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- PDB-4kc3: Cytokine/receptor binary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kc3
タイトルCytokine/receptor binary complex
要素
  • Interleukin-1 receptor-like 1
  • Interleukin-33
キーワードIMMUNE SYSTEM / beta-trefoil / Ig-like domain
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-33 binding / interleukin-33 receptor binding / negative regulation of macrophage proliferation / positive regulation of cellular defense response / Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / negative regulation of immunoglobulin production / interleukin-1 receptor activity / microglial cell activation involved in immune response ...interleukin-33 binding / interleukin-33 receptor binding / negative regulation of macrophage proliferation / positive regulation of cellular defense response / Interleukin-33 signaling / interleukin-33 receptor activity / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / negative regulation of immunoglobulin production / interleukin-1 receptor activity / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of T-helper 1 type immune response / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / negative regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of leukocyte migration / antibacterial innate immune response / microglial cell proliferation / interleukin-33-mediated signaling pathway / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / positive regulation of neuroinflammatory response / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity, cyclic ADP-ribose generating / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of macrophage activation / cytokine receptor activity / type 2 immune response / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of type II interferon production / macrophage differentiation / transport vesicle / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / positive regulation of interleukin-6 production / response to wounding / positive regulation of inflammatory response / protein import into nucleus / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / PIP3 activates AKT signaling / chromosome / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / defense response to virus / gene expression / Ub-specific processing proteases / immune response / inflammatory response / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-33 / : / Interleukin 33 / Interleukin-1 receptor type I/II / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily ...Interleukin-33 / : / Interleukin 33 / Interleukin-1 receptor type I/II / Interleukin-1 receptor family / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-33 / Interleukin-1 receptor-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2702 Å
データ登録者Liu, X. / Wang, X.Q.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Structural insights into the interaction of IL-33 with its receptors.
著者: Liu, X. / Hammel, M. / He, Y. / Tainer, J.A. / Jeng, U.S. / Zhang, L. / Wang, S. / Wang, X.
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年9月25日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin-33
B: Interleukin-1 receptor-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,8765
ポリマ－53,2122
非ポリマー6643
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area21780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)329.924, 329.924, 43.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Interleukin-33 / IL-33 / Interleukin-1 family member 11 / IL-1F11 / Nuclear factor from high endothelial venules / NF-HEV


分子量: 18155.857 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 112-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL33, C9orf26, IL1F11, NFHEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95760
#2: タンパク質 Interleukin-1 receptor-like 1 / Protein ST2


分子量: 35056.531 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 19-321 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1RL1, DER4, ST2, T1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q01638
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.42 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 12% PEG3350, 100 mM Sodium Malonate pH 4.5, 7% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.27→50 Å / Num. all: 14029 / Num. obs: 14000 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KLL and 1IRA

3kll

1ira


解像度: 3.2702→32.007 Å / SU ML: 0.46 / σ(F): 0 / 位相誤差: 33.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2831 703 5.02 %
Rwork0.2384 --
obs0.2407 14000 99.79 %
all-14029 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2702→32.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3312 0 42 0 3354
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7244642
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4811260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.121518
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006588
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2702-3.52240.34471520.28522625X-RAY DIFFRACTION100
3.5224-3.87640.31581490.26262649X-RAY DIFFRACTION100
3.8764-4.4360.28361430.20512662X-RAY DIFFRACTION100
4.436-5.58410.22891410.22362658X-RAY DIFFRACTION100
5.5841-32.00870.29581180.24692703X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8348-0.7483-0.68385.1309-0.47113.5437-0.3597-0.5739-0.52130.44290.3974-0.4357-0.3846-0.03370.00011.35150.2251-0.01581.1346-0.05191.126946.7239-41.20217.5061
22.86971.51970.04525.27722.32713.57650.0130.26660.3243-0.22760.19960.3471-0.42480.22690.00021.51930.0522-0.00510.9489-0.15151.056239.1812-18.59928.7233
31.6353-0.5281-0.66810.80610.54061.9026-0.20050.3291-1.0933-0.98860.1212-0.40580.08220.48310.04061.20470.01410.25641.24-0.26381.819749.662-60.27982.2924
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B and resid 21:186
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resid 194:299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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