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- PDB-3fkr: Structure of L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase complex with p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3fkr
タイトルStructure of L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase complex with pyruvate
要素L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase
キーワードLYASE / DHDPS/NAL family / complex / pyruvate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase / 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase activity / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / protein homodimerization activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Azospirillum brasilense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.801 Å
データ登録者Shimada, N. / Mikami, B.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of L -2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase an enzyme involved in an alternative bacterial pathway of L-arabinose metabolism in complex with pyruvate
著者: Shimada, N. / Mikami, B. / Watanabe, S. / Kodaki, T. / Makino, K.
履歴
登録2008年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase
B: L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,41211
ポリマ－67,7012
非ポリマー7119
水10,845602
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3120 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.259, 79.259, 206.527
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1109-

HOH

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要素

#1: タンパク質 L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase


分子量: 33850.520 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1JUQ0
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 602 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.53 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD
放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 70047 / % possible obs: 99.5 % / Biso Wilson estimate: 19.99 Å2
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
PROCESSデータスケーリング
精密化解像度: 1.801→14.997 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 3519 5.04 %
Rwork0.1956 --
obs0.1977 69759 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 56.641 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 86.39 Å2 / Biso mean: 22.643 Å2 / Biso min: 4.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.108 Å20 Å20 Å2
2--3.108 Å20 Å2
3----6.216 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.801→14.997 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4805 0 37 602 5444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0254959
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0476777
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.138747
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01901
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.131851
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8014-1.8260.26721490.19632431X-RAY DIFFRACTION93
1.826-1.8520.26781400.18662641X-RAY DIFFRACTION100
1.852-1.87960.24521470.18272625X-RAY DIFFRACTION100
1.8796-1.90890.25221340.18452640X-RAY DIFFRACTION100
1.9089-1.94020.23731220.17632666X-RAY DIFFRACTION100
1.9402-1.97360.2361250.17582645X-RAY DIFFRACTION100
1.9736-2.00940.21961590.17442585X-RAY DIFFRACTION100
2.0094-2.04790.22931310.1712680X-RAY DIFFRACTION100
2.0479-2.08960.23131310.17412658X-RAY DIFFRACTION100
2.0896-2.13490.24051390.16572655X-RAY DIFFRACTION100
2.1349-2.18440.22811390.17322630X-RAY DIFFRACTION100
2.1844-2.23890.22741400.16892617X-RAY DIFFRACTION100
2.2389-2.29920.21481500.1732667X-RAY DIFFRACTION100
2.2992-2.36660.25241460.17622651X-RAY DIFFRACTION100
2.3666-2.44270.19771220.18162655X-RAY DIFFRACTION100
2.4427-2.52960.23771530.1792648X-RAY DIFFRACTION100
2.5296-2.63040.21271460.17412682X-RAY DIFFRACTION100
2.6304-2.74940.20581280.19072671X-RAY DIFFRACTION100
2.7494-2.89340.25881530.20272634X-RAY DIFFRACTION100
2.8934-3.07320.2271630.20452678X-RAY DIFFRACTION100
3.0732-3.30810.24071270.19742702X-RAY DIFFRACTION99
3.3081-3.63670.22951300.20032684X-RAY DIFFRACTION99
3.6367-4.15320.23161420.20332669X-RAY DIFFRACTION98
4.1532-5.19610.22581510.20282601X-RAY DIFFRACTION95
5.1961-14.99790.2471520.23142825X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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