[日本語] English
万見
- PDB-4keg: Crystal Structure of MBP Fused Human SPLUNC1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4keg
タイトルCrystal Structure of MBP Fused Human SPLUNC1
要素Maltose-binding periplasmic/Palate lung and nasal epithelium clone fusion protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / BPI fold / lipid binding / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in nasopharyngeal-associated lymphoid tissue / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / multicellular organismal-level water homeostasis / surfactant homeostasis / Antimicrobial peptides / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity ...immune response in nasopharyngeal-associated lymphoid tissue / regulation of sodium ion transmembrane transport / negative regulation of single-species biofilm formation in or on host organism / multicellular organismal-level water homeostasis / surfactant homeostasis / Antimicrobial peptides / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / outer membrane-bounded periplasmic space / antibacterial humoral response / defense response to virus / periplasmic space / innate immune response / lipid binding / DNA damage response / extracellular space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Lipid-binding serum glycoprotein, N-terminal / Bactericidal permeability-increasing protein, alpha/beta domain superfamily / LBP / BPI / CETP family, N-terminal domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / BPI fold-containing family A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ning, F. / Wang, C. / Niu, L. / Chu, H.W. / Zhang, G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The Lipid Ligands of the SPLUNC1 Protein
著者: Ning, F. / Wang, C. / Berry, K.Z. / Kandasamy, P. / Liu, H. / Murphy, R.C. / Voelker, D. / Nho, C.W. / Pan, C.H. / Dai, S. / Niu, L. / Chu, H.W. / Zhang, G.
履歴
登録2013年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: diffrn_detector / entity_src_gen ...diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic/Palate lung and nasal epithelium clone fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0683
ポリマ－62,7511
非ポリマー3172
水2,378132
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Maltose-binding periplasmic/Palate lung and nasal epithelium clone fusion protein
ヘテロ分子

A: Maltose-binding periplasmic/Palate lung and nasal epithelium clone fusion protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1356
ポリマ－125,5022
非ポリマー6334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area4730 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area43750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.768, 118.768, 98.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1459-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic/Palate lung and nasal epithelium clone fusion protein


分子量: 62750.879 Da / 分子数: 1
断片: UNP P0AEX9 residues 27-387, UNP Q9NP55 residues 43-256
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: PLUNC / プラスミド: pMAL-c2X / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: Q9NP55
#2: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 25% PEG 550 MME, 0.05M HEPES, 0.02M magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→45.461 Å / Num. obs: 28083

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→45.461 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 1408 5.02 %
Rwork0.2052 --
obs0.2077 28047 99.84 %
all-28083 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.925 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.619 Å20 Å2-0 Å2
2--2.619 Å20 Å2
3----5.2381 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→45.461 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4005 0 21 132 4158
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084107
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1165598
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5241458
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079663
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4996-2.5890.32231470.25912627X-RAY DIFFRACTION100
2.589-2.69260.29851380.23252617X-RAY DIFFRACTION100
2.6926-2.81510.33551610.2562601X-RAY DIFFRACTION100
2.8151-2.96350.31161510.24692648X-RAY DIFFRACTION100
2.9635-3.14920.29021300.23542634X-RAY DIFFRACTION100
3.1492-3.39220.27581290.22782678X-RAY DIFFRACTION100
3.3922-3.73350.25911400.19162640X-RAY DIFFRACTION100
3.7335-4.27340.19881390.17972682X-RAY DIFFRACTION100
4.2734-5.38260.19791290.16162706X-RAY DIFFRACTION100
5.3826-45.56830.27771440.21262806X-RAY DIFFRACTION100

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る