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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kc3 | ||||||
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タイトル | Cytokine/receptor binary complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / beta-trefoil / Ig-like domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 interleukin-33 binding / interleukin-33 receptor binding / negative regulation of macrophage proliferation / positive regulation of CD86 production / positive regulation of CD80 production / positive regulation of cellular defense response / positive regulation of chemokine production => GO:0032722 / Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / positive regulation of MHC class I biosynthetic process ...interleukin-33 binding / interleukin-33 receptor binding / negative regulation of macrophage proliferation / positive regulation of CD86 production / positive regulation of CD80 production / positive regulation of cellular defense response / positive regulation of chemokine production => GO:0032722 / Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / negative regulation of T-helper 1 type immune response / interleukin-1 receptor activity / negative regulation of immunoglobulin production / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of leukocyte migration / microglial cell proliferation / interleukin-33-mediated signaling pathway / positive regulation of type 2 immune response / NADP+ nucleosidase activity / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of interleukin-5 production / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / positive regulation of interleukin-13 production / type 2 immune response / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of chemokine production / 小胞 / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / positive regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / protein import into nucleus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / PIP3 activates AKT signaling / 染色体 / 遺伝子発現 / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / defense response to virus / membrane => GO:0016020 / Ub-specific processing proteases / 免疫応答 / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2702 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, X. / Wang, X.Q. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013 タイトル: Structural insights into the interaction of IL-33 with its receptors. 著者: Liu, X. / Hammel, M. / He, Y. / Tainer, J.A. / Jeng, U.S. / Zhang, L. / Wang, S. / Wang, X. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kc3.cif.gz | 183.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kc3.ent.gz | 147 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kc3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kc3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/4kc3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18155.857 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 112-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL33, C9orf26, IL1F11, NFHEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95760 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 35056.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-321 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1RL1, DER4, ST2, T1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q01638 |
#3: 糖 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.42 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 12% PEG3350, 100 mM Sodium Malonate pH 4.5, 7% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.27→50 Å / Num. all: 14029 / Num. obs: 14000 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 3KLL and 1IRA 解像度: 3.2702→32.007 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.51 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2702→32.007 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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