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- PDB-4k8f: Structure of the heme domain of CooA from Rhodospirillum rubrum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k8f
タイトルStructure of the heme domain of CooA from Rhodospirillum rubrum
要素Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
キーワードTRANSCRIPTION / heme protein / COOA transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Jelly Rolls / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kuchinskas, M. / Li, H. / Poulos, T.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2006
タイトル: The role of the DNA-binding domains in CooA activation.
著者: Kuchinskas, M. / Li, H. / Conrad, M. / Roberts, G. / Poulos, T.L.
履歴
登録2013年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
B: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
C: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
D: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0258
ポリマ－61,5594
非ポリマー2,4664
水50428
1
A: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
B: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0124
ポリマ－30,7792
非ポリマー1,2332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5010 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area13260 Å2
手法PISA
2
C: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
D: Transcriptional regulator, Crp/Fnr family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0124
ポリマ－30,7792
非ポリマー1,2332
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4970 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.230, 71.230, 143.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional regulator, Crp/Fnr family


分子量: 15389.667 Da / 分子数: 4 / 断片: unp residues 2-131 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodospirillum rubrum (バクテリア)
株: ATCC 11170 / NCIB 8255 / 遺伝子: Rru_A1431 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): UQ1904 / 参照: UniProt: Q2RUG3
#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% PEG8000, 100 mM CHES 5 mM dithionite in an anaerobic chamber , pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 19766 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 22.3
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.65 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FT9

1ft9


解像度: 2.7→35.615 Å / SU ML: 0.79 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.74 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 1952 9.92 %
Rwork0.1973 --
obs0.2038 19684 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.95 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.16 Å2 / ksol: 0.338 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.215 Å20 Å2-0 Å2
2--7.215 Å20 Å2
3----14.4299 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4144 0 172 28 4344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094432
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.216028
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8651588
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004760
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.6976-2.7650.35121370.304812591259100
2.765-2.83970.36561410.318312621262100
2.8397-2.92320.36221350.274412451245100
2.9232-3.01750.37741400.264912831283100
3.0175-3.12530.34041370.241412631263100
3.1253-3.25040.27641380.218812901290100
3.2504-3.39820.30261370.208212531253100
3.3982-3.57720.30371380.210112681268100
3.5772-3.80110.27561430.204812481248100
3.8011-4.09420.29281450.174212571257100
4.0942-4.50550.21221380.165312781278100
4.5055-5.15580.2371400.169812741274100
5.1558-6.48930.24561410.21212741274100
6.4893-35.61810.21420.16131278127899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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