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Yorodumi- PDB-4k62: Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influen... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 4k62 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Structure of an avian influenza H5 hemagglutinin from the influenza virus A/Indonesia/5/2005 | ||||||
Components | (Hemagglutinin) x 2 | ||||||
Keywords | VIRAL PROTEIN / virus attachment / membrane fusion | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationclathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() Influenza A virus | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.502 Å | ||||||
Authors | Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
Citation | Journal: Science / Year: 2013Title: An airborne transmissible avian influenza H5 hemagglutinin seen at the atomic level. Authors: Zhang, W. / Shi, Y. / Lu, X. / Shu, Y. / Qi, J. / Gao, G.F. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 4k62.cif.gz | 734.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb4k62.ent.gz | 609.8 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 4k62.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 4k62_validation.pdf.gz | 501.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 4k62_full_validation.pdf.gz | 538 KB | Display | |
| Data in XML | 4k62_validation.xml.gz | 72.4 KB | Display | |
| Data in CIF | 4k62_validation.cif.gz | 99.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k6/4k62 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 4k63C ![]() 4k64C ![]() 4k65C ![]() 4k66C ![]() 4k67C ![]() 2fk0S C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 36193.895 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 17-326 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / Gene: HA / Plasmid: pFastBac1 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: A8HWY8#2: Protein | Mass: 18910.838 Da / Num. of mol.: 4 / Fragment: UNP residues 347-510 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Influenza A virus / Strain: A/Indonesia/5/2005(H5N1) / Gene: HA / Plasmid: pFastBac1 / Cell line (production host): Hi5 / Production host: TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper) / References: UniProt: A8HWY8#3: Sugar | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.19 Å3/Da / Density % sol: 61.41 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 25% PEG 2000 MME, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL17U / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Oct 3, 2012 |
| Radiation | Monochromator: GRAPHITE / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection twin | Type: merohedral / Operator: -h,-k,l / Fraction: 0.41 |
| Reflection | Resolution: 2.5→50 Å / Num. all: 85842 / Num. obs: 85842 / % possible obs: 90.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 |
| Reflection shell | Resolution: 2.5→2.59 Å / % possible all: 81.5 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2FK0 Resolution: 2.502→48.887 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7749 / SU ML: 0.36 / σ(F): 1.96 / Phase error: 30.06 / Stereochemistry target values: ML
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 111.86 Å2 / Biso mean: 34.2871 Å2 / Biso min: 0 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.502→48.887 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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Influenza A virus
X-RAY DIFFRACTION
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TRICHOPLUSIA NI (cabbage looper)
