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- PDB-4kbf: two different open conformations of the helicase core of the RNA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kbf
タイトルtwo different open conformations of the helicase core of the RNA helicase Hera
要素Heat resistant RNA dependent ATPase
キーワードHYDROLASE / DEAD BOX RNA HELICASE / DIMER / ATP-BINDING / HELICASE / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / RNA helicase activity / hydrolase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain ...: / RNA helicase Hera, dimerization domain / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase / DEAD/DEAH box helicase domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Heat resistant RNA dependent ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rudolph, M.G. / Klostermeier, D.
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2013
タイトル: Rearranging RNA structures at 75C? toward the molecular mechanism and physiological function of the thermus thermophilus DEAD-box helicase hera.
著者: Klostermeier, D.
履歴
登録2013年4月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
B: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4896
ポリマ－80,0002
非ポリマー4894
水2,864159
1
A: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3934
ポリマ－40,0001
非ポリマー3933
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Heat resistant RNA dependent ATPase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,0962
ポリマ－40,0001
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2830 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area32630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.645, 119.645, 107.095
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細the core is monomeric while the intact Hera is a dimer

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要素

#1: タンパク質 Heat resistant RNA dependent ATPase


分子量: 39999.945 Da / 分子数: 2 / 断片: helicase core / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C1895 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72GF3
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9788 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2009年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9788 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→48.88 Å / Num. obs: 61258 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.01 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rsym value: 0.0719 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 12.73 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 8492 / Rsym value: 0.8172 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1327)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2gxq, 2db3

2gxq

2db3


解像度: 1.9→48.876 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2184 3119 5.1 %random
Rwork0.1904 ---
obs0.1918 61164 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5630 0 30 159 5819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065762
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9777817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6062218
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051031
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92970.44621370.36952511X-RAY DIFFRACTION97
1.9297-1.96130.32471340.27492595X-RAY DIFFRACTION99
1.9613-1.99520.27631470.24252562X-RAY DIFFRACTION99
1.9952-2.03140.27771620.23962570X-RAY DIFFRACTION99
2.0314-2.07050.29691360.24412582X-RAY DIFFRACTION99
2.0705-2.11280.25641290.2192608X-RAY DIFFRACTION99
2.1128-2.15870.24091370.20732589X-RAY DIFFRACTION99
2.1587-2.20890.24451470.19732613X-RAY DIFFRACTION99
2.2089-2.26420.24751220.19832620X-RAY DIFFRACTION99
2.2642-2.32540.2291440.19222623X-RAY DIFFRACTION99
2.3254-2.39380.19961380.19312630X-RAY DIFFRACTION99
2.3938-2.47110.28641410.19432620X-RAY DIFFRACTION99
2.4711-2.55940.24381330.20622625X-RAY DIFFRACTION99
2.5594-2.66190.21251370.20452649X-RAY DIFFRACTION100
2.6619-2.7830.22561340.20762663X-RAY DIFFRACTION100
2.783-2.92970.26331340.20322649X-RAY DIFFRACTION100
2.9297-3.11320.1991720.20132624X-RAY DIFFRACTION100
3.1132-3.35350.22721390.19042679X-RAY DIFFRACTION100
3.3535-3.69090.17721370.17732700X-RAY DIFFRACTION100
3.6909-4.22470.21781550.17162698X-RAY DIFFRACTION100
4.2247-5.32170.17571600.15962724X-RAY DIFFRACTION100
5.3217-48.89190.21571440.18662911X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0513-0.16360.3591.10350.04563.3333-0.07260.05630.0202-0.0917-0.0941-0.0638-0.02190.45780.14350.1638-0.02910.00480.25730.05770.234317.8015-47.5538-13.3779
23.6516-0.11460.34075.7323-0.40843.31450.0127-0.65690.1770.4130.0806-0.0212-0.0038-0.1954-0.08250.302-0.10050.00280.3712-0.05310.231935.1541-22.5722-2.5693
31.03030.0894-0.11691.7872-0.29912.2582-0.0436-0.17710.26120.27170.03970.13-0.2806-0.06450.00610.2780.03820.00060.3003-0.05550.33048.2183-41.108321.401
45.8143-1.74430.54873.3673-0.18191.87810.1851-0.38340.35660.57230.0747-1.3342-0.39540.3149-0.21551.05160.1563-0.17930.9255-0.04351.307-7.3901-10.1319-19.3882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resid 1:207)
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resid 208:365)
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and (resid 1:207)
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and (resid 212:365)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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