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- PDB-4k7x: Crystal structure of a 4-hydroxyproline epimerase from burkholder... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4k7x
タイトルCrystal structure of a 4-hydroxyproline epimerase from burkholderia multivorans, target efi-506479, with bound phosphate, closed domains
要素Proline racemaseプロリンラセマーゼ
キーワードLYASE (リアーゼ) / PROLINE RACEMASE FAMILY (プロリンラセマーゼ) / PROPOSED 4-OH PROLINE EPIMERASE / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics (構造ゲノミクス)
機能・相同性
機能・相同性情報


4-ヒドロキシプロリンエピメラーゼ / 4-hydroxyproline epimerase activity
類似検索 - 分子機能
Proline racemase family / プロリンラセマーゼ / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Diaminopimelate Epimerase; Chain A, domain 1 / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / 4-hydroxyproline 2-epimerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. ...Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a 4-hydroxyproline epimerase from burkholderia multivorans, target efi-506479, with bound phosphate, closed domains
著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, ...著者: Vetting, M.W. / Toro, R. / Bhosle, R. / Al Obaidi, N.F. / Morisco, L.L. / Wasserman, S.R. / Sojitra, S. / Stead, M. / Washington, E. / Scott Glenn, A. / Chowdhury, S. / Evans, B. / Hammonds, J. / Hillerich, B. / Love, J. / Seidel, R.D. / Imker, H.J. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2013年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proline racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1209
ポリマ－35,4951
非ポリマー6258
水8,341463
1
A: Proline racemase
ヘテロ分子

A: Proline racemase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,24118
ポリマ－70,9902
非ポリマー1,25116
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y+1/2,-z+1/41
Buried area4930 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area23920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.885, 114.885, 173.699
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-407-

GOL

21A-533-

HOH

31A-633-

HOH

41A-635-

HOH

51A-807-

HOH

61A-895-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proline racemase / プロリンラセマーゼ


分子量: 35494.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 遺伝子: prdF, BMULJ_04062 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B3D6W2, プロリンラセマーゼ

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非ポリマー , 5種, 471分子

#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: Protein (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM BME, 20 mM pyrrole 2-carboxylate); Reservoir (0.1 M Phosphate-citrate, 1.6 M NaH2PO4/0.4 M K2HPO4 (MCSG2 E10)); Cryoprotection ...詳細: Protein (10 mM Tris, 150 mM NaCl, 5% glycerol, 5 mM BME, 20 mM pyrrole 2-carboxylate); Reservoir (0.1 M Phosphate-citrate, 1.6 M NaH2PO4/0.4 M K2HPO4 (MCSG2 E10)); Cryoprotection (Reservoir+20% glycerol), pH 4.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX 225 HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月6日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→95.823 Å / Num. all: 58608 / Num. obs: 58608 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 14.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.75-1.8413.50.6991.111379084430.699100
1.84-1.9613.80.4661.611006779960.466100
1.96-2.0914.10.312.410609375510.31100
2.09-2.2614.40.223.410097370110.22100
2.26-2.4714.70.1714.39576664960.171100
2.47-2.7714.80.1484.78763359030.148100
2.77-3.214.80.1324.77764052380.132100
3.2-3.9114.70.0847.66545044390.084100
3.91-5.5314.50.04812.85105735120.048100
5.53-28.77913.70.04114.62768320190.04199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MOSFLMデータ削減
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4J9W

4j9w


解像度: 1.75→28.779 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / FOM work R set: 0.9253 / SU ML: 0.12 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 13.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1564 2964 5.06 %RANDOM
Rwork0.137 ---
all0.138 58574 --
obs0.138 58574 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.89 Å2 / Biso mean: 18.4258 Å2 / Biso min: 6.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→28.779 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 33 463 2842
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092491
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2683398
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.742880
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.75-1.77870.18541210.197226032724
1.7787-1.80930.19351430.177526182761
1.8093-1.84220.21591320.164426012733
1.8422-1.87770.17971570.159526212778
1.8777-1.9160.16111370.150626202757
1.916-1.95760.15571380.145126062744
1.9576-2.00320.15481380.143926172755
2.0032-2.05330.16241400.131926662806
2.0533-2.10870.1661400.124525882728
2.1087-2.17080.12991440.122226392783
2.1708-2.24080.13941450.117326052750
2.2408-2.32090.14361520.117526262778
2.3209-2.41380.15361410.120726462787
2.4138-2.52360.15521410.116326542795
2.5236-2.65650.14171330.12526472780
2.6565-2.82280.14941220.129526702792
2.8228-3.04050.15421490.133826522801
3.0405-3.34610.1491620.130826552817
3.3461-3.82930.13831520.127426882840
3.8293-4.82090.13681430.121627252868
4.8209-28.78240.21351340.187428632997
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.49250.24150.15321.6308-0.08231.9289-0.0080.0855-0.0525-0.17240.03890.00730.1364-0.0302-0.02140.0920.0088-0.00150.0787-0.00760.099685.406316.79816.4383
21.1605-0.10590.01940.6401-0.07980.69130.0082-0.0563-0.00220.0004-0.0111-0.04210.09550.07390.00230.10960.0330.0010.0741-0.00120.082498.389110.934333.535
31.03170.1440.4841.0963-0.94936.6304-0.04430.1117-0.0097-0.13320.0841-0.04640.0324-0.0235-0.03190.0881-0.01-0.00560.0171-0.0180.101785.195625.740214.229
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 60 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 61 through 288 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 289 through 310 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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