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- PDB-6bmg: Structure of Recombinant Dwarf Sperm Whale Myoglobin (Oxy) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6bmg
タイトルStructure of Recombinant Dwarf Sperm Whale Myoglobin (Oxy)
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE / myoglobin / oxygen storage-transport complex / globin
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Kogia sima (哺乳類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Samuel, P.P. / Miller, M.D. / Xu, W. / Alvarado, S. / Phillips Jr., G.N. / Olson, J.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Robert A. Welch FoundationC-0612 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM115261 米国
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Recombinant Dwarf Sperm Whale Myoglobin (Oxy)
著者: Samuel, P.P. / Miller, M.D. / Xu, W. / Alvarado, S. / Phillips Jr., G.N. / Olson, J.S.
#1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2015
タイトル: Apoglobin Stability Is the Major Factor Governing both Cell-free and in Vivo Expression of Holomyoglobin.
著者: Samuel, P.P. / Smith, L.P. / Phillips, G.N. / Olson, J.S.
#2: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2000
タイトル: The stabilities of mammalian apomyoglobins vary over a 600-fold range and can be enhanced by comparative mutagenesis.
著者: Scott, E.E. / Paster, E.V. / Olson, J.S.
履歴
登録2017年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
B: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,41821
ポリマ－34,8082
非ポリマー2,61019
水5,909328
1
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,08115
ポリマ－17,4041
非ポリマー1,67714
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3376
ポリマ－17,4041
非ポリマー9325
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.995, 85.995, 109.010
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-363-

HOH

21A-369-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...
21(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETVALVAL(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA0 - 171 - 18
12ALAALATHRTHR(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA19 - 3920 - 40
13LYSLYSASPASP(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA42 - 4443 - 45
14PHEPHEILEILE(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA46 - 10147 - 102
15TYRTYRILEILE(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA103 - 111104 - 112
16HISHISALAALA(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA113 - 121114 - 122
17PHEPHEALAALA(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA123 - 127124 - 128
18GLYGLYTYRTYR(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA129 - 151130 - 152
19GLYGLYGLYGLY(chain A and (resid 0 through 17 or resid 19...AA153154
21METMETVALVAL(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB0 - 171 - 18
22ALAALATHRTHR(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB19 - 3920 - 40
23LYSLYSASPASP(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB42 - 4443 - 45
24PHEPHEILEILE(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB46 - 10147 - 102
25TYRTYRILEILE(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB103 - 111104 - 112
26HISHISALAALA(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB113 - 121114 - 122
27PHEPHEALAALA(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB123 - 127124 - 128
28GLYGLYTYRTYR(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB129 - 151130 - 152
29GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 0 through 17 or resid 19...BB153154

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 17404.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Kogia sima (哺乳類) / 遺伝子: MB / プラスミド: pVP80K / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P02184

-
非ポリマー , 5種, 347分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 328 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M sodium HEPES, pH 7.5, 1 M sodium acetate, 0.05 M cadmium sulfate 8/3-hydrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月16日 / 詳細: Adjustable focus K-B pair
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→29.29 Å / Num. obs: 33947 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 28.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.107 / Net I/σ(I): 14.5 / Num. measured all: 218789 / Scaling rejects: 0
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.88-1.926.51.39621620.5570.591.518100
9.02-29.295.60.0253700.9990.0110.02797.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
Aimless0.5.32データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2MBW

2mbw


解像度: 1.88→29.286 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1903 1693 5.03 %Random
Rwork0.1541 ---
obs0.1558 33885 99.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→29.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2456 0 126 328 2910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0172680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2993616
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.0741552
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063371
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008453
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1738X-RAY DIFFRACTION3.912TORSIONAL
12B1738X-RAY DIFFRACTION3.912TORSIONAL
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90810.36321380.32922641X-RAY DIFFRACTION100
1.9081-1.93790.28231350.30022620X-RAY DIFFRACTION100
1.9379-1.96960.28241360.27522601X-RAY DIFFRACTION100
1.9696-2.00360.29131400.25342641X-RAY DIFFRACTION100
2.0036-2.040.25791390.24652604X-RAY DIFFRACTION100
2.04-2.07920.26621420.23032601X-RAY DIFFRACTION100
2.0792-2.12170.22731390.20352630X-RAY DIFFRACTION100
2.1217-2.16780.261400.18792657X-RAY DIFFRACTION100
2.1678-2.21820.22271350.18532573X-RAY DIFFRACTION100
2.2182-2.27370.1831390.16252625X-RAY DIFFRACTION99
2.2737-2.33510.18261440.15292589X-RAY DIFFRACTION100
2.3351-2.40380.17511370.14452634X-RAY DIFFRACTION100
2.4038-2.48130.17151410.14042616X-RAY DIFFRACTION100
2.4813-2.570.17621400.13862607X-RAY DIFFRACTION100
2.57-2.67280.17831290.14022641X-RAY DIFFRACTION100
2.6728-2.79440.15991390.13972617X-RAY DIFFRACTION100
2.7944-2.94160.19821380.15242605X-RAY DIFFRACTION100
2.9416-3.12570.19561400.15132605X-RAY DIFFRACTION99
3.1257-3.36670.20371380.14462615X-RAY DIFFRACTION100
3.3667-3.70490.15631400.13142624X-RAY DIFFRACTION100
3.7049-4.23960.1461380.11732605X-RAY DIFFRACTION100
4.2396-5.33620.1811380.11892626X-RAY DIFFRACTION100
5.3362-29.28960.17441400.14822612X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

S33: 0 Å ° / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7443-0.14650.34041.05490.15070.95940.0469-0.0887-0.04080.06410.01130.03440.1424-0.06850.25590.01060.00930.24290.00970.23979.073325.990210.0646
20.49130.1843-0.04791.08310.46510.9732-0.01730.02910.0311-0.19940.1038-0.0852-0.19250.11170.2871-0.02550.01220.26770.00370.271717.170552.9099-6.069
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 153 or resid 201 or resid 202)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 0 through 153 or resid 201 or resid 202)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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