PDB-4k3h: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S) fluorogen activati...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4k3h

タイトル

Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S) fluorogen activationg protein in complex with malachite green

要素

Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

キーワード

immune system/inhibitor / immunoglobulin fold / fluorescensce / malachite green / o-mannosylation / Thr27 / immune system-inhibitor complex

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / 4-{bis[4-(dimethylamino)phenyl]methyl}phenol / alpha-D-mannopyranose

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Stanfield, R.L. / Szent-Gyorgyi, C. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Malachite Green Mediates Homodimerization of Antibody VL Domains to Form a Fluorescent Ternary Complex with Singular Symmetric Interfaces.
著者: Szent-Gyorgyi, C. / Stanfield, R.L. / Andreko, S. / Dempsey, A. / Ahmed, M. / Capek, S. / Waggoner, A.S. / Wilson, I.A. / Bruchez, M.P.

履歴

登録	2013年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年11月13日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4k3h.cif.gz	336.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4k3h.ent.gz	275.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4k3h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k3/4k3h	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4k3gC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kgd-d 6u4a-2 6rvc-3 6kge-1 3a5p-2 6lwt-1 1nku-d 6vil-8 6gaa-d 2d5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#74 - 2006年2月
α-アミラーゼ (alpha-Amylase)
類似性 (1)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

B: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

C: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

D: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

E: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

F: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

G: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

H: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

ヘテロ分子

103 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

B: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

D: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

F: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

H: Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	94.11, 94.11, 175.80
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: 抗体

Immunoglobulin lambda variable domain L5(L89S)

分子量: 12532.741 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): YVH10

#2: 化合物

ChemComp-1OM / 4-{bis[4-(dimethylamino)phenyl]methyl}phenol / 4-[ビス[4-(ジメチルアミノ)フェニル]メチル]フェノ-ル

分子量: 346.465 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₂₆N₂O

#3: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル

分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#4: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 0.29M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1.04 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.04 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→34.18 Å / Num. all: 56006 / Num. obs: 56006 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 39.1 Å² / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.506 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2781 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.2_869)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.45→34.18 Å / SU ML: 0.72 / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.225	2839	5.07 %
R_work	0.1943	-	-
obs	0.1959	55942	99.95 %
all	-	55942	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 34.326 Å² / k_sol: 0.36 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7233 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.7233 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.4465 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→34.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6424	0	209	169	6802

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6792
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.167	9243
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.878	2381
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	1028
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1184

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.4922	0.3866	149	0.3624	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4922-2.5376	0.3298	138	0.2903	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5376-2.5863	0.3127	133	0.2808	2623	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5863-2.6391	0.3367	128	0.2684	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6391-2.6965	0.2592	161	0.2636	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6965-2.7592	0.3362	124	0.2466	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7592-2.8281	0.3046	148	0.2588	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8281-2.9046	0.2602	138	0.2467	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9046-2.99	0.3139	145	0.2306	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.0864	0.2521	140	0.2277	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0864-3.1967	0.2759	161	0.221	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1967-3.3246	0.2543	136	0.206	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3246-3.4757	0.2105	154	0.1926	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4757-3.6588	0.2381	120	0.1787	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6588-3.8877	0.2081	168	0.1851	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8877-4.1874	0.1741	129	0.1636	2672	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1874-4.6079	0.1613	159	0.1404	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6079-5.2726	0.1676	108	0.1362	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2726-6.6349	0.1922	148	0.1742	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
6.6349-34.1867	0.2003	152	0.1855	2671	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0646	0.1333	0.0932	0.7484	-0.0452	0.871	-0.0021	-0.1111	0.1153	0.1796	-0.0287	0.1066	0.1333	-0.1943	0.0254	0.2764	0.0182	0.0262	0.3943	-0.0233	0.2232	-8.8059	7.4681	-7.8403
2	1.4087	-0.2299	-0.0321	0.9988	-0.34	0.8988	0.0408	-0.1729	0.322	0.1033	-0.0308	-0.2348	-0.0152	0.1742	-0.0161	0.2295	-0.0225	0.0106	0.4022	-0.043	0.3117	13.7159	11.7435	0.8755
3	1.38	0.0451	-0.0849	0.7618	-0.1045	1.0687	0.0069	0.2825	-0.3751	-0.0714	0.1136	-0.1746	0.0346	0.2992	-0.1128	0.2223	0.0197	-0.0188	0.3791	-0.096	0.2843	12.3845	-12.3506	4.3063
4	1.2838	-0.1146	-0.1681	0.6895	-0.1982	0.9201	0.0182	0.1213	-0.1528	-0.1118	-0.0361	0.11	-0.1081	-0.1421	0.0184	0.2786	-0.0181	-0.0282	0.3513	-0.0112	0.2541	-9.2557	-5.7894	13.3023
5	1.2388	0.1621	0.1819	0.9734	0.1327	0.9587	0.1256	0.3734	0.0774	0.0482	-0.0624	0.307	-0.1072	-0.3106	-0.0567	0.2278	0.0585	0.079	0.6422	-0.0637	0.3885	-33.7417	1.7354	-9.3092
6	1.1207	0.009	-0.1406	0.2058	0.169	0.3442	0.0208	0.2572	0.2104	0.0133	-0.1472	0.1188	0.0458	-0.2851	0.0373	0.2025	-0.0119	0.0251	0.8531	-0.2795	0.6008	-56.2463	-6.0457	-3.8862
7	1.2908	-0.2751	0.2016	0.5023	0.2295	0.7814	0.0813	0.0646	0.0094	-0.0495	-0.0424	0.2767	-0.0881	-0.2375	-0.0199	0.2582	0.0585	0.058	0.6761	-0.154	0.7635	-54.8828	13.3796	10.7616
8	1.5421	-0.2747	0.032	0.829	0.1855	1.1588	0.1348	-0.0833	-0.1431	-0.0575	-0.073	0.283	0.0283	-0.1868	-0.065	0.276	-0.0129	-0.0379	0.5402	-0.0558	0.4354	-33.2595	3.0162	15.5327

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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