	0.0052	-0.2258	0.7212	0.0118	1.9859	0.0123	-0.001	0.055	-0.0736	-0.0103	-0.0628	-0.1172	0.0493	-0.002	0.0333	0.004	0.0149	0.0046	0.0105	0.0504	-15.8837	-15.5376	-11.9504
4	0.4768	0.042	0.2533	0.4663	-0.1047	2.04	-0.0139	-0.0061	0.0392	0.0489	0.0117	0.0254	-0.1811	0.0245	0.0022	0.0557	-0.0123	0.0024	0.0046	-0.0021	0.018	-22.1984	-33.5087	98.5896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 314
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 406
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 314
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 407
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 314
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 407
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 314
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 406

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