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- PDB-4kc1: Structure of the blood group glycosyltransferase AAglyB in comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kc1
タイトルStructure of the blood group glycosyltransferase AAglyB in complex with a pyridine inhibitor as a neutral pyrophosphate surrogate
要素Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / GTA superfanily / blood group proteins / glycosyltransferase / Fuc-Gal / ADP-Gal / ADP-GalNAc / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding ...fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase activity / fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase activity / ABO blood group biosynthesis / lipid glycosylation / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / antigen binding / manganese ion binding / vesicle / carbohydrate metabolic process / Golgi membrane / nucleotide binding / Golgi apparatus / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 6 / Glycosyltransferase family 6 / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BHE / : / Chem-WS1 / Histo-blood group ABO system transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Cuesta-Seijo, J.A. / Wang, S. / Lafont, D. / Vidal, S. / Palcic, M.M.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2013
タイトル: Design of glycosyltransferase inhibitors: pyridine as a pyrophosphate surrogate.
著者: Wang, S. / Cuesta-Seijo, J.A. / Lafont, D. / Palcic, M.M. / Vidal, S.
履歴
登録2013年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月4日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,7694
ポリマ－33,7351
非ポリマー1,0343
水7,296405
1
A: Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase
ヘテロ分子

A: Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5388
ポリマ－67,4702
非ポリマー2,0686
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area5180 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area23190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.850, 149.870, 80.000
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-594-

HOH

21A-712-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Fucosylglycoprotein alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N- ...Fucosylglycoprotein 3-alpha-galactosyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase / Glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-galactosyltransferase / Histo-blood group A transferase / A transferase / Histo-blood group B transferase / B transferase / NAGAT


分子量: 33735.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P16442, glycoprotein-fucosylgalactoside alpha-N-acetylgalactosaminyltransferase, fucosylgalactoside 3-alpha-galactosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BHE / octyl 2-O-(6-deoxy-alpha-L-galactopyranosyl)-beta-D-galactopyranoside / H-antigen acceptor / alpha-L-Fucp-(1,2)-Beta-D-Galp-O(CH2)7CH3 / オクチル2-O-(α-L-フコピラノシル)-β-D-ガラクトピラノシド


分子量: 438.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H38O10
#4: 化合物 ChemComp-WS1 / 6-(1-beta-D-Glucopyranosyloxymethyl)-N-(5'-deoxyluridine-5'-yl)picolinamide


分子量: 540.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28N4O12
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細GLY266 AND ALA268 ARE THE CORRECT IDENTITIES AT THIS POSITION. THESE TWO MUTATIONS MAKE THE PROTEIN ...GLY266 AND ALA268 ARE THE CORRECT IDENTITIES AT THIS POSITION. THESE TWO MUTATIONS MAKE THE PROTEIN A HYBRID BETWEEN THE GTA AND GTB BLOOD GROUP PROTEINS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 13% or 15% PEG 3350, 50 mM or 150 mM ammonium sulfate and 50 mM MOPS pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月31日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→50 Å / Num. all: 51220 / Num. obs: 51220 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 20.397 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 14.47
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obs% possible all
1.5-1.70.5872.999078815856100
1.7-20.2167.867822813476100
2-2.40.08817.63528079097100
2.4-30.05725.6135537613899.9
3-40.03638.4621393378799.8
4-50.03144.387507136199.6
5-70.03442.34500892499.7
7-100.03443.59190837499.7
10-200.02943.5683017999.4
200.03239.33982890.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3IOI

3ioi


解像度: 1.5→42.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.1686 / WRfactor Rwork: 0.1342 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.9069 / SU B: 2.472 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0774 / SU Rfree: 0.0672 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.077 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: Refmac 5 dictionary
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1805 1537 3 %RANDOM
Rwork0.1408 ---
all0.142 ---
obs0.142 51219 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 210.53 Å2 / Biso mean: 16.3456 Å2 / Biso min: 6.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→42.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2362 0 58 405 2825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.022682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1171.9753675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6465339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.722.481133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.26415466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6261527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2401
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212068
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.2511213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.9461.8811530
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0181.4361468
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.87532681
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free42.919594
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded13.43752898
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 112 -
Rwork0.207 3608 -
all-3720 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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